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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGAAGATGACCCAGATCATGTTCGAGACCTTCAACACCCCCGCTATGTACGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgattcgattcgattctattctccactgaaccgtttccacttggaaattagtgatcttcgctaattttcaaatctcatttgctctcttgcctctcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G047055_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G047055_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g50885.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GAGAAGATGACCCAGATCATGTTCGAGACCTTCAACACCCCCGCTATGTACGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgattcgattcgattctat---tctccactgaaccgtttccacttggaaattagtgatcttcgctaattttcaaatctcatttgctctcttgcctctcag
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GAGAAGATGACCCAGATCATGTTTGAGACCTTCAACACCCCTGCTATGTACGTCGCCATCCAGGCCGTCCTCTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagcacattcgacactgaactaaaaggctgtgaggatgaattttaattttgacattcaca--tgtagatgagatttagttctgcaatcttcaattgtcat----

upper sequence: GRMZM2G047055_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S372_48V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
GAGAAGATGACCCAGATCATGTTCGAGACCTTCAACACCCCCGCTATGTACGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgattcgattcgattctattctccactgaaccgtttccacttggaaattagtgatcttcgctaattttcaaatctcatttgctctcttgcctctcag
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GAGAAGATGACGCAGATCATGTTCGAGACGTTCAACGTGCCGGCGATGTACGTGGCGATCCAGGCGGTGCTGTCGCTGTACGCGAGCGGGCGAACGACGGgtgagtggg---gagtgagtggtgagggggtggggatggtggtgg--taggatgtggaggtgggaggtgattgagaacagatgtggcggtgcgtggaatgcag

upper sequence: GRMZM2G047055_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S337_21V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
GAGAAGATGACCCAGATCATGTTCGAGACCTTCAACACCCCCGCTATGTACGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgattcgattcgattctat-tctccactgaac-cgtttccacttggaaattagtga---tcttcgctaattttcaaatct---catttgctctcttgcctctcag-----------------------------------------------
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GAGAAGATGACGCAGATCATGTTCGAGACGTTCAACGTGCCGGCGATGTACGTGGCCATTCAGGCAGTGCTGTCACTATATGCCAGTGGACGAACGACCGgtgag-tgatgggagaaggggtgaggtgaatgcagcatgtgcgttggttgcgaaagtggtggaggtgtgtggagaggtggggtgtttgacatgggaaggtttgtgggtcggggtaagaaactgagagcagttgtggtgatgaatgcaatgcaatgcag

upper sequence: GRMZM2G047055_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: EFJ17401 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
GAGAAGATGACCCAGATCATGTTCGAGACCTTCAACACCCCCGCTATGTACGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgt---gagctgattcgattcgattctattctccactgaaccgtt------------tccacttggaaattagtgatcttcgctaattttcaaatctcatttgctctcttgcctctcag--------------------------------
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GAGAAGATGACCCAGATCATGTTCGAGACCTTCAATGTCCCGGCCATGTACGTGGCGATCCAAGCAGTCCTTTCACTCTACGCGAGTGGACGCACTACCGgtatggagtttttttatcccttgcttgttctagacaagatggttgatgcgtgtttcttttcttcgttgcttgcgatagacatgatgcttcaagttggttctacttttgtttttccctctaacacgttgtatgatcgtggtttgtgatcag

upper sequence: GRMZM2G047055_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: EFJ35077 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
GAGAAGATGACCCAGATCATGTTCGAGACCTTCAACACCCCCGCTATGTACGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgt---gagctgattcgattcgattct-attctccactgaaccgtt------------tccacttggaaattagtgatcttcgctaattttcaaatctcatttgctctcttgcctctcag---------------------------------
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GAGAAGATGACCCAGATCATGTTCGAGACCTTCAATGTCCCGGCCATGTACGTGGCAATCCAAGCAGTCCTTTCACTCTACGCGAGTGGACGCACTACCGgtatggagttttttttttcctttgcttgttctagacaagatggttgatgcgtgtttcttttcttcgttgcttgcgatagacatgatgcttcaagttggttctacttttttttcttctctctaacacgttgtatgatcgtggtttgtgatcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21621437|gb|BQ619443.1|BQ619443
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|32911485|gb|CF016297.1|CF016297
EST:     CGTCGCCATCCGGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|31998517|gb|CD662114.1|CD662114
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|21390426|gb|BQ528475.1|BQ528475
EST:     GGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: GGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|21236622|gb|BQ442039.1|BQ442039
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|148943326|gb|EC888384.2|EC888384
EST:     GTCGCCATTCAGGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: GTCGCCATCCA-GGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|148995731|gb|EE034959.2|EE034959
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|14701052|gb|BI233470.1|BI233470
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTGCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|30306999|gb|CD001672.1|CD001672
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAG-GGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|148937756|gb|EC881963.2|EC881963
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|8577195|gb|BE129832.1|BE129832
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTTTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|148928431|gb|EE285192.2|EE285192
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|149041331|gb|EE046968.2|EE046968
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCCGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCTTCTACC
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|148963975|gb|EE015103.2|EE015103
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|31353585|gb|CD437942.1|CD437942
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|149000237|gb|EE037385.2|EE037385
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|149071878|gb|EE160266.2|EE160266
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|148983077|gb|EE028990.2|EE028990
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|9953930|gb|BE640513.1|BE640513
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|29946699|gb|CB816281.1|CB816281
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|21481097|gb|BQ577780.1|BQ577780
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|148930172|gb|EC872554.2|EC872554
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|211220928|gb|FL350856.1|FL350856
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGT
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGT
EST: gi|14529493|gb|BI096626.1|BI096626
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|148930780|gb|EC873118.2|EC873118
EST:     GTCGCCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGG
genomic: GTCGCC-ATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGG
EST: gi|28873658|gb|CB329616.1|CB329616
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|32869016|gb|CF008698.1|CF008698
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|29576869|gb|CB616981.1|CB616981
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGTAGATGG-GTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|149009777|gb|EE154099.2|EE154099
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|28390261|gb|CB250127.1|CB250127
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAG-GGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|149061171|gb|EE157430.2|EE157430
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|148982853|gb|EE028703.2|EE028703
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|21626396|gb|BQ621317.1|BQ621317
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|32912485|gb|CF017297.1|CF017297
EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|78125357|gb|DV543741.1|DV543741
EST:     CGTCGCCATTCAGGCGGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
EST: gi|149059473|gb|EE156958.2|EE156958
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genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 183

GAGAAGATGACCCAGATCATGTTCGAGACCTTCAACACCCCCGCTATGTACGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACGAGGGATACGCCCTCCCCCACGCCATCCTTCGTCTCGACCTGGCTGGCCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 33

GAGAAGATGACCCAGATCATGTTCGAGACCTTCAACACCCCCGCTATGTACGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACGAGGGATACGCCCTCCCCCACGCCATCCTTCGTCTCGACCTGGCTGGCCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 24

GAGAAGATGACCCAGATCATGTTCGAGACCTTCAACACCCCCGCTATGTACGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACGAGGGATACGCCCTCCCCCACGCCATCCTTCGTCTCGACCTGGCTGGCCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 218

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