Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTATTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaatacacgtttatgtatctgatgcctattactatgacttgtaagtcatgcgaccaactgatttgtttttgcaatttttgttatgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G044348_T04
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G044348_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0009g03520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
ACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTATTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaatacacgtttatgtatctga--tgcctattactatgacttgtaagtcatgcgaccaactgatttgt-----ttttgcaatttttgtt-atgtag
|||  |  | || ||| | |||||| | |||||  | || |||||||| || || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || |       | ||  |||   | | |||| ||||| | | |   |||||   |         |||     |||||  || ||  || ||| ||
ACTGGTTATGAAGGTAGATCCAAATTTAAATGTCATTTTAACAGCATGTCTCACAGTGTATGTAGGTTGCTACCGCTCTGTTAAGCCAACTCCCCCTTCTgtaag-aacaattagccaagttcctgcctttcttatttctatgccatatttttcatgattctggaaagcctgtccgaattttgatatgttcattcatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149012865|gb|EE042709.2|EE042709
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|211345313|gb|FL467149.1|FL467149
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|71435689|gb|DR816739.1|DR816739
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|148948442|gb|EC893960.2|EC893960
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|211267468|gb|FK986910.1|FK986910
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCC
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCC
EST: gi|149027788|gb|EE286084.2|EE286084
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|148991460|gb|EE032969.2|EE032969
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|148948218|gb|EC893734.2|EC893734
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|32921110|gb|CF025922.1|CF025922
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|91875915|gb|EB405872.1|EB405872
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|149097124|gb|EE182936.2|EE182936
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|50330013|gb|CO525139.1|CO525139
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|17930295|gb|BM267255.1|BM267255
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|149001048|gb|EE038297.2|EE038297
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|149100817|gb|EE186911.2|EE186911
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|78088713|gb|DV517106.1|DV517106
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|17930284|gb|BM267244.1|BM267244
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|149110465|gb|EE190430.2|EE190430
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|149067509|gb|EE157716.2|EE157716
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|148976595|gb|EE025942.2|EE025942
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCCACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|32920656|gb|CF025468.1|CF025468
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|32921020|gb|CF025832.1|CF025832
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|31360319|gb|CD444676.1|CD444676
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|32920553|gb|CF025365.1|CF025365
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|32920675|gb|CF025487.1|CF025487
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|148943973|gb|EC889054.2|EC889054
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|211267467|gb|FK986909.1|FK986909
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|148930101|gb|EC872413.2|EC872413
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
EST: gi|94475590|gb|EB704548.1|EB704548
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 108

ACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTATTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCTATGCTTTTATCACTGTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 157

ACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTATTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCTATGCTTTTATCACTGTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 158

ACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTATTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCTATGCTTTTATCACTGTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 176

ACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTATTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCTATGCTTTTATCACTGTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTATTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaatacacgtttatgtatctgatgcctattactatgacttgtaagtcatgcgaccaactgatttgtttttgcaatttttgttatgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC