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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGCATTTACAACAAACGTCGTAGCCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaatcctgcctctcatatgccttcaaatcgaaggacttcactgatcaatttgggctaatcactcgttaatttattgtccttgtgcaatactttgttgcaatag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G044237_T03
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71298836|gb|DR785405.1|DR785405
EST:     CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
genomic: CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
EST: gi|149095151|gb|EE180766.2|EE180766
EST:     CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
genomic: CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
EST: gi|148956344|gb|EC902151.2|EC902151
EST:     CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
genomic: CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
EST: gi|148938791|gb|EC883128.2|EC883128
EST:     CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
genomic: CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
EST: gi|78092275|gb|DV520649.1|DV520649
EST:     CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
genomic: CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
EST: gi|149000193|gb|EE037335.2|EE037335
EST:     CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCCAAAACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTG
genomic: CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTG
EST: gi|149009106|gb|EE041258.2|EE041258
EST:     CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
genomic: CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
EST: gi|148932140|gb|EC875563.2|EC875563
EST:     CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
genomic: CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
EST: gi|211453339|gb|FL002421.1|FL002421
EST:     CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGG
genomic: CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGG
EST: gi|28873422|gb|CB329414.1|CB329414
EST:     CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
genomic: CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
EST: gi|149071265|gb|EE159660.2|EE159660
EST:     CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
genomic: CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
EST: gi|71446471|gb|DR827521.1|DR827521
EST:     CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
genomic: CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
EST: gi|74242073|gb|DT649987.1|DT649987
EST:     CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
genomic: CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
EST: gi|148930889|gb|EC873334.2|EC873334
EST:     CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAANACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
genomic: CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
EST: gi|148972816|gb|EE023801.2|EE023801
EST:     CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
genomic: CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
EST: gi|149110343|gb|EE190365.2|EE190365
EST:     CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
genomic: CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
EST: gi|20301290|gb|BQ164233.1|BQ164233
EST:     CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTGGTGAT
genomic: CCGCCGCACCTGTTTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTGGTGAT
EST: gi|60348874|gb|DN215847.1|DN215847
EST:     TTTGTATTGC-AGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACA                         GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT
genomic: TTTGTATTGCAAGCATGTCCTTAGTACATCGAAAACAgtaagcaaat ... gttgcaatagGGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT