ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

CACTGGCTGAAAAGAAACTGAAGCTCATGGGCCCTGTGACTAAAAACGAATCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttcccataactgaagaaaattatctcatcctactgattcacgattttaatacaatttgcagcttgtgagctattttgctctatgattctactt...

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G040933_T02
intron #	3
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G040933_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os09g29430.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2

CACTGGCTGAAAAGAAACTGAAGCTCATGGGCCCTGTGACTAAAAACGAATCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttcccataactgaagaaaattatctcatcctactgattcacgattttaatacaat-ttgcagcttgtgagctattttgctcta--tgattctactt
|| | |||| | |||| ||  ||| |||||| || |||||||| || |||| |||||||||||| |||||| | |||||||| || |||||||| |||||||||| ||  |||  ||  |  |   | |  || |  || |   |    |  ||||| |||| ||||||| | | |  | |||  || ||  ||||| || | 
CATTAGCTGCAGAGAAGCTTGAGCGCATGGGTCCAGTGACTAAGAATGAATGGGTTATGATTGGTACAATGCTCCTTGCAGTTTCATTATGGGTATTTGGgtaagcttctccactacacatcatcctcaa-tcttaatattacgttgtcacattaatccaatcttgcagcatttaaa-tgtttccctttatttgattatatt-

upper sequence: GRMZM2G040933_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA15G06110.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2

CACTGGCTGAAAAGAAACTGAAGCTCATGGGCCCTGTGACTAAAAACGAATCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttcccataactgaagaaaattat-ctcatcc-tactgattcacgattttaatacaatttgcagcttgtgagctattttgctctatgattctactt
| |||||||  ||||||||| |    ||||||||||| |||||||| |||| | ||||| ||||||||||| |||||||||| || || ||| | |||||||| | | | |   |    |  | |  ||  |  ||   |    || || || |||  |    |||      ||    |||  ||  |  ||  ||    | 
CCCTGGCTGCCAAGAAACTGGAAAGTATGGGCCCTGTCACTAAAAATGAATGGATTATGGTTGGCACAATGCTTCTTGCAGTGTCTTTGTGGATCTTTGGgtatg-tcttctgcagtctattatatctacacctatgtatgtctatgcatgactttttttttttttttttactgatttctaagtttgttgattttttgggt-

upper sequence: GRMZM2G040933_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G18910.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2

CACTGGCTGAAAAGAAACTGAAGCTCATGGGCCCTGTGACTAAAAACGAATCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttcccataactgaagaaaattatctcatcctactgattcacgattttaatacaatttgcagcttgtgagctattttgctctatgattctactt--
| |||||||  ||||||||| |    ||||||||||| |||||||| |||| | ||||| | ||||||||| |||||||||| || || ||| | |||||||| | | | |        |  | |  ||  || |     ||| |     |||  |   | ||   || ||||   || ||| | |  |  | |  |     
CCCTGGCTGCCAAGAAACTGGAAAGTATGGGCCCTGTCACTAAAAATGAATGGATTATGGTCGGCACAATGCTTCTTGCAGTGTCTTTGTGGATCTTTGGgtatg-tcttctgccgtctattatatctacatc-tatggatgaatgtttttttggactgatttctaagtttgttgactttttgggtggagaacttgatcctt

upper sequence: GRMZM2G040933_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA13G02150.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9

CACTGGCTGAAAAGAAACTGAAGCTCATGGGCCCTGTGACTAAAAACGAATCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttcccataactgaagaaaattatctcatcctactgattcacgattttaatacaatttgc--agcttgtgagctattttgctctatgattctactt---
| |||||||  ||||||||| |    ||||||| ||| | ||||||||||| | ||||| | ||||||||| | |||||||| || |||||| | |||||||| |  |||    | ||     |   |||||  |||||  |||  | | ||||   ||   || |  || ||||   || ||| | |  |  | |  |      
CCCTGGCTGCCAAGAAACTGGAAAGTATGGGCCTTGTCATTAAAAACGAATGGATTATGGTCGGCACAATGCTCCTTGCAGTGTCTTTATGGATCTTTGGgtatgtcttctgccatct-----attatatctattcctatggatgaatgttttttggactgatttctaagtttgttgactttttgggtggagaacttgatccttg

upper sequence: GRMZM2G040933_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv03s0017g00640.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2

CACTGGCTGAAAAGAAACTGAAGCTCATGGGCCCTGTGACTAAAAACGAATCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGGgtaag--gtttcccataactgaagaaa--attatctcatcctactgattcacgattttaatacaatttgcagcttgtgagctattttgctctatgattctactt
|  ||||||  || |  ||| |||  |||||  |||| || | | | || | ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||  || || | ||  |     ||  |||||   ||| |   || |     || | | | |  |   || |  || | ||   ||  | | ||| |     
CCATGGCTGCTAAAAGGCTGGAGCATATGGGTTCTGTCACAAGAGATGAGTGGGTGATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTATCTTTATGGGTCTTTGGgtaagaagtatctcttactttgcataattattataaaatcttctagaattttacttgtgaaaaatctgtaaggtattgtgataacatgggcaaagatacc----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|37425206|gb|CF650340.1|CF650340

EST:     TCCTTATGGGTTTTTGG                         GGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT
genomic: TCCTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttc ... ttctgtttagGGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT

EST: gi|71774471|gb|DR972349.1|DR972349

EST:     TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGG                         GGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT
genomic: TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttc ... ttctgtttagGGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT

EST: gi|32920982|gb|CF025794.1|CF025794

EST:     TTATGGGTTTTTGG                         GGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT
genomic: TTATGGGTTTTTGGgtaaggtttc ... ttctgtttagGGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT

EST: gi|32920645|gb|CF025457.1|CF025457

EST:     TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGG                         GGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT
genomic: TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttc ... ttctgtttagGGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT

EST: gi|32921396|gb|CF026208.1|CF026208

EST:     TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGG                         GGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT
genomic: TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttc ... ttctgtttagGGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT

EST: gi|76021275|gb|DT948445.1|DT948445

EST:     TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGG                         GGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT
genomic: TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttc ... ttctgtttagGGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT

EST: gi|91050778|gb|EB161196.1|EB161196

EST:     TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGG                         GGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT
genomic: TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttc ... ttctgtttagGGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT

EST: gi|32920870|gb|CF025682.1|CF025682

EST:     TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGG                         GGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT
genomic: TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttc ... ttctgtttagGGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT

EST: gi|12045528|gb|BF727667.1|BF727667

EST:     TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGG                         GGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT
genomic: TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttc ... ttctgtttagGGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT

EST: gi|32921278|gb|CF026090.1|CF026090

EST:     TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGG                         GGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT
genomic: TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttc ... ttctgtttagGGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT

EST: gi|78083545|gb|DV511938.1|DV511938

EST:     TCGGTTATGACTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGG                         GGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT
genomic: TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttc ... ttctgtttagGGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT

EST: gi|71299453|gb|DR785734.1|DR785734

EST:     TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGG                         GGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT
genomic: TCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttc ... ttctgtttagGGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT

EST: gi|116829124|gb|EC864545.1|EC864545

EST:     CTTATGGG-TTTTGG                         GGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCA-
genomic: CTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttc ... ttctgtttagGGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCAT

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 45 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 43

CACTGGCTGAAAAGAAACTGAAGCTCATGGGCCCTGTGACTAAAAACGAATCGGTTATGATTGGCACAATGATTCTTGCAGTCTCCTTATGGGTTTTTGGgtaaggtttc ... ttctgtttagGGATGCTATTGGTGTGTCTAGTGTTGTGGCTGCAATGCTTGGGCTCTCCATTCTTCTCGTTCTCGGTGTGCTAGACTGGGACGATTGCTTGAATGAGAAA

Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 51

Block sizes: 47 (upstream exon), 43 (downstream exon)
Score: 9