Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTCATTGATGAGGTTGATGCTATAGCCACTGCTCGCTTTGATGCTCAGACTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagcttagctacatgatgaacttttaggggttaacaggtttattactatgttagaaaatatttagcaacaggcctcaaacattgaagttgttatttg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G038126_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G038126_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g21970.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TTTCATTGATGAGGTTGATGCTATAGCCACTGCTCGCTTTGATGCTCAGACTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagcttagctacatgatgaacttttaggg-----gttaacaggtttattactatgttagaaaatatttagcaacaggcctcaaacattgaagttgttatttg
 ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| | |||      |     |  | || |      ||  | |   | | || | ||||      ||  |   || ||  |    | |   |     |||    
ATTCATCGATGAGGTTGATGCTATAGCAACTGCTCGTTTTGATGCTCAGACTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAACTACTCAATCAGgtaaggtttattgttgtaggatatctgtaagatacttgtggagaaactgaatatt-tgttgcttgttaaatttgaatagctcagccatacccatacattta----

upper sequence: GRMZM2G038126_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G05730.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
-TTTCATTGATGAGGTTGATGCTATAGCCACTGCTCGCTTTGATGCTCAGACTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagcttagctacatgatgaacttttaggggttaacaggtttat-tactatgttagaa--aatatttagcaacaggcctcaaac---attgaa---gttgttatttg-----------------------------------------------
  || ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| || ||||| |||||  ||||||| || || || |||||||| ||  | ||||||||     |     | |||||  | || |    | |     | |||| |  | || ||  |  | || |||  || |   | | | |   | ||||   ||| | | ||                                                
TATTTATTGATGAGGTTGATGCAATAGCCACTGCTAGATTTGATGCCCAAACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCAggtg----tctatgaaatgat--atttctgttagcttctgtgattatgttttgtgctactattagtacttactaatatctcccgagctgcagtgaatcagttttcacttatctcttaatctctggttatttggtttaattacctgttcttttctaca

upper sequence: GRMZM2G038126_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA11G31450.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
TTTCATTGATGAGGTTGATGCTATAGCCACTGCTCGCTTTGATGCTCAGACTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagcttagctacatgatgaactt-ttaggggttaacaggtt--tattacta-tgttagaaaatatttag--caacaggcctcaaacattgaagttgttatttg----------------------------------------------------------------------------------------------
 || ||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||| || ||||| |||||  ||||||| || || || |||||||| ||  | |||||||||    |     | |||||     | ||||| | |   ||  |  | |||||| | |||| |  || | |   |  | |||  |     |   |||| || |||                                                                                               
ATTTATTGATGAGGTTGATGCAATAGCCACGGCTAGATTTGATGCCCAAACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCAGgta----tctatgaaatgatatttctattaggtgctgtgagtatgttgttactactattagtagttactaatttctgctggctgctg-tgtattagtttttgtttatctcttaccctctagctatttggttggactacacttctctatgattttagatattctctgaagtgttggtttaattacctgttcttttcttcag

upper sequence: GRMZM2G038126_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA11G31470.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
TTTCATTGATGAGGTTGATGCTATAGCCACTGCTCGCTTTGATGCTCAGACTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagcttagctacatgatgaacttttaggggttaacaggtt--tattactat-gttagaaaatatttagcaacaggcctcaaacattgaagttgttatttg--------------------------------------------------------------------------------------------
 || ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| || ||||| |||||  ||||||| || || || |||||||| ||  | |||||||||    | |  |      |    |    |  || |  |||||  || ||||||   |||  | || ||    |  |||  |    | | | ||| || |||                                                                                             
ATTTATTGATGAGGTTGATGCAATAGCCACTGCTAGATTTGATGCCCAAACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCAGgtatctatgaaatgatatttatgttaggtgctgtgagtaggttgttactactattagtagttactaatttctgatgggctgctgtgaatta-gtttttgtttctcttaacctctagctatttggttgggctacacttccctatgattttagatattttctgaagtgttggtttaattacctgttcttttcttcag

upper sequence: GRMZM2G038126_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT5G58290.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
TTTCATTGATGAGGTTGATGCTATAGCCACTGCTCGCTTTGATGCTCAGACTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagcttagctacatgatgaacttttaggggttaa-caggtttattactatgttagaaaatatttagcaacaggcctcaaacattgaagttgttatttg------
 |||||||||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||| || || || ||  | |||||||| || ||||| |||||||| || |||||||| |         | || ||||| ||||||  || |  ||| | |  |  | |   | ||   ||||       | ||| ||    |   ||||  ||| |      
CTTCATTGATGAGGTAGATGCCATCGCTACTGCTAGGTTTGATGCTCAAACAGGAGCCGATAGGGAAGTTCAGCGTATTCTCATGGAGCTTCTTAATCAGgtgagaa-----caaataatgaa-ttttagttgtaattcagatcttatgttgtagaataatggattttagttgtgtccttaacttattgtgttga-attcgatgtag

upper sequence: GRMZM2G038126_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0004g08220.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TTTCATTGATGAGGTTGATGCTATAGCCACTGCTCGCTTTGATGCTCAGACTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagcttagctacatgatgaacttttaggggttaacaggtttatt-----actatgttagaaaat-atttagcaacagg---cctcaaacattgaagttgttatttg----------------------------------------------------------------------------------------
 ||||||||||||||||||||||| || || ||| | |||||||| || ||||| |||||  |||||||||| || || || |||||||| ||||||||||||  | |||     ||   || ||| ||| | |  |  | |||| |     |  | |   |||||| | ||   ||| ||      |||| |   | |   ||  ||                                                                                         
CTTCATTGATGAGGTTGATGCTATTGCTACCGCTAGGTTTGATGCCCAAACTGGAGCTGATAGAGAAGTTCAGCGAATCCTCATGGAGCTCCTCAATCAGgtag-gtttaaaaggatatggatcttatagagat--atggatttaattaaaaaaaaggcctgaaaatcagttgttaactggggatgccaaaaaaaaagggctttgattaatttgtctgttgattacagcatgtacttgcttctattgttagctaaaaatgtttaactttttggatttgggtctaaattcttctccag

upper sequence: GRMZM2G038126_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: EFJ04233 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 3
TTTCATTGATGAGGTTGATGCTATAGCCACTGCTCGCTTTGATGCTCAGACTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagcttagctacatgatgaacttttaggggttaacaggtttattactatgttagaaaatatttagcaacaggcctcaaacattgaagttgttatttg
 || || |||||| ||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || || ||||| |||||||| ||||| ||||||||    | | |   ||  ||      |  ||      | || | |                                                    
CTTTATCGATGAGATTGATGCCATTGCCACGGCTCGGTTTGATGCTCAAACTGGCGCTGACCGTGAAGTCCAGCGTATTCTGATGGAGCTGCTCAACCAGgtaaaaggaaccaagtagagtaagccgctgacgtccttgtgcttctcag---------------------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G038126_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: EFJ38338 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 3
TTTCATTGATGAGGTTGATGCTATAGCCACTGCTCGCTTTGATGCTCAGACTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagcttagctacatgatgaacttttaggggttaacaggtttattactatgttagaaaatatttagcaacaggcctcaaacattgaagttgttatttg
 || || |||||| ||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || || ||||| |||||||| ||||| ||||||||    | | |   ||  ||      |  ||      | || | |                                                    
CTTTATCGATGAGATTGATGCCATTGCCACGGCTCGGTTTGATGCTCAAACTGGCGCTGACCGTGAAGTCCAGCGTATTCTGATGGAGCTGCTCAACCAGgtaaaaggaaccgagtagagtaagccgctgacgtccttgtgcttctcag---------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67017682|gb|CO446431.1|CO446431
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|31355065|gb|CD439422.1|CD439422
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|32836399|gb|CD976077.1|CD976077
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|19351524|gb|BM896056.1|BM896056
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|33092922|gb|CF052916.1|CF052916
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|32835304|gb|CD974982.1|CD974982
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|60398034|gb|DN230850.1|DN230850
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|32908278|gb|CF013091.1|CF013091
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAAC
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAAC
EST: gi|78112286|gb|DV530680.1|DV530680
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|6194636|gb|AW146740.1|AW146740
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|32837433|gb|CD977111.1|CD977111
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|4314880|gb|AI444677.2|AI444677
EST:     CT-GT-CTGA-CGAG-AGTTC-ACGCATTC-TATGGAGCTA-TCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|149051875|gb|EE156005.2|EE156005
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|31354242|gb|CD438599.1|CD438599
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|89246893|gb|DY618679.1|DY618679
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|32835786|gb|CD975464.1|CD975464
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|148931877|gb|EC877341.2|EC877341
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|24769170|gb|CA404299.1|CA404299
EST:     TATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: TATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|6342662|gb|AW165486.1|AW165486
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|211331026|gb|FL444742.1|FL444742
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|18964972|gb|BM661316.1|BM661316
EST:     CTGGTGCTGACCGAGTAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttacagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTTCATTGATGAGGTTGATGCTATAGCCACTGCTCGCTTTGATGCTCAGACTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAACGCATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagcttagctacatgatgaacttttaggggttaacaggtttattactatgttagaaaatatttagcaacaggcctcaaacattgaagttgttatttg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT