1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
CCAGCTCAAGTTCCAGAGGAACAAGAGGTCTGTTGCTGAGGAGAGGGCTGGACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaattgagttgagcttaacaagatatcatgagaattttcatccttgtcagtactgatgccacatctggctcttgttactggacaacag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G034794_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|211043357|gb|FL434192.1|FL434192
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|14244396|gb|BG842379.2|BG842379
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: ACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|89247240|gb|DY619026.1|DY619026
genomic: ACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|113789347|gb|DW909163.1|DW909163
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: CTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|1713336|gb|AA143931.1|AA143931
genomic: CTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGEST: gi|60339194|gb|DN206167.1|DN206167
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTG
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|211322521|gb|FL456184.1|FL456184
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|30306792|gb|CD001465.1|CD001465
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|33096855|gb|CF056815.1|CF056815
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|50331697|gb|CO526823.1|CO526823
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|50331696|gb|CO526822.1|CO526822
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|60397206|gb|DN230022.1|DN230022
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|60342479|gb|DN209452.1|DN209452
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|4647041|gb|AI622116.1|AI622116
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|4804132|gb|AI665998.1|AI665998
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|9254922|gb|BE345390.1|BE345390
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|50334250|gb|CO529376.1|CO529376
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|18964393|gb|BM660980.1|BM660980
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAATTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTGGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|74239605|gb|DT647519.1|DT647519
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|60399362|gb|DN232176.1|DN232176
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|148929092|gb|EC874452.2|EC874452
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: CTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAGTGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|60339489|gb|DN206462.1|DN206462
genomic: CTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|5739712|gb|AI947288.1|AI947288
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: AGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|211043356|gb|FL434191.1|FL434191
genomic: AGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|8665666|gb|BE186482.1|BE186482
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACTEST: gi|9028655|gb|BE238695.1|BE238695
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
EST: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAG GATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
genomic: GACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaa ... tggacaacagGATAGCACCTACAAGTACTTTGAGATCATTCTTGTTGATGTGGCCCACACT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCAGCTCAAGTTCCAGAGGAACAAGAGGTCTGTTGCTGAGGAGAGGGCTGGACGAAAGCTTGGTGGACTCAGGGTTCTCAACTCCTACTGGGTGAATGAGgtatgcttaattgagttgagcttaacaagatatcatgagaattttcatccttgtcagtactgatgccacatctggctcttgttactggacaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA