Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCTCCTCGTCCCCCGCATCCTCCCATGGTTCTCACTGCGGGGTGGGGCCATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaaccaccacatccatctccacattaatttgttttatttaatttggtgtttattttaaggctacggtcccgaacctcggcttacaaatccccc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G032619_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149113126|gb|EE295893.2|EE295893
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|148940343|gb|EC885129.2|EC885129
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|149083799|gb|EE173167.2|EE173167
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|149099274|gb|EE185308.2|EE185308
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|148955322|gb|EC900865.2|EC900865
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|148938739|gb|EC883071.2|EC883071
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|149095748|gb|EE181386.2|EE181386
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|148942456|gb|EC887475.2|EC887475
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|154130414|gb|EC872269.2|EC872269
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|149204991|gb|ES700587.1|ES700587
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|148940952|gb|EC885797.2|EC885797
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|149083087|gb|EE172347.2|EE172347
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|149097398|gb|EE183251.2|EE183251
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|148954312|gb|EC899723.2|EC899723
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|148948099|gb|EC893606.2|EC893606
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|148929079|gb|EC874411.2|EC874411
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|148928368|gb|EE285050.2|EE285050
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|148987339|gb|EE031180.2|EE031180
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGGGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|148995378|gb|EE034589.2|EE034589
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTTTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTGGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|148970696|gb|EE021412.2|EE021412
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTAC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|149103089|gb|EE288452.2|EE288452
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|89763209|gb|DY690507.1|DY690507
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|149072769|gb|EE161012.2|EE161012
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|148963563|gb|EE014589.2|EE014589
EST:     TATGCCTTCGGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: TATGCCTTC-GGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|148947349|gb|EC892743.2|EC892743
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|50324950|gb|CO520076.1|CO520076
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|148953204|gb|EE152686.2|EE152686
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|149101289|gb|EE187402.2|EE187402
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|149074636|gb|EE163048.2|EE163048
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|76285134|gb|DV024702.1|DV024702
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|148990847|gb|EE032265.2|EE032265
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
EST: gi|148996315|gb|EE035598.2|EE035598
EST:     ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAG                         ATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC
genomic: ATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 80

CTCTCCTCGTCCCCCGCATCCTCCCATGGTTCTCACTGCGGGGTGGGGCCATATGCCTTCGGAGGCTTCTCTGGCCCATGTGGCAGTGCTTGGACCAAAGgtaaacctaa ... gttggtgtagATCATGACTGGTACGCTTTAAGCGACAACGACGATGACATGAGCTCCGTGCACTCCGGTAAGTACTCTCCTGTGCACTACGCGTCAGGTGCCGGCCACGA




<











<


<