ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

TCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGCTGCGCCAAGAGTTCCATGTTGCTGCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtctttacttctctcctgtctgatcacgccgtatgtcatgatgaccaatctaaggaaggatcaatatcaagccttcagtgcaaatgcatacataca...

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G030784_T01
intron #	3
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G030784_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g05490.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3

TCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGCTGCGCCAAGAGTTCCATGTTGCTGCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtctttacttctctcctgtctgatcacgccgtatgtcatgatgaccaatctaaggaaggatcaatatcaagccttcagtgcaaatgcatacataca--
| |||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||  | | |||| |      ||  ||| |   |||   | |||| ||    ||||   | |  | | | | | | |||   | ||||     |||   
TGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGCTGCGCCCGGAGATCCAAGTTGCTGCTCAGAATTGTTGGGTGAAGAAGGGCGGGGCTTTCACCGGTGAGGTCAGgttagttatcagttctgtttcagttgtacacccaacatgctgtaatgatcaccagaaggttagctacaaaccta-cttgcagaa-agatgcgccattacgct

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|71325325|gb|DR799341.1|DR799341

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|6021111|gb|AW066039.1|AW066039

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         GGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGCACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211522695|gb|FL104750.1|FL104750

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTTAAGAAGGGAGGTGCTTTCACCGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211525699|gb|FL104762.1|FL104762

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGNGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCA-CCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211525698|gb|FL104761.1|FL104761

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTTAAGAAGGGAGGTGCTTTCACCGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|14569384|gb|BI097707.1|BI097707

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211419268|gb|FL091406.1|FL091406

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|5296085|gb|AI782960.1|AI782960

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTTAAGAAGGGAGGTGCTTTCACCGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|21331670|gb|BQ487051.1|BQ487051

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTTAAGAAGGGAGGTGCTTTCACCGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|13198659|gb|BG354461.1|BG354461

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|213178228|gb|FM191284.1|FM191284

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|18162386|gb|BM332225.1|BM332225

EST:     CTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAAATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: CTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|116828082|gb|EC872041.1|EC872041

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|7216447|gb|AW562569.1|AW562569

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTTAAGAAGGGAGGTGCTTTCACCGGNGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211331048|gb|FL104687.1|FL104687

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|71323015|gb|DR798174.1|DR798174

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211324555|gb|FL104646.1|FL104646

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATCCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|67010285|gb|CO439034.1|CO439034

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCANCCTTGGTGTTCCNTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211531696|gb|FL104786.1|FL104786

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTTAAGAAGGGAGGTGCTTTCACCGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|76294301|gb|DV033869.1|DV033869

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211534316|gb|FL091475.1|FL091475

EST:     GCTCARAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGARATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTY
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|31355717|gb|CD440074.1|CD440074

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|116821141|gb|EC864427.1|EC864427

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTTAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCGTGGGTCATTCTTGG
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGG

EST: gi|211331053|gb|FL104692.1|FL104692

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTTAAGAAGGGAGGTGCTTTCACCGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|6021490|gb|AW066418.1|AW066418

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTTAAGAAGGGAGGTGCTTTCACCGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|74236492|gb|DT644406.1|DT644406

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211324554|gb|FL104645.1|FL104645

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|67021074|gb|CO449823.1|CO449823

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|61236882|gb|DN586594.1|DN586594

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|31355497|gb|CD439854.1|CD439854

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|93013557|gb|EB639077.1|EB639077

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|74235418|gb|DT643332.1|DT643332

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|67034586|gb|CO463136.1|CO463136

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211331054|gb|FL104693.1|FL104693

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGKAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|21760002|gb|BQ635543.1|BQ635543

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTTAAGAAGGGAGGTGCTTTCACCGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211331046|gb|FL104685.1|FL104685

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211335381|gb|FL104715.1|FL104715

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|193503181|gb|AM937593.1|AM937593

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211326717|gb|FL104658.1|FL104658

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|32865187|gb|CF004869.1|CF004869

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|40337088|gb|CK371158.1|CK371158

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGACATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|31353766|gb|CD438123.1|CD438123

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|67020068|gb|CO448817.1|CO448817

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTT-TCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|18169056|gb|BM338896.1|BM338896

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211331043|gb|FL104682.1|FL104682

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

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genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|18384001|gb|BM417201.1|BM417201

EST:     TGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGG-GTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: TGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211324556|gb|FL104647.1|FL104647

EST:     GCTCARAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCTTTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211519681|gb|FL104735.1|FL104735

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTTAAGAAGGGAGGTGCTTTCACCGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|17930054|gb|BM267014.1|BM267014

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGATGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|67021862|gb|CO450611.1|CO450611

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|50325684|gb|CO520810.1|CO520810

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|7844330|gb|AW787552.1|AW787552

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTTAAGAAGGGAGGTGCTTTCACCGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|71332087|gb|DR802949.1|DR802949

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|31352108|gb|CD436465.1|CD436465

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|101389975|gb|EB816919.1|EB816919

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|31355762|gb|CD440119.1|CD440119

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|32908761|gb|CF013574.1|CF013574

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|93283118|gb|EB675382.1|EB675382

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|60348349|gb|DN215322.1|DN215322

EST:     AGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: AGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211537328|gb|FL091492.1|FL091492

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|67035472|gb|CO464005.1|CO464005

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211331050|gb|FL104689.1|FL104689

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211324558|gb|FL104649.1|FL104649

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

EST: gi|211328888|gb|FL104673.1|FL104673

EST:     GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAG                         TGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC
genomic: GCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTC

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 996

TCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGCTGCGCCAAGAGTTCCATGTTGCTGCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtcttt ... attaatgcagTGCTGAGATGCTCGTCAACCTTGGTGTTCCCTGGGTCATTCTTGGACACTCTGAAAGGAGAGCTCTGCTGGGAGAATCAAATGAA

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 2361

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 2343

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1435

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGCTGCGCCAAGAGTTCCATGTTGCTGCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTCAGgttagtctttacttctctcctgtctgatcacgccgtatgtcatgatgaccaatctaaggaaggatcaatatcaagccttcagtgcaaatgcatacataca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG