Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTATGGGTTGCTAGGAAACCACCAGGGTTTGCCTTCATTGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaataactatagatgcctatttattattactttgtagtgtagagaacttgccttttcttgtaagactttctacaagtaatttatgcagctttctg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G027105_T07
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G027105_T07 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g39720.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TGTATGGGTTGCTAGGAAACCACCAGGGTTTGCCTTCATTGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaataactatagatgcctattta-ttattactttgtagtgtagagaacttgccttttcttgtaagactttctacaagtaatttatgcagctttctg-
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||||| | |      |||  || || | || ||  | |    |||| |   |   |   ||| |||  | ||  | ||||     || || ||    |   |  
TGTATGGGTTGCTAGAAAACCACCAGGTTTTGCCTTTATTGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcgtagatatttgtctttgtagttcatgcaagatagtttcatgttatgcacttctctaatgag-ttatctattt-caacttctggcattacatag

upper sequence: GRMZM2G027105_T07 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA14G17930.4 (Glycine max), 5'ss of exon 3
TGTATGGGTTGCTAGGAAACCACCAGGGTTTGCCTTCATTGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtactt----aataactatagatgcctatttattattactttgtagtgtagagaacttgccttttcttgtaagactttctacaagtaatttatgcagctttctg-
||| ||||||||  | | |||||| || | ||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||||||  |    || || ||| | ||      | | ||    ||  | |  | |  |  ||  |       || |  | | |||||   |||  |      | ||  
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcagaagaattat-gttgttggaatgtaatagaattaaaatcaaaattaaatg--tgcatagatatgtttatttacaa--cattcttcttatctgctaa

upper sequence: GRMZM2G027105_T07 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA17G29080.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
TGTATGGGTTGCTAGGAAACCACCAGGGTTTGCCTTCATTGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtactt----aataactatagatgcctatttattattactttgtagtgtaga---gaacttgccttttcttgtaagactttctacaagtaatttatgcagctttctg
||| ||||||||  | | |||||| || | ||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||  |    || || ||| | ||      | | ||    ||  | |  | |    ||  ||| | |   ||||  | || |||||      |||| | |||     
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttagaagaattat-gttgttggaatgtaatagaattaaaatcaaaattaaaatgtgcatatatatgtat-atttgctacattcttcttat-ctgcta----

upper sequence: GRMZM2G027105_T07 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0069g00800.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TGTATGGGTTGCTAGGAAACCACCAGGGTTTGCCTTCATTGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaataactatagatgcctatttattattactttgtagtgtagagaacttgccttttcttgtaagactttctacaagtaatttatgcagctttctg-----
||| ||||||||  | | ||||||||| | ||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  || |||    ||||     | || |  |  ||| | ||      |  ||  || | |||| |   | | | |  |   ||||   |  ||||||      
TGTCTGGGTTGCACGCAGACCACCAGGCTATGCTTTTATCGACTTTGATGACCGTAGAGATGCACAAGATGCAATTCGTGAATTAGATGgtatgtattaa----agattttcttgtaatggtg-tttattgttcttgaattttctctatgcttgaacctcatgccaacaaccatttcatctcctttctctaatt

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15188227|gb|BI417204.1|BI417204
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|71438000|gb|DR819050.1|DR819050
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|22489522|gb|BU049445.1|BU049445
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|22489415|gb|BU049338.1|BU049338
EST:     TGNCTTTGATGNCCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|71317875|gb|DR795704.1|DR795704
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|15313695|gb|BI478910.1|BI478910
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|18384819|gb|BM418018.1|BM418018
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|18053132|gb|BM318790.1|BM318790
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|149082345|gb|EE171527.2|EE171527
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|26456505|gb|CA828088.1|CA828088
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|15177619|gb|BI398558.1|BI398558
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|20803218|gb|BQ294268.1|BQ294268
EST:     GTGAA-TGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: GTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|17970002|gb|BM276770.1|BM276770
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|211060877|gb|FK967412.1|FK967412
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGG-ATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGADTGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|18384821|gb|BM418020.1|BM418020
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|18053144|gb|BM318802.1|BM318802
EST:     CGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: CGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|18384989|gb|BM418188.1|BM418188
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|87298765|gb|DY470768.1|DY470768
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|15188220|gb|BI417197.1|BI417197
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|18384820|gb|BM418019.1|BM418019
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|50333998|gb|CO529124.1|CO529124
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|21331667|gb|BQ487048.1|BQ487048
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|22489184|gb|BU049107.1|BU049107
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|18384999|gb|BM418198.1|BM418198
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|71438201|gb|DR819251.1|DR819251
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|18383855|gb|BM417055.1|BM417055
EST:     CGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: CGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: gi|71449212|gb|DR830262.1|DR830262
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTATGGGTTGCTAGGAAACCACCAGGGTTTGCCTTCATTGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaataactatagatgcctatttattattactttgtagtgtagagaacttgccttttcttgtaagactttctacaagtaatttatgcagctttctg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG