Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGCAACCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttagaacagtaccatctcccttatatattttctaaccccatcttataatttttatactgctttgatagtagctattgtagacttgaattccgatgcagatgtagcattgttgtcttctccctgaggtcgagtttttttaatagacttggtgttcatgaactacattgaatcccattgattttgcttgttacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G023289_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g50480.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GTGCAACCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttagaac------agtaccatctcccttatatattttctaaccccatcttataatttttatactgctttgatagtagctattgtagacttgaattccgatgcagatgtagcattgttgtcttctccctgaggtcgagtttttttaatagacttggtgttcatgaactacattgaatcccattgattttgcttgttacag
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||  |        |   |||    ||| |  | |||      || | || | | |||| |  |   ||   ||| |||  |   || ||   ||                                                                                                        
GTGCAACCATTGTTGTGTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCGAAGGATGCTGTTCAGgtaatttatgattgattaggcctcatggttcttgtgcaattttgtgatccttattgtcaattttgttatatatttgcagttgcttctacggatttccctt--------------------------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT1G23190.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
GTGCAACCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttagaacagtaccatctcccttatatattt-tctaaccccatcttataatttttatactgctttgatagtagctattgtagacttgaattccgatgcagatgtagcattgttgtcttctccctgaggtcgagtttttttaatagacttggtgttcatgaactacattgaatcccattgattttgcttgttacag
|||| ||  |||| |||||||||||||| || |||| |||||| |||||||||||||| |    ||    ||    ||  ||| |  || | | | |    |  ||    | |  |||    | ||| | |||   |  |  | ||  | |    || |                                                                                                
GTGCCACACTTGTGGTCTCTGGTGATGGTCGTTATTACTCAAAGGATGCTGTTCAGgtaaggccga-tgatattccctgtcttctggatctgtgtgaatgtaa-ttggcgtatccatagaattatga-attagtgctcatgtatttacaatgttttgga------------------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv01s0011g05370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GTGCAACCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttagaacagtaccatctcccttatatattttctaaccccatcttataatttttatactgctttgatagtagctattgtagacttgaattccgatgcagatgtagcattgttgtcttctccctgaggtcgagtttttttaatagacttggtgttcatgaactacattgaatcccattgattttgcttgttacag
|    ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||   ||       |  |   |  |    |||||||        ||| | |  ||  ||||  | ||||  | |||  ||| ||    |  |||    ||         ||||                                                                                     
GCATGACACTTGTTGTTTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCGAAGGATGCCATTCAGgtacattct-----tgtccatttgcgcgcatattttt-------atcatcttgttcgtatatggttttgg-actagtaattttatttatttatttaattgttttcagtacatt-------------------------------------------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211519862|gb|FL340800.1|FL340800
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211510167|gb|FL335461.1|FL335461
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|31353596|gb|CD437953.1|CD437953
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGTTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211114423|gb|FL039504.1|FL039504
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211538908|gb|FL379332.1|FL379332
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211245824|gb|FL313144.1|FL313144
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211468308|gb|FL243204.1|FL243204
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCANAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211409150|gb|FL322197.1|FL322197
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211520754|gb|FL372662.1|FL372662
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211348782|gb|FL410664.1|FL410664
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211514328|gb|FL308791.1|FL308791
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211320241|gb|FL338456.1|FL338456
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211430936|gb|FL367558.1|FL367558
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211143693|gb|FL324984.1|FL324984
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211113641|gb|FL039501.1|FL039501
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTG
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTG
EST: gi|211092187|gb|FL375383.1|FL375383
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|149106401|gb|EE292127.2|EE292127
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211515016|gb|FL344872.1|FL344872
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211420086|gb|FL350025.1|FL350025
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211445897|gb|FL403744.1|FL403744
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211137320|gb|FL356389.1|FL356389
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211177446|gb|FL359119.1|FL359119
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211217606|gb|FL408377.1|FL408377
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211012104|gb|FL418130.1|FL418130
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211048105|gb|FL385535.1|FL385535
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTTGGGTTGG
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTT-GGGTTGG
EST: gi|148931122|gb|EC873792.2|EC873792
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211114429|gb|FL039510.1|FL039510
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211079915|gb|FL412204.1|FL412204
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211220603|gb|FL338340.1|FL338340
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|67021929|gb|CO450678.1|CO450678
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211111130|gb|FL394545.1|FL394545
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211114427|gb|FL039508.1|FL039508
EST:     CCAGTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211317021|gb|FL376013.1|FL376013
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211009326|gb|FL418558.1|FL418558
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211260711|gb|FL355112.1|FL355112
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211058754|gb|FL342287.1|FL342287
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211030301|gb|FL309717.1|FL309717
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211030302|gb|FL309718.1|FL309718
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211394811|gb|FL369335.1|FL369335
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211443060|gb|FL370676.1|FL370676
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|31356531|gb|CD440888.1|CD440888
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGTTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211099119|gb|FL353128.1|FL353128
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211491900|gb|FL325739.1|FL325739
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|31354050|gb|CD438407.1|CD438407
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGTTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|213173746|gb|FM188063.1|FM188063
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211445226|gb|FL373040.1|FL373040
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211114426|gb|FL039507.1|FL039507
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211419246|gb|FL320476.1|FL320476
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211383896|gb|FL356595.1|FL356595
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211477070|gb|FL423432.1|FL423432
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|31351485|gb|CD435842.1|CD435842
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGTTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211121113|gb|FL321102.1|FL321102
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211134618|gb|FL369500.1|FL369500
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAACACCCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|149060809|gb|EE157261.2|EE157261
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211200656|gb|FL341863.1|FL341863
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|149083128|gb|EE172391.2|EE172391
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211477530|gb|FL326610.1|FL326610
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211462418|gb|FL327911.1|FL327911
EST:     CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... cttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGCAACCATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttagaacagtaccatctcccttatatattttctaaccccatcttataatttttatactgctttgatagtagctattgtagacttgaattccgatgcagatgtagcattgttgtcttctccctgaggtcgagtttttttaatagacttggtgttcatgaactacattgaatcccattgattttgcttgttacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT