Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGTCGGGGTTACTCTTGGACCAAAGGGGCGAAATGTAGTCCTCGAAAGCAAGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatctgactacaaacttaccatcgtttgttcttgctcgtactgcaaccataccctgctctaacttcttgtggctgccgagtttcctcatatgttctgggctgtggccatgcaccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G015989_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G015989_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g01280.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
CGTCGGGGTTACTCTTGGACCAAAGGGGCGAAATGTAGTCCTCGAAAGCAAGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatctgactacaaacttaccatcgtttgttcttgc--tcgtactgcaacc-ataccctgctctaacttcttg-tggctgccgagtttcctcatatgttctgggctgtggccatgcaccag----------------------------------------------------------
||| || || || ||||| ||||| || || ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||   |  |  |    |||||   | |  | |  |  |||  || ||      |  | |  | |   |  ||      || |||   | ||  |  | |   | ||   | |    |||||                                                              
CGTTGGAGTCACCCTTGGTCCAAAAGGACGGAATGTTGTCCTTGAGAGCAAGTATGGATCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTTACCGTTGCAAAGGAGgtatgccacgtatagtaaactgttcgtgttcttatgatgcaatcctatcattgcttaaattcagagttttctgaaaaatgactgaacatttggcataaactgtttgttttcttatgatgcaatcctatcatagcttaaattcagagttttctgaaaaatgagtgaacatttggcatgcaccag

upper sequence: GRMZM2G015989_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G18760.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
CGTCGGGGTTACTCTTGGACCAAAGGGGCGAAATGTAGTCCTCGAAAGCAAGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatctgactacaaactt-accatcgt-ttgttcttgctcgtactgcaaccataccctgctctaac--ttcttgtggctgccgagtttcctcatatgttctgggctgtggccatgcaccag
 || ||||| || ||||| || |||||  ||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| || || || ||||||||||| || || ||||||    | |   |   || ||   | |  | ||||| | | |  | ||     |  |       |      || ||||     ||||    | |   ||                         
GGTTGGGGTCACGCTTGGTCCCAAGGGAAGAAATGTTGTTCTCGAGAGCAAGTATGGCTCGCCGAAAATCGTTAACGACGGTGTCACTGTCGCTAAAGAGgtgactttttttttttgaattttgtcgtactattgttatggttgtttcttttttcgaatttaaagcaggtaattattgtaaaaaccgacaaacttatcat-------------------------

upper sequence: GRMZM2G015989_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT3G13470.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
CGTCGGGGTTACTCTTGGACCAAAGGGGCGAAATGTAGTCCTCGAAAGCAAGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatctgactacaaacttaccatcgtttgttcttgctcgtactgcaaccataccctgctctaacttcttgtggctgccgagtttcctcatatgttctgggctgtggccatgcaccag
 || || || || ||||||||||| ||| ||||||| || || || ||||||||||| || || | |||||| ||||||||||||||||| || | ||||||    |  | | |      ||| |    | ||||| |  ||||  |  |    | | ||   || |    ||    ||||  ||                                    
TGTTGGTGTCACACTTGGACCAAAAGGGAGAAATGTTGTTCTTGAGAGCAAGTATGGATCCCCAAGAATTGTTAATGATGGTGTCACTGTTGCGAGGGAGgtatgaaatttattgtctgtttaaccaattatgttcct-ttcgtttttaattacttctctaagcttaaggttttcttctgcttag------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G015989_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT1G55490.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
CGTCGGGGTTACTCTTGGACCAAAGGGGCGAAATGTAGTCCTCGAAAGCAAGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatctgactacaaacttaccatcgtttgttcttgctcgtactgcaaccataccctg----ctctaacttcttgtggctgccgagtttcctcatatgttctgggctgtggccatgcaccag
 || || ||||| |||||||| || || |||||||| || || || ||||||||||| |||||   |||||| ||||||||||| ||||| ||||  |||||    ||   | ||  | |   |      |  || ||| ||  | | ||||     | |      || |||||  |   |  |                                         
TGTTGGTGTTACACTTGGACCCAAAGGACGAAATGTTGTTCTTGAGAGCAAGTATGGATCACCACGAATTGTTAATGATGGTGTGACTGTTGCAAGAGAGgt----atggaattattacccctctgataatgatttttgttctcatt-caactgagtcttagagtttcaaactttctcctgtag-----------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G015989_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv09s0002g03930.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
CGTCGGGGTTACTCTTGGACCAAAGGGGCGAAATGTAGTCCTCGAAAGCAAGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatc-tgactacaaacttaccatcgtttgttcttgctcgtactgcaaccataccctgctctaacttcttgtggctgccgagtttcctcatatgttctgggctgtggccatgcaccag
 || |||||||||||||| ||||| ||| | ||||| || || || ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||  | ||  | | |  | | | |  ||  | |  |  || | ||    | || | | | |     ||  | | |    ||   | |||  | |  | |                       
AGTGGGGGTTACTCTTGGTCCAAAAGGGAGGAATGTTGTTCTGGAGAGCAAGTATGGGTCCCCGAAAATTGTTAATGATGGTGTTACTGTGGCAAGAGAGgtataaattatcattgaataatgaatatt-tatacttctggtggtgggccgactagagcattaaagaaaatatgggttatgataa-tttatttacgtatata--------------------

upper sequence: GRMZM2G015989_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0004g00240.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
CGTCGGGGTTACTCTTGGACCAAAGGGGCGAAATGTAGTCCTCGAAAGCAAGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatctgactacaaacttaccatcgtttgttcttgctcgtactgcaaccataccctgctctaacttcttgtggctgccgagtttcctcatatgttctgggctgtggccatgcaccag
 || || ||||||||||| ||||| ||  | ||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||          |||  || ||    |   || |  ||   | |  |  |     |    |  | ||   |  |  |      |||||  |||  |  |||                    
AGTGGGAGTTACTCTTGGTCCAAAAGGCAGGAATGTTGTCCTAGAGAGCAAGTATGGCTCCCCAAAAATTGTTAATGATGGTGTAACTGTGGCCAAAGAGgtatgttaagttctattaattttttttaagttctagttttgcttttttaagttgaatatggaacaaag--ccagcaggctataagttttgtcaatttctctt-------------------

upper sequence: GRMZM2G015989_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S14_298V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
CGTCGGGGTTACTCTTGGACCAAAGGGGCGAAATGTAGTCCTCGAAAGCAAGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtg------cacatc-------tgactacaaacttaccatcgtttgttcttgctcgtactgcaaccataccctgctctaacttcttgtggc----tgccgagtttcctcatatgttctgggctgtggccatgcaccag------------------------------------------------------
 || || || ||| | || || ||||| ||||| || || || || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||         ||||       |||   |  | |||  ||  | | | |||| |  |  || |      |  |  | |   |    | |||    ||  || | |    ||| | | | |    |   | || |  ||                                                      
TGTTGGTGTCACTTTGGGGCCCAAGGGCCGAAACGTCGTGCTTGAGAGCAAGTATGGCTCACCCAAAATTGTGAATGACGGTGTCACTGTGGCCAAGGAGgttagggcttgcatcctctctatgagcccggatttattatgttgtttacttggtttttttggataagcgcgattttttttttgaggggggcggggtgtagaatcttgggataaggtttcgttctt--tcttgaattagatgcgcatgagtttgagcttttcaattaacgcgctgaatctcggaactcaacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211451228|gb|FL117916.1|FL117916
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|22473201|gb|BU037681.1|BU037681
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|32841380|gb|CD981061.1|CD981061
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAANTTGGTCCGCCA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAA-TTGGTCCGCCA
EST: gi|211451233|gb|FL117921.1|FL117921
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGGGGCTAAATTGGTCCGCCA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTG-CTAAATTGGTCCGCCA
EST: gi|211451231|gb|FL117919.1|FL117919
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATT
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATT
EST: gi|211449111|gb|FL117908.1|FL117908
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTG
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTG
EST: gi|32840179|gb|CD979860.1|CD979860
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTNGGTGCTAAATTGGTCCGCCA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATT-GGTGCTAAATTGGTCCGCCA
EST: gi|211453373|gb|FL117934.1|FL117934
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211453377|gb|FL117938.1|FL117938
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGG
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGG
EST: gi|211455500|gb|FL117946.1|FL117946
EST:     AGTATGGNTCACCTAAAATTGGCAATGATGGNGTCACTGNGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTA
EST: gi|211451230|gb|FL117918.1|FL117918
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211453374|gb|FL117935.1|FL117935
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGNGCTAAATTGGNCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211451222|gb|FL117910.1|FL117910
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTG
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTG
EST: gi|86472526|gb|DY238896.1|DY238896
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGAGGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGAACCCTGTTGAAAAATATTGGTGCTAAAT
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAA-TATTGGTGCTAAAT
EST: gi|29167881|gb|CB411141.1|CB411141
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGGACCCCTGTTGAAAAATATTGGCTGCTAAACTTGGTCC
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGA-GGA-CCCTGTTG-AAAATATTGG-TGCTAAA-TTGGTCC
EST: gi|32840151|gb|CD979832.1|CD979832
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAANTTGGTCCGCCA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAA-TTGGTCCGCCA
EST: gi|211449106|gb|FL117903.1|FL117903
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCT
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCT
EST: gi|32840279|gb|CD979960.1|CD979960
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211455506|gb|FL117952.1|FL117952
EST:     GTATGGCTCACCTAAAATTGTCCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGG
genomic: GTATGGCTCACCTAAAATTGTC-AATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGG
EST: gi|211449098|gb|FL117895.1|FL117895
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|28568974|gb|CB280849.1|CB280849
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|32840608|gb|CD980289.1|CD980289
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|6636936|gb|AW261208.1|AW261208
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGNTGAAAATATTGGCGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211455508|gb|FL117954.1|FL117954
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|67040018|gb|CO466273.1|CO466273
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211453370|gb|FL117931.1|FL117931
EST:     TGGCTCACCTAAAATTGTCCAAATGATGGTGTCACTGTGGGCAAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCC
genomic: TGGCTCACCTAAAATTGTC-AA-TGATGGTGTCACTGTGG-CAAA-GGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCC
EST: gi|211451229|gb|FL117917.1|FL117917
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|32840617|gb|CD980298.1|CD980298
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211455501|gb|FL117947.1|FL117947
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211455503|gb|FL117949.1|FL117949
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211451236|gb|FL117924.1|FL117924
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGNGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGG
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGG
EST: gi|31355200|gb|CD439557.1|CD439557
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211453372|gb|FL117933.1|FL117933
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACC-TGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGC
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGC
EST: gi|211455498|gb|FL117944.1|FL117944
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGNCAATGATGGTGTCACTGTGCCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGG
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGG
EST: gi|211449107|gb|FL117904.1|FL117904
EST:     GTATGGCTCACCTAAAATTGTCCAATGATGGTGNCACTGNGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCCTGGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGGNCCGC
genomic: GTATGGCTCACCTAAAATTGTC-AATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCC-TG-TTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGT-CCGC
EST: gi|211455504|gb|FL117950.1|FL117950
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211453368|gb|FL117929.1|FL117929
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211446986|gb|FL117894.1|FL117894
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGG
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGG
EST: gi|67016492|gb|CO445241.1|CO445241
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211455496|gb|FL117942.1|FL117942
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|47961558|gb|CN844267.1|CN844267
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211451224|gb|FL117912.1|FL117912
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|32840620|gb|CD980301.1|CD980301
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211453378|gb|FL117939.1|FL117939
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211449102|gb|FL117899.1|FL117899
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGA
EST: gi|211455502|gb|FL117948.1|FL117948
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGNCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|32934116|gb|CF038928.1|CF038928
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|32840152|gb|CD979833.1|CD979833
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211455497|gb|FL117943.1|FL117943
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGCCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211455505|gb|FL117951.1|FL117951
EST:     AGTATGGCTCACCTAANATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAA-TATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCA
EST: gi|211453366|gb|FL117927.1|FL117927
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211449101|gb|FL117898.1|FL117898
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGGGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|32840586|gb|CD980267.1|CD980267
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211449108|gb|FL117905.1|FL117905
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GGTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAA-ATTGG
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGG
EST: gi|32840180|gb|CD979861.1|CD979861
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211449112|gb|FL117909.1|FL117909
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCG
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCG
EST: gi|211001976|gb|FL117955.1|FL117955
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGAGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211453371|gb|FL117932.1|FL117932
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGNGGCTAAATTGGTCCGCCA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTG-CTAAATTGGTCCGCCA
EST: gi|211453369|gb|FL117930.1|FL117930
EST:     GTATGGCTCACCTAAAATTGCCAATGATGGTGTCACTGTNGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTGGAAAATATTGGNTGCTAAATTGGTCCGCCA
genomic: GTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGT-GGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGG-TGCTAAATTGGTCCGCCA
EST: gi|211453376|gb|FL117937.1|FL117937
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|87155572|gb|DY400361.1|DY400361
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
EST: gi|211453364|gb|FL117925.1|FL117925
EST:     AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAG                         GTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA
genomic: AGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatct ... catgcaccagGTTGAACTTGAGGACCCTGTTGAAAATATTGGTGCTAAATTGGTCCGCCAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CGTCGGGGTTACTCTTGGACCAAAGGGGCGAAATGTAGTCCTCGAAAGCAAGTATGGCTCACCTAAAATTGTCAATGATGGTGTCACTGTGGCAAAGGAGgtgcacatctgactacaaacttaccatcgtttgttcttgctcgtactgcaaccataccctgctctaacttcttgtggctgccgagtttcctcatatgttctgggctgtggccatgcaccag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG