Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAGgtatgtttatcacctttggtctgttcatcaactctacttctttgatagaagcactttggcattgtacattgtacagctaaggcttgtttgcattttgatgttttatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G014069_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G014069_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os08g44530.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAGgtatgtttatcacctttggtctgttcatcaactctacttctttgatagaagcactttggcattgtacattgtacagctaaggcttgtttgcattttgatgttttatgcag
|||||||| |||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||                            |||| ||||||   |   || |||||   ||    || | ||||||| |  |||  ||   |  || | |  | | |||
CCTGGTCATTTTCAGGGTAATTCTTATGACATAGTATCTGCTTTCCAGgta----------------------------ctctgcttcttatttgctagtactttctaatgtagcagtatacagcttattcttacttttgtcgtgttatgatgtacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148991389|gb|EE032884.2|EE032884
EST:     CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAG                         TGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
genomic: CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAGgtatgtttat ... ttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
EST: gi|74234929|gb|DT642843.1|DT642843
EST:     CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAG                         TGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAA
genomic: CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAGgtatgtttat ... ttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAA
EST: gi|78088301|gb|DV516694.1|DV516694
EST:     CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAG                         TGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
genomic: CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAGgtatgtttat ... ttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
EST: gi|149110704|gb|EE190563.2|EE190563
EST:     CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAG                         TGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
genomic: CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAGgtatgtttat ... ttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
EST: gi|28568894|gb|CB280769.1|CB280769
EST:     CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAG                         TGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
genomic: CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAGgtatgtttat ... ttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
EST: gi|71311153|gb|DR791883.1|DR791883
EST:     CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCTAG                         TGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
genomic: CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAGgtatgtttat ... ttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT