ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

TGTCTATGACCGAGAAACTGGGCGTTCGCGGGGATTTGGTTTTGTTACTATGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcgattcctgccatttgcataaccacagtaactttgtttgtcctgaaataattaataccacagtgaagctgcggagtgattctgtcctttccttttcctataccatgcccgataagttaaagcttttcttacgccaaaaatttaacttcttaatctggattgtgcag

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G011129_T01
intron #	3
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G011129_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os09g39180.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3

TGTCTATGACCGAGAAACTGGGCGTTCGCGGGGATTTGGTTTTGTTACTATGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcgattcctgccatttgcataaccacag-taactttgtttgtcctgaaataattaataccacagtgaagctgcggagtgattctgtcctttccttttcctataccatgcccgataagttaaagcttttcttacgccaaaaatttaacttcttaatctggattgtgcag
||| |||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||  | ||||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||| |  ||||    || |  |||    |||  |    ||      ||     |||| | |   |||  || |||| | | |||| ||        | |  | |  |  |     | |   ||  | |||| ||||| | |  ||   |  ||   |||||| |||   |||
TGTGTATGACAGAGAAACTGGGCGTTCACGAGGATTTGGTTTTGTAACAATGGCGACACAGGAAGAATTGGACGACGCTATTGCAGCCCTCGATGGACAGgtaagtgtatattcgattcactgacatctttacaactgggattaagcaaccactggtaatcattgttacatggaggctgtgaactgatgctaattgactcataccatcaataacttttg-tgtcttttaactttgcttacccaagtaacacacttttccaatctgaattcaacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|71421598|gb|DR805510.1|DR805510

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|32940532|gb|CF045351.1|CF045351

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|37394214|gb|CF634378.1|CF634378

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|5649975|gb|AI920335.1|AI920335

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|45846769|gb|CN070712.1|CN070712

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|4730426|gb|AI649592.1|AI649592

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|18179590|gb|BM380800.1|BM380800

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|50337197|gb|CO532323.1|CO532323

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|213169540|gb|FM189720.1|FM189720

EST:     GACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTT-ATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: GACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|148934224|gb|EC878245.2|EC878245

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCCCGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|71761890|gb|DR959827.1|DR959827

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|40335533|gb|CK369603.1|CK369603

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|76017245|gb|DT944415.1|DT944415

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|93017347|gb|EB642867.1|EB642867

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|37385171|gb|CF629707.1|CF629707

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|211132436|gb|FL443440.1|FL443440

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|71756576|gb|DR954513.1|DR954513

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|149110495|gb|EE294156.2|EE294156

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|78022081|gb|DV490468.1|DV490468

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|33096273|gb|CF056267.1|CF056267

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|3157158|gb|AA979780.1|AA979780

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

EST: gi|44900775|gb|CK827320.1|CK827320

EST:     TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAG                         AGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG
genomic: TGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGG

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 44 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 37

TGTCTATGACCGAGAAACTGGGCGTTCGCGGGGATTTGGTTTTGTTACTATGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcg ... gattgtgcagAGTTTGGATGGCCGTGCCTTGCGGGTGAATGTTGCAGAGGAGCGGCCACGGCGAGGTTTCTAATGAGGTTGTATCGGGTGGACTGCACGCTTGTTCCATG

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 277

Block sizes: 47 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 27

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 60

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTCTATGACCGAGAAACTGGGCGTTCGCGGGGATTTGGTTTTGTTACTATGGCATCGCAGGACGAATTGGATGATGCTATTGCTGCCCTTGATGGACAGgtcagtctcgattcctgccatttgcataaccacagtaactttgtttgtcctgaaataattaataccacagtgaagctgcggagtgattctgtcctttccttttcctataccatgcccgataagttaaagcttttcttacgccaaaaatttaacttcttaatctggattgtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA