1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
TTGATGAAGAATTCAATGGCAAGCTTTCTGATTTTGGACTGGCCAAGCTCTTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACGCGAGTTATGGGCACATTCGGgtatgtttttttatgggaacattccgaaatatgtcttttcttcactaactggaacctgtagtcttcacacgcagtaggaagtttacatacagagctttgttttccaatttttaagaagaattagctctgcaggggaagcaaccattcatctttttatttcaccacggtttcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G010953_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACACGAGTTATGGGCACATTCGG GTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGAEST: gi|16746104|gb|BM032534.1|BM032534
genomic: TTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACGCGAGTTATGGGCACATTCGGgtatgttttt ... acggtttcagGTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGA
EST: GGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACACGAGTTATGGGCACATTCGG GTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGAEST: gi|18384770|gb|BM417969.1|BM417969
genomic: GGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACGCGAGTTATGGGCACATTCGGgtatgttttt ... acggtttcagGTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGA
EST: TTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACACGAGTTATGGGCACATTCGG GTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGAEST: gi|33092310|gb|CF052304.1|CF052304
genomic: TTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACGCGAGTTATGGGCACATTCGGgtatgttttt ... acggtttcagGTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGA
EST: TTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACACGAGTTATGGGCACATTCGG GTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGAEST: gi|16745999|gb|BM032429.1|BM032429
genomic: TTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACGCGAGTTATGGGCACATTCGGgtatgttttt ... acggtttcagGTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGA
EST: TTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACACGAGTTATGGGCACATTCGG GTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGAEST: gi|18384771|gb|BM417970.1|BM417970
genomic: TTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACGCGAGTTATGGGCACATTCGGgtatgttttt ... acggtttcagGTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGA
EST: TTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACACGAGTTATGGGCACATTCGG GTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGAEST: gi|61118274|gb|DN559235.1|DN559235
genomic: TTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACGCGAGTTATGGGCACATTCGGgtatgttttt ... acggtttcagGTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGA
EST: TTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACACGAGTTATGGGCACATTCGG GTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGAEST: gi|18384769|gb|BM417968.1|BM417968
genomic: TTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACGCGAGTTATGGGCACATTCGGgtatgttttt ... acggtttcagGTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGA
EST: TTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACACGAGTTATGGGCACATTCGG GTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGAEST: gi|31358946|gb|CD443303.1|CD443303
genomic: TTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACGCGAGTTATGGGCACATTCGGgtatgttttt ... acggtttcagGTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGA
EST: TTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACACGAGTTATGGGCACATTCGG GTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGA
genomic: TTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACGCGAGTTATGGGCACATTCGGgtatgttttt ... acggtttcagGTATGTGGCTCCCGAGTATGCCAATACAGGTCTGTTAAATGAGAAGAGCGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTGATGAAGAATTCAATGGCAAGCTTTCTGATTTTGGACTGGCCAAGCTCTTGGGTGCTGGGAAGAGCCATATCACAACGCGAGTTATGGGCACATTCGGgtatgtttttttatgggaacattccgaaatatgtcttttcttcactaactggaacctgtagtcttcacacgcagtaggaagtttacatacagagctttgttttccaatttttaagaagaattagctctgcaggggaagcaaccattcatctttttatttcaccacggtttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA