Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTAAGTGAAAGGGTTGCTGATATTAAAACACGGACCTATGCAATGAAATGTCTCACTGCCTTTTGTGAGGCAGTAGGTCCTGGATTTGTGTTTGACAGGgtaagagataccattagattattattgtttttgttcaaaaggtcctccacatttgttcaatcaacccaattaggtgattttatatgctggtccgcaataaattcagaatgtgcactgtcgaacatctttgcaattttattttgtgctttagatgcacactgcttatatgatgtataattatgagttttaattttgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G009849_T02
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G009849_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 21
TGTAAGTGAAAGGGTTGCTGATATTAAAACACGGACCTATGCAATGAAATGTCTCACTGCCTTTTGTGAGGCAGTAGGTCCTGGATTTGTGTTTGACAGGgtaagagataccattagattattattgtttttgttcaaaaggtcctccacatttgttcaatcaacccaattaggtgattttatatgctggtccgcaataaattcagaatgtgca-ctgtcgaacatctttgcaattttattttgtgctttagatgcacactgcttatatgatgtataattatgagttttaattttgtag
  | |||||||||||||||||||| |||||||||    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| | || ||    |   |       |||||| |  |||   |   |  || | | |     | ||  | ||  | ||  || | ||  ||| |  | |   |  | | |||| | | || | |||  || | |||| |                                                      
CATTAGTGAAAGGGTTGCTGATATAAAAACACGGGGGCATGCAATGAAATGTCTCACTGCTTTTTGTGAGGCTGTTGGTCCGGGTTTTGTTTTTGAGAGGgtaagagaaaacactatcggaa-gtccaaacagttcaata--tccgtgaagatcctttagttatttacaataaataatagttta--cttgcccttaatcaggtgatgttaagtaactgttgta-atttatgcctttctcttttatag----------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19350672|gb|BM895204.1|BM895204
EST:     GTCTCACTGCCTTTTGTGAGGCAGTAGGTCCTGGATTTGTGTTTGACAGG                         CTTTACAAAATAATGAAGGAGCACAAGAATCCCAAGGTTCTTAGTGAGGGT
genomic: GTCTCACTGCCTTTTGTGAGGCAGTAGGTCCTGGATTTGTGTTTGACAGGgtaagagata ... aattttgtagCTTTACAAAATAATGAAGGAGCACAAGAATCCCAAGGTTCTTAGTGATGGT