1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
AAAGAGATAGAGTTCTACAGTCAGTTCCACATAATTGTCCTAGGTCTGGATTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgcttttccgtaccatttttgttagatatatactctatatctgagtaatagagttcaaagggagactaaaaccttaggtctacaacatgttcttgtt...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G007915_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGEST: gi|211126341|gb|FL147240.1|FL147240
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTACEST: gi|76917087|gb|DV166673.1|DV166673
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGEST: gi|71431174|gb|DR812224.1|DR812224
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGEST: gi|149099069|gb|EE185089.2|EE185089
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGEST: gi|78116520|gb|DV534907.1|DV534907
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGEST: gi|211127270|gb|FL147257.1|FL147257
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGAEST: gi|71439588|gb|DR820638.1|DR820638
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGA
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGEST: gi|78080951|gb|DV509363.1|DV509363
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGEST: gi|78084926|gb|DV513319.1|DV513319
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGEST: gi|71440225|gb|DR821275.1|DR821275
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGEST: gi|76287587|gb|DV027155.1|DV027155
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGEST: gi|78124196|gb|DV542580.1|DV542580
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATEST: gi|148931543|gb|EC874605.2|EC874605
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTAT
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGEST: gi|148942975|gb|EC888022.2|EC888022
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCCACTCCA-GAGACGGTTAACCCTATGGTAEST: gi|211127278|gb|FL147265.1|FL147265
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCC-ACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTA
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGEST: gi|71419962|gb|DR804958.1|DR804958
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGEST: gi|148931538|gb|EC874596.2|EC874596
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGEST: gi|71311094|gb|DR791861.1|DR791861
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAAGAGATAGAGTTCTACAGTCAGTTCCACATAATTGTCCTAGGTCTGGATTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgcttttccgtaccatttttgttagatatatactctatatctgagtaatagagttcaaagggagactaaaaccttaggtctacaacatgttcttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC