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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAAGCACCTTGAAAAGAATAGGAGTGAACAGCATTCCTGGTATTGAAGAGGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatactctggactccagtactcaacaagattagtacttcacttatttctaaaaatattttgtgggttcccctccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G001887_T03
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G001887_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os10g34180.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
CAAAGCACCTTGAAAAGAATAGGAGTGAACAGCATTCCTGGTATTGAAGAGGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatactctggactccagta------ctcaacaagattagtacttcacttatttctaaaaatatt--ttgtgggttcccctccag
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CAGAGCACTCTGAAAAGAGTAGGAGTAAACACCATCCCTGGCATTGAAGAGGTTAACATTTTCAAGGATGATGTGGTTATTCAGTTTCTGAATCCTAAAGgtgagatcacttgaatactaaaatgcaagttctacacgattagtaatctacttgctttcttatattttatttcttggttttgttccag

upper sequence: GRMZM2G001887_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA01G18780.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
CAAAGCACCTTGAAAAGAATAGGAGTGAACAGCATTCCTGGTATTGAAGAGGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatactctgg-----actccagtactcaacaagatt-agtacttcac-ttatttctaaaaatattttgtgggttcccctccag
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CAAAGCACCCTGAAGAGGATAGGAGTGAATGCTATCCCTGCAATTGAAGAAGTCAACATCTTTAAGGATGAAATAGTTATCCAGTTTTTAAACCCCAAAGgtaatattaattggtgataattttagtatacaatttatttcaacattttaagttgactctatttgttcaaaatggaatcttttgcag

upper sequence: GRMZM2G001887_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA12G04380.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
CAAAGCACCTTGAAAAGAATAGGAGTGAACAGCATTCCTGGTATTGAAGAGGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatactctggactccagtactcaacaagattagtacttcacttatttctaaaaatattttgtgggttcccctccag-----------------------------
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CAGAGCACCCTGAAGAGAATAGGGGTGAATGCCATCCCTGCTATTGAAGAGGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgta--ata-tcaggtccatgatatttag-aacatttatatttatattttttaatataataggctatatatatttcttcaattgtattaagttggaaattttctttccag

upper sequence: GRMZM2G001887_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA11G12180.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
CAAAGCACCTTGAAAAGAATAGGAGTGAACAGCATTCCTGGTATTGAAGAGGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatactctggactccagtactcaacaagattagtactt-cacttatttctaaaaatattttgtgggttcccctccag------------------------------
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CAGAGCACCCTGAAGAGAATAGGGGTGAATGCCATCCCGGCTATTGAGGAGGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatat----cagtccacaatatttag-aacatatatatttatatttttttaatataataggctatatatatttctttaattatattaagttggaaaattttgtttccag

upper sequence: GRMZM2G001887_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA11G12170.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
CAAAGCACCTTGAAAAGAATAGGAGTGAACAGCATTCCTGGTATTGAAGAGGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatactctggactccagtactcaacaagattagtacttcacttatttctaaaaatattttgtgggttcccctccag------------------------------
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CAGAGCACCCTGAAGAGAATAGGGGTGAATGCCATCCCGGCTATTGAGGAGGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatat----cagtccacaatatttag-aacatatatatttatattttttaatataatagactatatattt--cttcaattatattaagttggaaaattttgtttccag

upper sequence: GRMZM2G001887_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT1G73230.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
CAAAGCACCTTGAAAAGAATAGGAGTGAACAGCATTCCTGGTATTGAAGAGGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatac-----tctggactccagtactcaacaagattagtacttcacttatttctaaaaatattttgtgggttcccctccag---------------
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CAGAGCACTCTTAAGAGAGTTGGAGTCAATTCCATTCCCGCCATTGAAGAAGTTAACATTTTTAAGGATGATGTAGTCATTCAGTTCATTAACCCTAAAGgtaaaacatcaaattttatggctttataaatctcaggtttcgtataaaatttattg-tattaatggttgttgtgtctctgttttaatgttgctatcacag

upper sequence: GRMZM2G001887_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT1G17880.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
CAAAGCACCTTGAAAAGAATAGGAGTGAACAGCATTCCTGGTATTGAAGAGGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatactctggac------tccagtactcaacaagattagtacttcac-ttatttctaaaaatattt--tgtgggttcccctccag
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CAAAGCACTCTTAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATTCCCGCTATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTCATCAACCCTAAGGgtaagtcatttttaaccattttttatctatacatcagaacctttttttcatgttactgatcattgttcctcctttgaatgttactacag

upper sequence: GRMZM2G001887_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv17s0053g00620.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
CAAAGCACCTTGAAAAGAATAGGAGTGAACAGCATTCCTGGTATTGAAGAGGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatactctggactccagtact--caacaagattagtacttcac-----ttatttctaa--aaatattttgtgggttcccctccag--------
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CAAAGCACCCTAAAGAGAATAGGAGTCAATGCCATACCTGCTATTGAGGAGGTCAACATCTTTAAAGATGATGTGGTTATTCAGTTTTTAAACCCCAAAGgtaatctttcccagctttgtattttgtttgtatgattattaccttatggcagtgactgccaactaaagctttttcctttttaattttaatatttcag

upper sequence: GRMZM2G001887_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S359_31V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
CAAAGCACCTTGAAAAGAATAGGAGTGAACAGCATTCCTGGTATTGAAGAGGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatactctggactccagtactcaacaagattagtacttcacttatttctaaaaatattttg-tgggttcccctccag--------------------------
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CAAAATACTTTGAAGAGGCTTGGAGTAAATACCATTCCTGGTATTGAAGAGGTCAATGTCTTCAAGGAAGAACATGTTATCCATTTTGTCAACCCTAAAGgtat--tgcactgctctgcactac---acaaatctag-attgcagcaatct-tgaatatatctcgatgtacttctatcttcacagaagtacgagcatgacatgaaat

upper sequence: GRMZM2G001887_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S479_10V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
CAAAGCACCTTGAAAAGAATAGGAGTGAACAGCATTCCTGGTATTGAAGAGGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatactctggact-ccagtactcaacaagattagtacttcacttatttctaaaaatattttgtgggttcc--cctccag------------------------------
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CAGAGCACCTTGAAACGACTTGGAGTGAATACCGTTCCTGGAATTGAGGAGGTCAACATTTTTCAGGATGAGTCTGTTATCCATTTCGTGAATCCGAAAGgtattactttccgtgctgttagtccgttatccatgacctaaaacgacaaaacacaagtttatttgggaagtacaggcatctaaatgaaaatacctttattgacgtgtgtgcag

upper sequence: GRMZM2G001887_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S28_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
CAAAGCACCTTGAAAAGAATAGGAGTGAACAGCATTCCTGGTATTGAAGAGGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatg-atactctggactccagtactcaacaagattagtacttcacttatttctaaaaatattttgtgggttcccctccag----------------------------------------------------
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CAGAGCACCTTGAAGCGACTCGGAGTGAACACCATTCCCGGAATTGAAGAGGTTAACATCTTCCAGGATGAATCCGTCATCCACTTCGTTAACCCCAAAGgtatgcattcccttgaaatt--tgactggtttttgtgaccttgggagagattataaaagttcgcttcagatgtacatccttacaccagacatttgagtgtgcttatcaaccgccccaactgatatgtgtgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14364863|gb|BG946674.1|BG946674
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|18385240|gb|BM418439.1|BM418439
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|18172412|gb|BM347800.1|BM347800
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|60394804|gb|DN227674.1|DN227674
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCTTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|60339434|gb|DN206407.1|DN206407
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|22819814|gb|BU499904.1|BU499904
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|78087437|gb|DV515830.1|DV515830
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|32931902|gb|CF036714.1|CF036714
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|60346649|gb|DN213622.1|DN213622
EST:     GTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|211138546|gb|FL389992.1|FL389992
EST:     CTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: CTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|166638667|gb|EG138950.1|EG138950
EST:     GTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTACAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATT-CAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|60340677|gb|DN207650.1|DN207650
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|16925652|gb|BM078720.1|BM078720
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|27522108|gb|CA989214.1|CA989214
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|21760021|gb|BQ635562.1|BQ635562
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|71427873|gb|DR808923.1|DR808923
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|211207058|gb|FL397903.1|FL397903
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|60401056|gb|DN233863.1|DN233863
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|18177681|gb|BM378891.1|BM378891
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|18165115|gb|BM334954.1|BM334954
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|211381842|gb|FL377370.1|FL377370
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|60342382|gb|DN209355.1|DN209355
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: gi|6918526|gb|AW400056.1|AW400056
EST:     GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGNTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG                         TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG