Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGCTTTCCCAACCTGTGTATCCGTCAATGACACAGTTTGCCACTTCTCACCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttattttgctgcaactatttttataatgcctttttacagatatttctgtagagctcaattttgttatgcttttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript AC233895.1_FGT001
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32932980|gb|CF037792.1|CF037792
EST:     CCGCTTGCCACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAACGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
EST: gi|31351014|gb|CD435371.1|CD435371
EST:     CCGCTTGCCACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAACGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
EST: gi|22549146|gb|BU101347.1|BU101347
EST:     CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
EST: gi|32931969|gb|CF036781.1|CF036781
EST:     GACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: GACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
EST: gi|87155627|gb|DY400416.1|DY400416
EST:     CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
EST: gi|22819488|gb|BU499578.1|BU499578
EST:     CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
EST: gi|87157252|gb|DY402041.1|DY402041
EST:     CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
EST: gi|32838111|gb|CD977789.1|CD977789
EST:     CCGCTTGCCACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAACGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
EST: gi|26559653|gb|CA831888.1|CA831888
EST:     GCTTGCAACCGGATGGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: GCTTGCAACC-GAT-GATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
EST: gi|22473335|gb|BU037815.1|BU037815
EST:     CCGC-TGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
EST: gi|111990961|gb|EE332393.1|EE332393
EST:     AAAATGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGATNGGCACATACAC
genomic: AAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGT-GGCACATACAC
EST: gi|26559180|gb|CA831415.1|CA831415
EST:     CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 256

TTGCTTTCCCAACCTGTGTATCCGTCAATGACACAGTTTGCCACTTCTCACCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACATGTAATTACAAATGGGCCTGTCACAGGAAGGGCTGGTGATGTGCTTGCT


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 244

TTGCTTTCCCAACCTGTGTATCCGTCAATGACACAGTTTGCCACTTCTCACCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACATGTAATTACAAATGGGCCTGTCACAGGAAGGGCTGGTGATGTGCTTGCT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 208

TTGCTTTCCCAACCTGTGTATCCGTCAATGACACAGTTTGCCACTTCTCACCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACATGTAATTACAAATGGGCCTGTCACAGGAAGGGCTGGTGATGTGCTTGCT


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 207

TTGCTTTCCCAACCTGTGTATCCGTCAATGACACAGTTTGCCACTTCTCACCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACATGTAATTACAAATGGGCCTGTCACAGGAAGGGCTGGTGATGTGCTTGCT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGCTTTCCCAACCTGTGTATCCGTCAATGACACAGTTTGCCACTTCTCACCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttattttgctgcaactatttttataatgcctttttacagatatttctgtagagctcaattttgttatgcttttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA