ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

TCCATTAAATCCTCAACAATACATGGAAACAATGCAAAAGGTCATGGAAAACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattggaaaactcctggctggtttccattgccttatttgtctatcagtcctaagtgtcagttatttggctcag

Basic information

species	Zea mays
transcript	AC215244.3_FGT002
intron #	3
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: AC215244.3_FGT002 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os08g42690.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3

------TCCATTAAATCCTCAACAATACATGGAAACAATGCAAAAGGTCATGGAAAACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccat-------------------tggaaaactcctg---gctggtttccattgccttatttgtctatca--gtcctaagtg---------tcagttatttggctcag
      | || || | |||      ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| | || |||||||||||||| ||| |||||||| || |||| ||||                      | | |||| |   |||  ||| | |||  | ||||| ||||    ||||||| ||         ||| ||   ||| | ||
CATGCCTGCAATAGACCCT------TACATTGAAACAATGCAAAAGTTCATGGAAAGCCCCCATTTTTTTACAATGGCAGAGCGTCTTGGGGATGCTCTTGTGAAGgtaccatgtttgtttcctagtttgtccaaatatctcccgtgtgctcattttccttgtttaatttggctattgttgtcctaaatgctccacaattcaattgcatggtttag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|148987136|gb|EE030964.2|EE030964

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|33101202|gb|CF061162.1|CF061162

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|61119717|gb|DN560678.1|DN560678

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|60398619|gb|DN231435.1|DN231435

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|91877255|gb|EB407212.1|EB407212

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|67014523|gb|CO443272.1|CO443272

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|211029955|gb|FL292226.1|FL292226

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|20811188|gb|BQ295666.1|BQ295666

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTCTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|33091086|gb|CF051080.1|CF051080

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|32829236|gb|CD968914.1|CD968914

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|33091568|gb|CF051562.1|CF051562

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|20802913|gb|BQ293963.1|BQ293963

EST:     ACCCCCAGGTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|22543322|gb|BU093760.1|BU093760

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|149101806|gb|EE287398.2|EE287398

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|148991451|gb|EE032956.2|EE032956

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|32829793|gb|CD969471.1|CD969471

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|149096549|gb|EE182298.2|EE182298

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|149073854|gb|EE162176.2|EE162176

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|149110681|gb|EE190549.2|EE190549

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|22489823|gb|BU049746.1|BU049746

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|149031642|gb|EE286361.2|EE286361

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACCTAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|32828517|gb|CD968195.1|CD968195

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|211029958|gb|FL292229.1|FL292229

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAA
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAA

EST: gi|32830286|gb|CD969964.1|CD969964

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|22133691|gb|BQ833852.1|BQ833852

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|148956070|gb|EC901821.2|EC901821

EST:     CCCCCAGTTTATGACCCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: CCCCCAGTTTATGACC-ATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|148986784|gb|EE030580.2|EE030580

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|93282045|gb|EB674309.1|EB674309

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|149100032|gb|EE186084.2|EE186084

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|149089140|gb|EE178326.2|EE178326

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|78115069|gb|DV533457.1|DV533457

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|87152225|gb|DY397014.1|DY397014

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|60355986|gb|DN222959.1|DN222959

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|60341985|gb|DN208958.1|DN208958

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|32850436|gb|CD990117.1|CD990117

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|149096548|gb|EE182297.2|EE182297

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|148934581|gb|EC878630.2|EC878630

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|32829506|gb|CD969184.1|CD969184

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

EST: gi|71428233|gb|DR809283.1|DR809283

EST:     ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG
genomic: ACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAG

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 368

TCCATTAAATCCTCAACAATACATGGAAACAATGCAAAAGGTCATGGAAAACCCCCAGTTTATGACCATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCTCTTATGCAGgtgccattgg ... tttggctcagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTGGAAACCTTTAGTAGTCCATCACATAAGGAGCAGCTGGAAGAGCGTATGTCTCGCATTAAGGAAGATCCAGCTATGA

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 466

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 430