Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGAGCACGGTATTGATTTTGATCACTATGGTATTCTTATAAAGGTGAAATTTAGgtgagctttcaccaaatgagagcaattttggtatttctgaaactggatgaataagtaaccatcacccacaccatatgaatcaatgtattgttttgtaatg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G440916_T02
intron # 24
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32930688|gb|CF035500.1|CF035500
EST:     CACGGTATTGATTTTGATCACTATGGTATTCTTATAAAGGTGAAATTTAG                         GCAAACTAGTCAGCTGCAGGTGCTAAGCTCTCATCACCAATCTGGAGGG
genomic: CACGGTATTGATTTTGATCACTATGGTATTCTTATAAAGGTGAAATTTAGgtgagctttc ... tggttgccagGCAAACTAGTCAGCTGCAGGTGCTAAGCTCTCATCACCAATCTGGAGGG
EST: gi|33092036|gb|CF052030.1|CF052030
EST:     CACGGTATTGATTTTGATCACTATGGTATTCTTATAAAGGTGAAATTTAG                         GCAAACTAGTCAGCTGCAGGTGCTAAGCTCTCATCACCAATCTGGAGGG
genomic: CACGGTATTGATTTTGATCACTATGGTATTCTTATAAAGGTGAAATTTAGgtgagctttc ... tggttgccagGCAAACTAGTCAGCTGCAGGTGCTAAGCTCTCATCACCAATCTGGAGGG
EST: gi|211323884|gb|FK953780.1|FK953780
EST:     CACGGTATTGATTTTGATCACTATGGTATTCTTATAAAGGTGAAATTTAG                         GCAAACTAGTCAGCTGCAGGTGCTAAGCTCTCATCACCAATCTGGAGGG
genomic: CACGGTATTGATTTTGATCACTATGGTATTCTTATAAAGGTGAAATTTAGgtgagctttc ... tggttgccagGCAAACTAGTCAGCTGCAGGTGCTAAGCTCTCATCACCAATCTGGAGGG