Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   		52  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATTAAAGGCTTTTTAAGTGATGTTAAACCAGCACTTCTAAGTGCCCTCGATACTGAATATGAGAAAAATCCTTTTGAGgtatgccatgttagtcactgtttggaaaatacttattgtaactttgattttcaccgacatcggtttggttcaattattag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G068755_T01
intron # 24
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G068755_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 24
lower sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 24
ATATTAAAGGCTTTTTAAGTGATGTTAAACCAGCACTTCTAAGTGCCCTCGATACTGAATATGAGAAAAATCCTTTTGAGgtatgccatgttagtcactgtttggaaaata---cttattgtaactttgattttcaccgacatcggtttggttcaattattag
|||| ||||||||  |||||||||| |||||||| ||||| ||| | || ||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||   | |  | || |||||||||||||   ||  ||   | |||  ||||||| ||||||  ||| |||||||||  ||
ATATCAAAGGCTTCCTAAGTGATGTCAAACCAGCGCTTCTCAGTACTCTGGATGCTGAATATGAGAAAAATCCATTTGAGgtttgttctatctggcattgtttggaaaataagtctatttacgagttt--ttttcactgacatcaattttgttcaattaacag

upper sequence: GRMZM2G068755_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 24
lower sequence: GLYMA20G32430.2 (Glycine max), 5'ss of exon 24
ATATTAAAGGCTTTTTAAGTGATGTTAAACCAGCACTTCTAAGTGCCCTCGATACTGAATATGAGAAAAATCCTTTTGAGgtatgccatgttagtcactgtttggaaaatactta-ttgtaactttgattttcaccgac---atcggtttggttcaattattag----------------
| |||||||| ||| | | |||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |     ||| |    || |    || ||| |     | |  | ||    | ||| |  |  | | |||  |                
ACATTAAAGGGTTTCTTACTGATGTAAAACCTGCACTGCTCAGTGCCCTGGATACGGAGTATGAGAAGAATCCATTTGAGgtatgttatgtttgatgaggttagttctatgcagggttttaaatagtggtgtagcagagtggagcggctccggcccactatgggggcttctgtagcggag

upper sequence: GRMZM2G068755_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 24
lower sequence: GLYMA10G35140.1 (Glycine max), 5'ss of exon 26
--------------------ATATTAAAGGCTTTTTAAGTGATGTTAAACCAGCACTTCTAAGTGCCCTCGATACTGAATATGAGAAAAATCCTTTTGAGgtatgccatgttagtcactgtttggaaaatactta-ttgtaactttgatttt-caccgacat--cggtttggttcaattattag----------------
                    | |||||||| ||| | | |||||| || || ||||| || |||||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |     |||||    || |    || ||| |   ||  |  | |    |  | |    |    |    |                  
TAAGGTTTTTCTCCTTGCAGACATTAAAGGGTTTCTTACTGATGTAAAGCCTGCACTGCTCAGTGCCCTGGATACAGAGTATGAGAAGAATCCATTTGAGgtatgttatgtttgatgaggtttgttctatgcagggttttaaatagcatgctatagcagtgtagcagagcagagtgacccctgcccgctacgggggctgc

upper sequence: GRMZM2G068755_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 24
lower sequence: AT2G35630.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 24
ATATTAAAGGCTTTTTAAGTGATGTTAAACCAGCACTTCTAAGTGCCCTCGATACTGAATATGAGAAAAATCCTTTTGAGgtat-gccatgttagtcactgtttggaaaatacttattgtaactttgattttcaccgacatcggtttggttcaattattag
| |||||||| ||| | | |||||| ||||| ||||| |||||||| || || || |||||||||||||| ||||| ||||||  |   |||   |  |   |||      | || |  ||  | |  ||||    |   |   | |  |    | || ||
ACATTAAAGGGTTTCTTAATGATGTCAAACCTGCACTACTAAGTGCACTTGACACCGAATATGAGAAAAACCCTTTCGAGgtacagttgtgtggattgc--cttg------atttgtc-tagttcttgtttttcttgctgtacttatattatgttcatcag