Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttactgaactgtcagttcagaaaatatgtgaaaaacttcttatattaaaatttcactaattttaattatttcttctttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G030422_T03
intron # 24
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G030422_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 24
lower sequence: LOC_Os03g14980.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 23
GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttactgaactgtcagttcagaaaatatgtgaaaaacttcttatattaaaatttcactaattttaattatttcttctttcag
||||||||||| ||  |||| |||||||||| ||| || || ||||| |||||||||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||  ||| |  |||      || |  ||| | ||    ||| |||  || || || || || |||  ||
GTCAAAAGCAAACTTCGAGGGCACTCTAAGAAAATTACTGGACTTGCTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttactgaactatcaactcacaccataga--gcaagccacttctgtttgtcttt-actgtttatactt-ttcctccttgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211016182|gb|FL013386.1|FL013386
EST:     CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGNCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGNGTTTGGAACACGGATGGANGGGAGAANCAAAAGAACAGATTTTTG
genomic: CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
EST: gi|211016174|gb|FL013378.1|FL013378
EST:     CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
genomic: CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
EST: gi|19351107|gb|BM895639.1|BM895639
EST:     ATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCCAAAGAGCAGATTTTTG
genomic: ATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
EST: gi|211016178|gb|FL013382.1|FL013382
EST:     CTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
genomic: CTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTT-AGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
EST: gi|211018955|gb|FL013387.1|FL013387
EST:     CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
genomic: CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
EST: gi|7227452|gb|AW566093.1|AW566093
EST:     CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
genomic: CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
EST: gi|211016172|gb|FL013376.1|FL013376
EST:     CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
genomic: CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
EST: gi|37422204|gb|CF648808.1|CF648808
EST:     CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
genomic: CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
EST: gi|211016173|gb|FL013377.1|FL013377
EST:     CCTTTTCAAATGNGCTAAATGGTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAANAACAGATTTTTG
genomic: CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
EST: gi|211016170|gb|FL013374.1|FL013374
EST:     CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
genomic: CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
EST: gi|211018956|gb|FL013388.1|FL013388
EST:     CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
genomic: CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
EST: gi|211016176|gb|FL013380.1|FL013380
EST:     CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
genomic: CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
EST: gi|31360482|gb|CD444839.1|CD444839
EST:     CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGTGTTTGGA-CACGGATGGATGGGAGAA
genomic: CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAA
EST: gi|211016181|gb|FL013385.1|FL013385
EST:     CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
genomic: CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
EST: gi|211016177|gb|FL013381.1|FL013381
EST:     CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
genomic: CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
EST: gi|211016179|gb|FL013383.1|FL013383
EST:     CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
genomic: CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
EST: gi|22473365|gb|BU037845.1|BU037845
EST:     CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
genomic: CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
EST: gi|76010934|gb|DT938104.1|DT938104
EST:     CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG                         TTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG
genomic: CCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttact ... cttctttcagTTATGTGTTTGGAACACGGATGGATGGGAGAAGCAAAAGAACAGATTTTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttactgaactgtcagttcagaaaatatgtgaaaaacttcttatattaaaatttcactaattttaattatttcttctttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT