Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCATGCTGAAAGGTCAAATGAGAATTTAGTGGAAGCTTTTAAAAACATGCATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaaatggattgaggcaaaacttcatgtcattagtgacatggttgtttatctagaagttaattgattcatcacaaaaaaaaagatttggtggtt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G124886_T01
intron # 23
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211291669|gb|FL235609.1|FL235609
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAAGACG-TGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTTGTTGAG
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAA-GATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCT-GTTGAG
EST: gi|19822105|gb|BQ048129.1|BQ048129
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|19822050|gb|BQ048074.1|BQ048074
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|19821973|gb|BQ047982.1|BQ047982
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|26455841|gb|CA827424.1|CA827424
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|19821970|gb|BQ047979.1|BQ047979
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|5847331|gb|AW000410.1|AW000410
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|19769756|gb|BQ034477.1|BQ034477
EST:     AATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: AATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|19822070|gb|BQ048094.1|BQ048094
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|19769823|gb|BQ034544.1|BQ034544
EST:     GATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: GATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|19822158|gb|BQ048182.1|BQ048182
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|67014399|gb|CO443148.1|CO443148
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|26456008|gb|CA827591.1|CA827591
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCATGCTGAAAGGTCAAATGAGAATTTAGTGGAAGCTTTTAAAAACATGCATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaaatggattgaggcaaaacttcatgtcattagtgacatggttgtttatctagaagttaattgattcatcacaaaaaaaaagatttggtggtt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA