Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAATTACATGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatctaatctcgtcttagcgggtattgtacagatcaggaatcttactctttcttgatatactctttgacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G047093_T01
intron # 23
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G047093_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g43030.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 23
GCAATTACATGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgta----------actaatctaat--ctcgtcttagcgggtattgtacagat-caggaatcttactctttc--ttgatatactctttgacag
||| || ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||          | || | | ||   | ||   ||         ||||    |||   ||||||| | ||      |||    ||||  ||
GCAGTTGCATGGGAAGTCTCTTGTTGAAGTAAATAGAAGTTTCCTTGAAAAGCACAGTGgtatacctttattattatttttatgctttgttgaagtaaagcaaatacaagcacagaggtcttactttatcaacaattatgtgttttgctag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|20300007|gb|BQ162950.1|BQ162950
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGC-CCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|7227463|gb|AW566104.1|AW566104
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|32924622|gb|CF029434.1|CF029434
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|32924627|gb|CF029439.1|CF029439
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|19436527|gb|BM952937.1|BM952937
EST:     TGGAAAGTCCCTCGGTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGCGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|32923660|gb|CF028472.1|CF028472
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACGATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|32944990|gb|CF049809.1|CF049809
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|60345123|gb|DN212096.1|DN212096
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|211089342|gb|FL470619.1|FL470619
EST:     TGGAAAGTCCCTCG-TGGAGTAAACAG-AGTTTTCTTGAAAAACACAATG                         CTT-CTTGATTCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|32924181|gb|CF028993.1|CF028993
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|32924574|gb|CF029386.1|CF029386
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|32924629|gb|CF029441.1|CF029441
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|211406573|gb|FL434917.1|FL434917
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGATGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|32923887|gb|CF028699.1|CF028699
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|32923761|gb|CF028573.1|CF028573
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|60398052|gb|DN230868.1|DN230868
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|60340635|gb|DN207608.1|DN207608
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|31355959|gb|CD440316.1|CD440316
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|67014809|gb|CO443558.1|CO443558
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|33093540|gb|CF053534.1|CF053534
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|211430406|gb|FL005437.1|FL005437
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|211543406|gb|FL435454.1|FL435454
EST:     AAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: AAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|60349287|gb|DN216260.1|DN216260
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|32934431|gb|CF039243.1|CF039243
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: gi|32923755|gb|CF028567.1|CF028567
EST:     TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG                         CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 166

GCAATTACATGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGCCAAATAAGAAGATGGAGGCAATTAATTTAATTGAAGATTCAACAAATAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 205

GCAATTACATGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGCCAAATAAGAAGATGGAGGCAATTAATTTAATTGAAGATTCAACAAATAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 209

GCAATTACATGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGCCAAATAAGAAGATGGAGGCAATTAATTTAATTGAAGATTCAACAAATAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 114

GCAATTACATGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGCCAAATAAGAAGATGGAGGCAATTAATTTAATTGAAGATTCAACAAATAT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCAATTACATGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatctaatctcgtcttagcgggtattgtacagatcaggaatcttactctttcttgatatactctttgacag

- - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT