Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGACACAAGGGTGCAGTTTCACAATGACCAAACACATCTTTTGGTCGTCCATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTGgtaagttcgtgatctagtaatgttttggctttgccaattctcctacggtgaataagatttgactactaatttctcatttctaatcggcacacttcttttt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G042992_T01
intron # 23
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19057897|gb|BM736564.1|BM736564
EST:     ATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGGTTGCGCTTG                         TGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG
genomic: ATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTGgtaagttcgt ... acatatgcagTGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG
EST: gi|60357392|gb|DN224365.1|DN224365
EST:     ATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTG                         TGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG
genomic: ATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTGgtaagttcgt ... acatatgcagTGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG
EST: gi|211011031|gb|FL029056.1|FL029056
EST:     ATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTG                         TGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG
genomic: ATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTGgtaagttcgt ... acatatgcagTGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG
EST: gi|87152612|gb|DY397401.1|DY397401
EST:     ATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTG                         TGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG
genomic: ATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTGgtaagttcgt ... acatatgcagTGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG
EST: gi|89761150|gb|DY689280.1|DY689280
EST:     ATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTG                         TGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG
genomic: ATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTGgtaagttcgt ... acatatgcagTGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG
EST: gi|67011448|gb|CO440197.1|CO440197
EST:     ATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTG                         TGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG
genomic: ATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTGgtaagttcgt ... acatatgcagTGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG
EST: gi|89764406|gb|DY691228.1|DY691228
EST:     ATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTG                         TGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG
genomic: ATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTGgtaagttcgt ... acatatgcagTGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG
EST: gi|60349882|gb|DN216855.1|DN216855
EST:     ATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTG                         TGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG
genomic: ATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTGgtaagttcgt ... acatatgcagTGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG
EST: gi|71432286|gb|DR813336.1|DR813336
EST:     CTTGACTGTTTGCGCTTG                         TGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG
genomic: CTTGACTGTTTGCGCTTGgtaagttcgt ... acatatgcagTGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 669

TGACACAAGGGTGCAGTTTCACAATGACCAAACACATCTTTTGGTCGTCCATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTGgtaagttcgt ... acatatgcagTGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCGTGCGACGGTCTCTTGGTTTACGCTGGGTTCTGCGATGGTGCTATCGGAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 363

TGACACAAGGGTGCAGTTTCACAATGACCAAACACATCTTTTGGTCGTCCATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTGgtaagttcgt ... acatatgcagTGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCGTGCGACGGTCTCTTGGTTTACGCTGGGTTCTGCGATGGTGCTATCGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 379

TGACACAAGGGTGCAGTTTCACAATGACCAAACACATCTTTTGGTCGTCCATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTGgtaagttcgt ... acatatgcagTGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCGTGCGACGGTCTCTTGGTTTACGCTGGGTTCTGCGATGGTGCTATCGGAG


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 283

TGACACAAGGGTGCAGTTTCACAATGACCAAACACATCTTTTGGTCGTCCATGAGAGCCAGTTGGGAATCTATGATGGGAATCTTGACTGTTTGCGCTTGgtaagttcgt ... acatatgcagTGGTCTCCAAGAGATGCACTCCCAGCTCCGATATCGAGTGCGATATACTCGTGCGACGGTCTCTTGGTTTACGCTGGGTTCTGCGATGGTGCTATCGGAG