Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCTGATATAGCAGAACAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaattgtcttattgtgctctttatacgttcatatgtacaattacataacgcgacttgtctatgcttgactatcaacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G009849_T02
intron # 23
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18649605|gb|BM498424.1|BM498424
EST:     CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG                         GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
genomic: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: gi|18648722|gb|BM497541.1|BM497541
EST:     GACAGGATCAATGATCTCAAG                         GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
genomic: GACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: gi|18450493|gb|BM428771.1|BM428771
EST:     ACAGGATCAATGATCTCAAG                         GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
genomic: ACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: gi|19822659|gb|BQ048683.1|BQ048683
EST:     CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG                         GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
genomic: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: gi|20301651|gb|BQ164594.1|BQ164594
EST:     CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG                         GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
genomic: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: gi|61118500|gb|DN559461.1|DN559461
EST:     CAAAGCGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG                         GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCGCATGGTACCTAGGCA
genomic: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: gi|18450492|gb|BM428770.1|BM428770
EST:     CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG                         GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
genomic: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: gi|18649578|gb|BM498397.1|BM498397
EST:     AAAGTGGAAAAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG                         GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
genomic: AAAGTGG-AGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: gi|18450764|gb|BM429042.1|BM429042
EST:     CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG                         GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
genomic: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: gi|18648832|gb|BM497651.1|BM497651
EST:     CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG                         GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
genomic: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
EST: gi|18648721|gb|BM497540.1|BM497540
EST:     CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAG                         GGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA
genomic: CAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaat ... ctatcaacagGGACCTCGGATATGCAGATGCTCATATGGATAGGCACATGGTACCTAGGCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCTGATATAGCAGAACAAAGTGGAGAAGTAGTCTCCCGTTCAGTGACAGGATCAATGATCTCAAGgtgctccaattgtcttattgtgctctttatacgttcatatgtacaattacataacgcgacttgtctatgcttgactatcaacag

- - - - - - - - -  AGTGGA
- - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - AGAAGT