Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAGCAGAAGCTAAAGCTGCTTCTTCAGAAGAAAAGGAGCGATCTGTAAATGAGAGATTGTCACAAAGTTTATCCCGGATAACTGTCCTTGAGACCCAGgtttgtgcatcaatttctagcaaaacaaaaaatatggtagtattagtgttaagaccttgctttcagatttaagtcaagtaatttttggggtgactattgggttatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G168654_T01
intron # 21
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G168654_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 21
lower sequence: LOC_Os05g48620.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
GAAGCAGAAGCTAAAGCTGCTTCTTCAGAAGAAAAGGAGCGATCTGTAAATGAGAGATTGTCACAAAGTTTATCCCGGATAACTGTCCTTGAGACCCAGgtttgtgcatcaatttctagcaaaacaaaaaatatggtagtatta----gtgttaagaccttgctttcagattta---agtcaagtaatttttggggtgactattgggt---tatgcag
||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||| || |||||||||||  | ||||| ||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| || |    ||| |||  |  |  ||  ||||      ||| |   |     || || ||||   ||  | || | || |      | ||||  ||   |||||||
GAAGCAGAAGCAAAAGCTGCTGCTGCAGAAGAAAAGGAACGGTCTGTAAATGAACGTTTGTCTCAAAGCTCATCCCGGATAACTGTTCTAGAGACCCAGgtttgtgcatcaagttattctgaaataaatcac-tattaacattaccataggtttatggccaaggtttagttttagtcagaaaggtgacttcttacaaaaatattttgttcttatgcag