Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTAAACGTTATGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtatttatcaatcctttcacctagcctttcctttgttatcatgtatcatatatatgtggctattaaatttctccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G155384_T01
intron # 20
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G155384_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 20
lower sequence: LOC_Os02g05340.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 20
GTAAACGTTATGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtatttatcaatcctt------tcacctagcc--tttcctttgttatcatgtatcatata---tatgtggct--attaaatttctccag
||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||||| || || |||||||| |||||| ||||| || | |  ||        || || ||  | |  |||||  | ||  ||    ||   | | |  ||  |||||||||||| ||
GTAAATGTTATGGACACGCTTAGCAGACTGAGTCATGATGCGGATGCTGATGTGTCAATGgtttgtattcataactttttaacccacgacatacccaatatattttgtcctaattgatggcttacgttttatacctgaattaaatttctctag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32929670|gb|CF034482.1|CF034482
EST:     TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: gi|18384394|gb|BM417593.1|BM417593
EST:     TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: gi|32926108|gb|CF030920.1|CF030920
EST:     TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACCAAACAATGCCAG
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCA-CAAACAATGCCAG
EST: gi|32841969|gb|CD981650.1|CD981650
EST:     TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: gi|211100368|gb|FL070846.1|FL070846
EST:     TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: gi|32926755|gb|CF031567.1|CF031567
EST:     TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: gi|211100372|gb|FL070850.1|FL070850
EST:     TGGACACACTGAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACTAACAATGCCAGA
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: gi|32925375|gb|CF030187.1|CF030187
EST:     TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: gi|32867559|gb|CF007241.1|CF007241
EST:     ATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACCAAACAATGCCAG
genomic: ATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCA-CAAACAATGCCAG
EST: gi|32925086|gb|CF029898.1|CF029898
EST:     TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACCAAACAATGCCAG
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCA-CAAACAATGCCAG
EST: gi|32925553|gb|CF030365.1|CF030365
EST:     TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACCAAACAATGCCAG
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCA-CAAACAATGCCAG
EST: gi|32926620|gb|CF031432.1|CF031432
EST:     TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: gi|32849654|gb|CD989335.1|CD989335
EST:     TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: gi|32908274|gb|CF013087.1|CF013087
EST:     TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: gi|32928954|gb|CF033766.1|CF033766
EST:     TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGGCGCCGATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: gi|32841970|gb|CD981651.1|CD981651
EST:     TGGGCACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCCATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: gi|32925292|gb|CF030104.1|CF030104
EST:     TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: gi|32928817|gb|CF033629.1|CF033629
EST:     TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCGGACGCCGATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACCAAACAATGCCAG
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCA-CAAACAATGCCAG
EST: gi|32925632|gb|CF030444.1|CF030444
EST:     TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG                         GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACCAAACAATGCCAG
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCAC-AAACAATGCCAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 43 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 499

GTAAACGTTATGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAATAGCTGGCATGCTTCGCAATCTTTCAAGTTATTACTACAAAGAAGCTG


Block sizes: 43 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 463

GTAAACGTTATGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAATAGCTGGCATGCTTCGCAATCTTTCAAGTTATTACTACAAAGAAGCTG


Block sizes: 43 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 314

GTAAACGTTATGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAATAGCTGGCATGCTTCGCAATCTTTCAAGTTATTACTACAAAGAAGCTG


Block sizes: 43 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 326

GTAAACGTTATGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAATAGCTGGCATGCTTCGCAATCTTTCAAGTTATTACTACAAAGAAGCTG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTAAACGTTATGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtatttatcaatcctttcacctagcctttcctttgttatcatgtatcatatatatgtggctattaaatttctccag

- - - - - - - - - - - GCAGAT