Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCTCCTGATGTGGATGATGAGGAATACATGAACTCGAGGCCATCAGTCGGATATGATGATATGTGGGCTAAGACAATTCTTGAAACTTACGATGCAGAGgtaagtattgttacacatgctcaatgtagtttactccacatgcttcctacatgtgtacagatagttaagcttgaataatcatttgttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G012319_T02
intron # 20
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G012319_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 21
lower sequence: LOC_Os03g15900.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 19
TGCTCCTGATGTGGATGATGAGGAATACATGAACTCGAGGCCATCAGTCGGATATGATGATATGTGGGCTAAGACAATTCTTGAAACTTACGATGCAGAGgtaagtattgttacacatgctcaatgtagtttactccacatgcttccta---catgtgtacagatagttaagctt----gaataatcatttgttgcag----
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||| ||||  |   |  |||  || |  || |        |   ||  |||   |  |  || |  |     ||  |     | ||||| ||   |  |     
TGCTCCTGATGTGGATGATGAGGAATACATGAATTCTAGGCCATCAGTCGGTTATGATGATATGTGGGCCAAGACAATTCTTGAAACATATGAAGCAGAGgcaagtgcta--aagcattatcgagctactccctcattcccactcactaaggcgcggttaaacttgacacagtcttcaaaattaatctttaactttaaattt
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76909472|gb|DV163397.1|DV163397
EST:     GATATGATGATATGTGGGCTAAGACAATTCTTGAAACTTACGATGCAGAG                         GAAGATGATGGTAGGTAGTCTGGTGGATCCTCTCCTGAATCAACTGGTTCT
genomic: GATATGATGATATGTGGGCTAAGACAATTCTTGAAACTTACGATGCAGAGgtaagtattg ... tttgttgcagGAAGATGATGGTAGGTACTCTGGTGGATCCTCTCCTGAATCAACTGGTTCT
EST: gi|211048296|gb|FL052136.1|FL052136
EST:     GATATGATGATATGTGGGCTAAGACAATTCTTGAAACTTACGATGCAGAG                         GAAGATGATGGTAGGTACTCTGGTGGATCCTCTCCTGAATCAACTGGTTCT
genomic: GATATGATGATATGTGGGCTAAGACAATTCTTGAAACTTACGATGCAGAGgtaagtattg ... tttgttgcagGAAGATGATGGTAGGTACTCTGGTGGATCCTCTCCTGAATCAACTGGTTCT
EST: gi|74238553|gb|DT646467.1|DT646467
EST:     GATATGATGATATGTGGGCTAAGACAATTCTTGAAACTTACGATGCAGAG                         GAAGATGATGGTAGGTACTCTGGTGGATCCTCTCCTGAATCAACTGGTTCT
genomic: GATATGATGATATGTGGGCTAAGACAATTCTTGAAACTTACGATGCAGAGgtaagtattg ... tttgttgcagGAAGATGATGGTAGGTACTCTGGTGGATCCTCTCCTGAATCAACTGGTTCT
EST: gi|211051238|gb|FL052137.1|FL052137
EST:     GATATGATGATATGTGGGCTAAGACAATTCTTGAAACTTACGATGCAGAG                         GAAGATGATGGTAGGTACTCTGGTGGATCCTCTCCTGAATCAACTGGTTCT
genomic: GATATGATGATATGTGGGCTAAGACAATTCTTGAAACTTACGATGCAGAGgtaagtattg ... tttgttgcagGAAGATGATGGTAGGTACTCTGGTGGATCCTCTCCTGAATCAACTGGTTCT
EST: gi|89251966|gb|DY623752.1|DY623752
EST:     GATATGATGATATGTGGGCTAAGACAATTCTTGAAACTTACGATGCAGAG                         GAAGATGATGGTAGGTACTCTGGTGGATCCTCTCCTGAATCAACTGGT
genomic: GATATGATGATATGTGGGCTAAGACAATTCTTGAAACTTACGATGCAGAGgtaagtattg ... tttgttgcagGAAGATGATGGTAGGTACTCTGGTGGATCCTCTCCTGAATCAACTGGT