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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCGGTTGGTTTTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgtttcatctcttctttgtgttcaaacagacagacgtcaaaccgccgagaggaggtacaaatatagattttgggctatgagcacgccattgcg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G866758_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|101395310|gb|EB819585.1|EB819585
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|78087735|gb|DV516128.1|DV516128
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|148991412|gb|EE032913.2|EE032913
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGT
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTG-CACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGT
EST: gi|33771209|gb|CF273388.1|CF273388
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCANAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|148999650|gb|EE036638.2|EE036638
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|149101180|gb|EE187290.2|EE187290
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|149017000|gb|EE045657.2|EE045657
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211492112|gb|FL334536.1|FL334536
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211211228|gb|FL354194.1|FL354194
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211145464|gb|FL359543.1|FL359543
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|76284260|gb|DV023828.1|DV023828
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|32864391|gb|CF004073.1|CF004073
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211372672|gb|FL327042.1|FL327042
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|149081077|gb|EE170177.2|EE170177
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|148983224|gb|EE029187.2|EE029187
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|148965993|gb|EE016923.2|EE016923
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|93281705|gb|EB673969.1|EB673969
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|149009773|gb|EE041672.2|EE041672
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211107249|gb|FL258173.1|FL258173
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|76017959|gb|DT945129.1|DT945129
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|71327673|gb|DR800451.1|DR800451
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|31353258|gb|CD437615.1|CD437615
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|78091716|gb|DV520090.1|DV520090
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211107251|gb|FL258175.1|FL258175
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|67042602|gb|CO468857.1|CO468857
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211107248|gb|FL258172.1|FL258172
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTNTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGT
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGT-TGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGT
EST: gi|211033052|gb|FL319725.1|FL319725
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211195416|gb|FL326468.1|FL326468
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|76921562|gb|DV168618.1|DV168618
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|50324587|gb|CO519713.1|CO519713
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG