Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTAAACAATGCCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAGgtgaggtcacatgtcccccgatcgaaattatgcatgcatgctcagatttttttttcagatcctatcctaagccacgctctgatgaaacggtttacatggtggtgcgccgtgcgcgtggaataatggaacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G468855_T03
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71760118|gb|DR958055.1|DR958055
EST:     CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAG                         ATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
genomic: CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAGgtgaggtcac ... aatggaacagATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
EST: gi|71307392|gb|DR789895.1|DR789895
EST:     CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAG                         ATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
genomic: CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAGgtgaggtcac ... aatggaacagATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
EST: gi|148963558|gb|EE014584.2|EE014584
EST:     CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAG                         ATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
genomic: CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAGgtgaggtcac ... aatggaacagATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
EST: gi|89761516|gb|DY689501.1|DY689501
EST:     CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAG                         ATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
genomic: CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAGgtgaggtcac ... aatggaacagATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
EST: gi|88753040|gb|DY537181.1|DY537181
EST:     CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAG                         ATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGGATGCGGAAGAGTTG
genomic: CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAGgtgaggtcac ... aatggaacagATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTG-ATGCGGAAGAGCTG
EST: gi|91052468|gb|EB162886.1|EB162886
EST:     CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAG                         ATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
genomic: CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAGgtgaggtcac ... aatggaacagATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
EST: gi|71433713|gb|DR814763.1|DR814763
EST:     CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAG                         ATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
genomic: CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAGgtgaggtcac ... aatggaacagATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
EST: gi|26558347|gb|CA830582.1|CA830582
EST:     CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTCCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAG                         ATCAAGGGCATGGACGCGTTCCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
genomic: CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAGgtgaggtcac ... aatggaacagATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
EST: gi|71439323|gb|DR820373.1|DR820373
EST:     CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAG                         ATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
genomic: CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAGgtgaggtcac ... aatggaacagATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
EST: gi|93284169|gb|EB676433.1|EB676433
EST:     CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAG                         ATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
genomic: CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAGgtgaggtcac ... aatggaacagATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
EST: gi|71419697|gb|DR804867.1|DR804867
EST:     CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAG                         ATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
genomic: CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAGgtgaggtcac ... aatggaacagATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
EST: gi|148978723|gb|EE026281.2|EE026281
EST:     CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAG                         ATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
genomic: CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAGgtgaggtcac ... aatggaacagATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
EST: gi|89249859|gb|DY621645.1|DY621645
EST:     CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAG                         ATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
genomic: CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAGgtgaggtcac ... aatggaacagATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
EST: gi|149082993|gb|EE172232.2|EE172232
EST:     CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAG                         ATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
genomic: CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAGgtgaggtcac ... aatggaacagATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
EST: gi|148947888|gb|EC893382.2|EC893382
EST:     CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAG                         ATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC
genomic: CCGCTATCGGTGGGGTTCAGTCACTTCCCGTTGAAAATGTTGGCGAAAAGgtgaggtcac ... aatggaacagATCAAGGGCATGGACGCGTTTCAGATGGCGGAGCTGATGCGGAAGAGCTGC