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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAACGATTTCGATTATTCCAAGCGGCCGGCGATGGCTCGGAGCCCCTGCGACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagcctacttggcctttctttttgtttccctgtacgctgtccaatcgagttctcggtgtcctggtctctggatgctatgaattcattctatttccatctctatgtgtgagctatagttgacagtctctccgtttag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G426275_T04
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G426275_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g58590.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
AAACGATTTCGATTATTCCAAGCGGCCGGCGATGGCTCGGAGCCCCTGCGACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagcctacttggcctttctttttgtttccctgtacgctgtccaatcgagttctcggtgtcctggtctctggatgctatgaattcattctatttccatctctatgtgtgagctatagttgacagtctctccgtttag-
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TACTAGACTAGTGTTGGGGGAGATCCAAGAGATGGCGCGGAGCCCCTGCGACCTCCGCATCCTCCTCGTCGCCGCCGCTGCAGCCTTCATCTACATCCAAgtatg----cctat---gcctatcaca--atctgattcttcttcttcaacttcagatcaggatcccccctctcctaaccac--------cactctactactctctcactacacata--atggctt-ctttctccttgtttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211529742|gb|FL258568.1|FL258568
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|148986617|gb|EE030388.2|EE030388
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|211526749|gb|FL258558.1|FL258558
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAACCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|211529739|gb|FL258565.1|FL258565
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|211526751|gb|FL258560.1|FL258560
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCA-STTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|211529740|gb|FL258566.1|FL258566
EST:     ANCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAACCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|211529737|gb|FL258563.1|FL258563
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|149082839|gb|EE172063.2|EE172063
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|211526747|gb|FL258556.1|FL258556
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCSGAASSA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|211529741|gb|FL258567.1|FL258567
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|211526748|gb|FL258557.1|FL258557
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|211526752|gb|FL258561.1|FL258561
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTAGCTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGC
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTA-CTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGC
EST: gi|211526745|gb|FL258554.1|FL258554
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|211529736|gb|FL258562.1|FL258562
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|211526750|gb|FL258559.1|FL258559
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|71439957|gb|DR821007.1|DR821007
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|211526744|gb|FL258553.1|FL258553
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|211529738|gb|FL258564.1|FL258564
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|76285204|gb|DV024772.1|DV024772
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
EST: gi|74244431|gb|DT652345.1|DT652345
EST:     ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAA                         GTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA
genomic: ACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagc ... ctccgtttagGTGCGCCTCTTTGCTACTCAGTCCCATTATGCGGACCGTCTTGCGGAAGCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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AAACGATTTCGATTATTCCAAGCGGCCGGCGATGGCTCGGAGCCCCTGCGACCTCCGCCTCCTCCTCCTCGCTGCAGCTGCAGCTTTCATCTACATCCAAgtatggaagcctacttggcctttctttttgtttccctgtacgctgtccaatcgagttctcggtgtcctggtctctggatgctatgaattcattctatttccatctctatgtgtgagctatagttgacagtctctccgtttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT