Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGGGATGGGAACAGCGGAGTGGAGGGCAGCAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattctttgtgtttgctcgtatagtgtctgaattcacgatagtttaggttcttggtatgtttgaatgtttatggtggttttatatgtggcctttg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G361693_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G361693_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g50620.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
ATGGGATGGGAACAGCGGAGTGGAGGGCAGCAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaatt---attctttgtg------tttgctcgt-atagtgtctgaattcacgatagtttaggttcttggtatgtttgaatgtttatggtggttttatatgtggcctttg
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||    | ||  |||       ||||||| |  ||||| ||| ||| |  |  ||||||  |  | |||   |||  |    || |||     |||||||       
ATGGGATGGGAACCGCTGAGTGGAGGGCAGCAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGTGATTATGTGCCTGGATTGAAGgtgatgtgaactcactgttgttacttttgctcatcgtagtgactggattgatcaatgtttagtattcttgtaatgttggttcccaattgtg-----atatgtgat-----

upper sequence: GRMZM2G361693_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA02G03080.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
ATGGGATGGGAACAGCGGAGTGGAGGGCAGCAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattctttgtgtttgctcgtatagtgtctgaattcacgatagttta---ggttcttggtatgtttgaatgtttatggtggttttatatgtggcctttg-
|||||||||| || ||||||||||| || || ||||| ||||| || || |||||||| || || |||||||| |||||||| |   ||   |||||||| |   ||  |        |    || |||||   | |  | |||   ||| || || | | || ||    |   ||   ||   
ATGGGATGGGGACTGCGGAGTGGAGAGCTGCCAAGAGTCCTGCTTATTATAAGCGTGGGGATTACGTGCCTGGCTTGAAGgtga--gtttagtgtgtttggtta-atgattcgatttgttgtaatggtttatctgttaatcggtggattt-aacgtgtttcgtagtggggtgcatgtttttaat

upper sequence: GRMZM2G361693_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA08G40380.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
ATGGGATGGGAACAGCGGAGTGGAGGGCAGCAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattctttgtgtttgctcgtatagtgtc-tgaattcacgatagtttaggttcttggtatgtttgaatgtttatggtg--gttttatatgtggcctttg----
|||| ||||| ||||| |||||||| || || ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |      ||   |  ||||  | | ||||  | |||   | ||         |||    |   |  ||   | || |||  | || ||  |||  | ||     
ATGGAATGGGGACAGCTGAGTGGAGAGCTGCTAAGAGTCCTGCTTATTACAAGCGTGGGGATTATGTTCCTGGATTGAAGgttagagagatt---gactgctgttgttgtgttataaatattcaatgcc----actctgttcacactaaaaacatcatagtgcagcttgattggtgttcatttaccc

upper sequence: GRMZM2G361693_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA18G17240.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
ATGGGATGGGAACAGCGGAGTGGAGGGCAGCAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattctttgtgtttgctcg--tatagtgtctgaattcacgatagtttaggt-tcttggtat-gtttgaatgtttatggtggttttatatgtggcctttg
|||| ||||| ||||| |||||||| || || ||||| |||   || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |      ||  ||  || |    ||||     | |||||   |  ||| |    || | ||   | |||| || |  || |  |    | | ||| ||   
ATGGAATGGGGACAGCTGAGTGGAGAGCTGCTAAGAGTCCTAGTTATTACAAGCGTGGGGATTATGTTCCTGGATTGAAGgttagagagattgatggctgttgtgttataaatattcaattccacactgttcacacatcatagtgcagcttgattggtgttgatt-taccctgtttggtct---

upper sequence: GRMZM2G361693_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv09s0018g01940.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
ATGGGATGGGAACAGCGGAGTGGAGGGCAGCAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattctttgtgtttgctcgtatagtgtctgaattcacgatagtt-taggttcttggtatgtttgaatgtttatggtggtt---ttatatgtggcctttg
|||| ||||| || || |||||||| ||||| ||||| || || || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||   ||  | |  | | |   | || | |||   ||| |   |||  | ||    | | ||| || |   | |  ||    | | |  |   | | 
ATGGAATGGGTACGGCAGAGTGGAGAGCAGCCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGTGGGGACTATGTGCCTGGGTTGAAGgtaatttttacatgcctctaattggac--tctcaggattatggattgccatagacttttaac-tatgtgattgctggagttacttgaactctcttcgagttgt-

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78075088|gb|DV503522.1|DV503522
EST:     CAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|78079977|gb|DV508389.1|DV508389
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAAGCA-GCGTGCAAATTTGCAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAA-GCAAGCGTGCAAATTTGCAAA
EST: gi|71419912|gb|DR804938.1|DR804938
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGA
EST: gi|76285908|gb|DV025476.1|DV025476
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|71430300|gb|DR811350.1|DR811350
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|67014415|gb|CO443164.1|CO443164
EST:     CANAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAAGCA-GCGTGNCAATTTTGCAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAA-GCAAGCGTG-CAAATTTGCAA
EST: gi|76925282|gb|DV170361.1|DV170361
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|22819342|gb|BU499432.1|BU499432
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|78106233|gb|DV524651.1|DV524651
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAA
EST: gi|60348121|gb|DN215094.1|DN215094
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|26558514|gb|CA830749.1|CA830749
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GCTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|76021451|gb|DT948621.1|DT948621
EST:     CCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGAGT-TTCTTGCTGTGAAGCAAGCGGTGCAAATTTGCAA
genomic: CCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGA-TGTTCTTGCTGTGAAGCAAGC-GTGCAAATTTGCAA
EST: gi|74233522|gb|DT641436.1|DT641436
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGC
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGC
EST: gi|5847216|gb|AW000295.1|AW000295
EST:     ACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: ACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|74233521|gb|DT641435.1|DT641435
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|50332698|gb|CO527824.1|CO527824
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|71770429|gb|DR968366.1|DR968366
EST:     GGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: GGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|71432517|gb|DR813567.1|DR813567
EST:     GTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: GTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|22472806|gb|BU037286.1|BU037286
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|71756697|gb|DR954634.1|DR954634
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|17921802|gb|BM259453.1|BM259453
EST:     ACTATGTGTTTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCTAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: ACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|6020670|gb|AW065703.1|AW065703
EST:     GGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: GGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|87156670|gb|DY401459.1|DY401459
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|74235162|gb|DT643076.1|DT643076
EST:     AAAGAGCCCTGCCTACTNACA-GCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGA
genomic: AAAGAGCCCTGCCTACT-ACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGA
EST: gi|31353100|gb|CD437457.1|CD437457
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|31356997|gb|CD441354.1|CD441354
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|71770430|gb|DR968367.1|DR968367
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGC
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGC
EST: gi|111193578|gb|EE291714.1|EE291714
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|78092533|gb|DV520907.1|DV520907
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|24768276|gb|CA403405.1|CA403405
EST:     ACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: ACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|74235161|gb|DT643075.1|DT643075
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|71430301|gb|DR811351.1|DR811351
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGGAATGAATGTTCTT
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGG-AATGGATGTTCTT
EST: gi|71419909|gb|DR804937.1|DR804937
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|149087227|gb|EE176765.2|EE176765
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGGATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|76018761|gb|DT945931.1|DT945931
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAAGCA-GCGTGCAAATTTGCAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAA-GCAAGCGTGCAAATTTGCAAA
EST: gi|5325121|gb|AI783312.1|AI783312
EST:     ACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: ACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|71312003|gb|DR792517.1|DR792517
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|33467100|gb|CF244149.1|CF244149
EST:     ACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: ACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|149005248|gb|EE039795.2|EE039795
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTATTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|148967926|gb|EE019236.2|EE019236
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAACCAAGCGTGC
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGC
EST: gi|76018760|gb|DT945930.1|DT945930
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|71765003|gb|DR962940.1|DR962940
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGC
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGC
EST: gi|78076521|gb|DV504955.1|DV504955
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|71438577|gb|DR819627.1|DR819627
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGAATGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTGGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|94474454|gb|EB703412.1|EB703412
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|31356163|gb|CD440520.1|CD440520
EST:     CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 300

ATGGGATGGGAACAGCGGAGTGGAGGGCAGCAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 423

ATGGGATGGGAACAGCGGAGTGGAGGGCAGCAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 423

ATGGGATGGGAACAGCGGAGTGGAGGGCAGCAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 505

ATGGGATGGGAACAGCGGAGTGGAGGGCAGCAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... ttttgtgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATGGGATGGGAACAGCGGAGTGGAGGGCAGCAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattctttgtgtttgctcgtatagtgtctgaattcacgatagtttaggttcttggtatgtttgaatgtttatggtggttttatatgtggcctttg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG