Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGCTGCTCCTTCCTTTATATGAGGATCAGTAATGTTTACATTGTGATCGTAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctaccctttctgtgatatgcatgcattaaaacgaaaattgcatagtccatgaaatcatattacagtcttggtttaggagtttgaaatacaaatat...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G331032_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G331032_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g46510.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
AGGCTGCTCCTTCCTTTATATGAGGATCAGTAATGTTTACATTGTGATCGTAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctaccctttctgtgatatgcatgcattaaaacgaaaattgcatagtccatgaaatcatattacagtctt--ggtttag--gagtttgaaatacaaatat
|||||| || |||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||| |    |    |  | || ||   ||  ||  |||     |||   |||| |  |||||||||    |  | | |||  || | ||||   |||  | 
AGGCTGTTCATTCCTTTACATGAGGATTAGTAATGTCTATATTGTGATCGTGGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCTTGTGCTTTCAAGTTTGTCGTGGAGgtatgcaatttatatcatctt-tgaataatttggaataaaataaatataa--catgcatacatattacatctctatgatctagatgaatatgaagctcaagaa-

upper sequence: GRMZM2G331032_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT5G46630.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
AGGCTGCTCCTTCCTTTATATGAGGATCAGTAATGTTTACATTGTGATCGTAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctaccctttctgtgatatgcatgcattaaaacgaaaattgcatagtccatgaaatcatattacagtc---ttggtttagga--------gtttgaaatacaaatat----
 |||||||||||  |||||||| | ||||| ||||| ||||| || || || || || ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||  ||    ||| |||   ||      |||  |       ||  ||  |   | ||||   |  | ||||   ||| ||    |        | ||   || || || |    
TGGCTGCTCCTTTGTTTATATGCGAATCAGCAATGTCTACATCGTCATTGTTGTCAGTAGCAATGCTAATGTTGCTTGTGGATTCAAATTTGTTGTTGAGgtaaacttgtttttgtgtttcattttaatattccacaattgttttgattcttgttcaaatttcaagagagtcagattgattctatacacatactgcttttgattcacattttcag

upper sequence: GRMZM2G331032_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv02s0012g00910.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
AGGCTGCTCCTTCCTTTATATGAGGATCAGTAATGTTTACATTGTGATCGTAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctaccctttctgtgatatgcatgcattaaaacgaaaattgcatagtccatgaaatcatattacagtctt-ggtttaggagtttgaaatacaaatat-
||| ||||| ||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || || ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||| | |  | | ||  || | |   |||||   | ||||  |  |   ||||||  ||       | |  |||  ||  |  || ||    |   |||   
AGGTTGCTCTTTCTTTTATATGAGAATCAGCAATGTGTACATTGTGATTGTGGTCAGCAGCAATGCCAATGTAGCTTGTGCATTCAAGTTTGTTGTTGAGgta-gttgtcatctccttgtttttt-tgcatcttatcgaatttgactatgtccatataaatgagcaataagcttcagtcaacaaggttagtctttgaattgg

upper sequence: GRMZM2G331032_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ22278 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
AGGCTGCTCCTTCCTTTATATGAGGATCAGTAATGTTTACATTGTGATCGTAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctaccctttctgtgatatgcatgcattaaaacgaaaa--ttgcatagtccatgaaatcatattacagtcttggtttaggagtttgaaatacaaatat
 || ||||||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||   |||| ||||| | ||| |   | |  |    |  |||  ||||    | |  |      | | ||||                              
TGGATGCTCCTTCCTCTACATGCGGATCAGCAATGTCTACATTGTGATCGTCGTCAGCAGCAATGCCAATGCTGCCTGTGCTCTCAAATTTGTTGTGGAGgt---ctacactttcagagattttgtttctcttgttcttaaactttgctcctttctcgttggtttttcacag------------------------------

upper sequence: GRMZM2G331032_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ25669 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
AGGCTGCTCCTTCCTTTATATGAGGATCAGTAATGTTTACATTGTGATCGTAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctaccctttctgtgatatgcatgcattaaaacgaaaa--ttgcatagtccatgaaatcatattacagtcttggtttaggagtttgaaatacaaatat
 || ||||||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||| |||||| |||||||||| || |||||   |||| ||||| | ||| |   | |  |    |  |||  ||||    | |  |      | | ||||                              
TGGATGCTCCTTCCTCTACATGCGGATCAGCAATGTCTACATTGTGATCGTCGTCAGCAGCAATGCCAATGCTGCCTGTGCTCTCAAATTTGTCGTGGAGgt---ctacgctttcagagattttgtttctcttgttcttaaactttgctcctttctcgttggtttttcacag------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211543116|gb|FL312492.1|FL312492
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|149083894|gb|EE173269.2|EE173269
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|211412366|gb|FL346495.1|FL346495
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTTGATGAAGACGC
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTT-GATGAAGACGC
EST: gi|211113496|gb|FL364712.1|FL364712
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTAC
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTAC
EST: gi|211106944|gb|FL338701.1|FL338701
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCRAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCCTACTTCGGTGGA
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCC-TACTTCGGTGGA
EST: gi|211086791|gb|FL353066.1|FL353066
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGC
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGC
EST: gi|211041431|gb|FL359373.1|FL359373
EST:     TAGTTNGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|211529574|gb|FL367195.1|FL367195
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|149067461|gb|EE157669.2|EE157669
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTATCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|149078564|gb|EE167348.2|EE167348
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|211514900|gb|FL335498.1|FL335498
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|149090427|gb|EE179737.2|EE179737
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|211398581|gb|FL307407.1|FL307407
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTTGATGAAGACGC
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTT-GATGAAGACGC
EST: gi|211055542|gb|FL336986.1|FL336986
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|211472950|gb|FL343104.1|FL343104
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|76918953|gb|DV167527.1|DV167527
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|211458014|gb|FL352469.1|FL352469
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|211142221|gb|FL319789.1|FL319789
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|71445146|gb|DR826196.1|DR826196
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|71304030|gb|DR788136.1|DR788136
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|211117371|gb|FL349410.1|FL349410
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAG
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAG
EST: gi|211055145|gb|FL320202.1|FL320202
EST:     AGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGACTTTCAAATTTGTWGTCGAG                         GCGGTGGATCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: AGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTG-CTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|14202339|gb|BG836016.1|BG836016
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|76937034|gb|DV175018.1|DV175018
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
EST: gi|76282279|gb|DV021847.1|DV021847
EST:     TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAG                         GCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT
genomic: TAGTTAGCAGCAATGCTAATGTTGCATGTGCTTTCAAATTTGTTGTCGAGgtatgctacc ... aaactatcagGCGGTGGCTCTCTTCAAGTCCTACTTCGGTGGAGCTTTTGATGAAGACGCT