1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
CCCAGATTGGCCCAATGATCTTGAAGAGAAGCCTGCTGAGGTTTCATGGTGGATGGATGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTTCAAGgtaatatccttttttgtctcacattttattgtgtactggccacctcattagttccagttaaaccgagtaggctttatggttgtatcagttcagacttcag...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G329306_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGATGGATGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTTCCAG AAACAGGACTACAAGGCAGCTEST: gi|71443878|gb|DR824928.1|DR824928
genomic: GGATGGATGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTTCAAGgtaatatcct ... tttcttacagAAACAGGACTACAAGGCAGCT
EST: GGATGGATGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTTCAAG AAACAGGACTACAAGGCAGCTCTCAGAAAGTACAGGAAAGCTCTGCGCTACEST: gi|60350322|gb|DN217295.1|DN217295
genomic: GGATGGATGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTTCAAGgtaatatcct ... tttcttacagAAACAGGACTACAAGGCAGCTCTCAGAAAGTACAGGAAAGCTCTGCGCTAC
EST: TGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTTCAAG AAACAGGACTACAAGGCAGCTCTCAGAAAGTACAGGAAAGCTCTGCGCTACEST: gi|88756259|gb|DY540400.1|DY540400
genomic: TGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTTCAAGgtaatatcct ... tttcttacagAAACAGGACTACAAGGCAGCTCTCAGAAAGTACAGGAAAGCTCTGCGCTAC
EST: GGATGGATGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTTCAAG AAACAGGACTACAAGGCAGCTCTCAGAAAGTACAGGAAAGCTCTGCGCTACEST: gi|32865832|gb|CF005514.1|CF005514
genomic: GGATGGATGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTTCAAGgtaatatcct ... tttcttacagAAACAGGACTACAAGGCAGCTCTCAGAAAGTACAGGAAAGCTCTGCGCTAC
EST: GGATGGATGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTTCAAG AAACAGGACTACAAGGCAGCTCTCAGAAAGTACAGGAAAGCTCTGCGCTACEST: gi|71329029|gb|DR801214.1|DR801214
genomic: GGATGGATGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTTCAAGgtaatatcct ... tttcttacagAAACAGGACTACAAGGCAGCTCTCAGAAAGTACAGGAAAGCTCTGCGCTAC
EST: GGATGGATGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTTCAAG AAACAGGACTACAAGGCAGEST: gi|71443879|gb|DR824929.1|DR824929
genomic: GGATGGATGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTTCAAGgtaatatcct ... tttcttacagAAACAGGACTACAAGGCAG
EST: GATGGATGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTTTCA-G AAACAGGACTACAAGGCAGCTCTCAGAAAGTACAGGGAAGCTCTGCEST: gi|149012518|gb|EE042586.2|EE042586
genomic: GATGGATGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTT-CAAGgtaatatcct ... tttcttacagAAACAGGACTACAAGGCAGCTCTCAGAAAGTACAGGAAAGCTCTGC
EST: GGATGGATGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTTCAAG AAACAGGACTACAAGGCAGCTCTCAGAAAGTACAGGAAAGCTCTGCGCTAC
genomic: GGATGGATGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTTCAAGgtaatatcct ... tttcttacagAAACAGGACTACAAGGCAGCTCTCAGAAAGTACAGGAAAGCTCTGCGCTAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCCAGATTGGCCCAATGATCTTGAAGAGAAGCCTGCTGAGGTTTCATGGTGGATGGATGCTGTGGAGTCTGCTAAAGCTTATGGGAATGACAATTTCAAGgtaatatccttttttgtctcacattttattgtgtactggccacctcattagttccagttaaaccgagtaggctttatggttgtatcagttcagacttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG