1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
CTTGGGGAGACGTTTCCAATTCCAGTATATCTTTCTCTTCTTCCAATCATTGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaaaattgctttttctgacatcctgttctaactcttgcttacatattaatgaggtttttcatttgaactattagtaaaaaggttatgtttaag...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G180720_T04 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|211127527|gb|FL066343.1|FL066343
genomic: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|211127528|gb|FL066344.1|FL066344
genomic: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|211029602|gb|FL384590.1|FL384590
genomic: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|211128448|gb|FL066345.1|FL066345
genomic: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|211039688|gb|FL176199.1|FL176199
genomic: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|67042492|gb|CO468747.1|CO468747
genomic: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
genomic: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTTGGGGAGACGTTTCCAATTCCAGTATATCTTTCTCTTCTTCCAATCATTGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaaaattgctttttctgacatcctgttctaactcttgcttacatattaatgaggtttttcatttgaactattagtaaaaaggttatgtttaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agtaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaatt