Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGACAGAGCAGGTAGTGGACGACCCGATGCAGATCCCGAGGACCATGATGGAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCGgtgagcagcctcgattgctgagaaggagagaagatttgatgttgccgatgatgttatgtgaatagtcacttttggtcttctgttcttgatag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G161337_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G161337_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g15780.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GTGACAGAGCAGGTAGTGGACGACCCGATGCAGATCCCGAGGACCATGATGGAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCGgtgagcagcc----tcgattgctgagaaggaga------gaagatttgatgttgccgatgatgttatgtgaatagtcacttttggtct-tctgttcttgatag---------------------------------
||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||| || |||||| |||||||||   |    || |    |  |||| |||      ||| ||||||| |||  | | |||  |||||||   |  | |||||| | | ||||  ||||||                                 
GTGACGGAGCAGGTCGTGGATGATCCTATGCAGATCCCCAGGAGCATGATGGAAGGATGGCACCCGCAGCAGATCGATCAGCTCCCCGATTCCTTCACCGgtgagctaacgaaatcaaacagtaggaagaagaaatggggaatatttgattttgttggttatgaaatgtgaaccatggcatttggtttctttgtttgtgataggtggatgggtcgggttcttttcctatgatacag

upper sequence: GRMZM2G161337_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g15780.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GTGACAGAGCAGGTAGTGGACGACCCGATGCAGATCCCGAGGACCATGATGGAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCGgtgagcagcc----tcgattgctgagaaggaga------gaagatttgatgttgccgatgatgttatgtgaatagtcacttttggtct-tctgttcttgatag
||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||| || |||||| |||||||||   |    || |    |  |||| |||      ||| ||||||| |||  | | |||  |||||||   |  | |||||| | | ||||  ||||||
GTGACGGAGCAGGTCGTGGATGATCCTATGCAGATCCCCAGGAGCATGATGGAAGGATGGCACCCGCAGCAGATCGATCAGCTCCCCGATTCCTTCACCGgtgagctaacgaaatcaaacagtaggaagaagaaatggggaatatttgattttgttggttatgaaatgtgaaccatggcatttggtttctttgtttgtgatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211185609|gb|FL204173.1|FL204173
EST:     GGAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCG                         GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
genomic: GGAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCGgtgagcagcc ... ttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
EST: gi|211185608|gb|FL204172.1|FL204172
EST:     GAGGGATGGCACCCCAMAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCG                         GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGANACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
genomic: GAGGGATGGCA-CCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCGgtgagcagcc ... ttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
EST: gi|60401378|gb|DN234185.1|DN234185
EST:     GAATCCTTCTCCG                         GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
genomic: GAATCCTTCTCCGgtgagcagcc ... ttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
EST: gi|32846234|gb|CD985915.1|CD985915
EST:     CGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCG                         GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
genomic: CGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCGgtgagcagcc ... ttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
EST: gi|60400588|gb|DN233395.1|DN233395
EST:     GAATCCTTCTCCG                         GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
genomic: GAATCCTTCTCCGgtgagcagcc ... ttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
EST: gi|32798334|gb|CD950570.1|CD950570
EST:     GGAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCG                         GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
genomic: GGAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCGgtgagcagcc ... ttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
EST: gi|71447101|gb|DR828151.1|DR828151
EST:     GGAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCG                         GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
genomic: GGAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCGgtgagcagcc ... ttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
EST: gi|32795466|gb|CD947702.1|CD947702
EST:     GAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTNCCG                         GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAG
genomic: GAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCT-CCGgtgagcagcc ... ttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGACAGAGCAGGTAGTGGACGACCCGATGCAGATCCCGAGGACCATGATGGAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCGgtgagcagcctcgattgctgagaaggagagaagatttgatgttgccgatgatgttatgtgaatagtcacttttggtcttctgttcttgatag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT