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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATGTGTATGTGAGATTGAATAAAGGTCAATCAATGGATGACATGAGTGAGGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaactacaaagagacaatattatatcacaaattttggcttcattttttcttgcaagaatgtggaatacaagctgtagtccggcacatgtgatgatttcttcatttttggtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G157332_T05
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G157332_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os05g13440.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
CATGTGTATGTGAGATTGAATAAAGGTCAATCAATGGATGACATGAGTGAGGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaactacaaagagacaatattatatcacaaattttggcttcattttttcttgcaagaatgtggaatacaagctgtagtccggcacatgtgatgatttcttcatttttggtgcag
|| |||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||     |   | | ||| |     |     |||   |||| ||| |   | | |||           | ||| | ||||| | || |||| | ||            
CACGTGTATTTGAGATTAAATAAAGGTCAGACAATGGATGACATAAGTGAAGGTGTGCTTGAAGATTGTGCCCAGCTTGTGAAAGCTAATTCCATTCAAGgttgggaaaattacatgataattctgtaatacc-tggttcaaaccttttgttttgctttccctagtttggt-------tctttgtcagacacatttaattatttttacag-----------

upper sequence: GRMZM2G157332_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA06G08640.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
CATGTGTATGTGAGATTGAATAAAGGTCAATCAATGGATGACATGAGTGAGGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaactacaaagagacaatattatatcacaaattttggcttcattttttcttgcaag-aatgtggaatacaagctgtagtccggcacatgtgatgatttcttcatttttggtgcag
||||| ||||| ||  || | ||||| ||  |  | |||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||     |||   |  |  ||  |||||   ||     | || | || | ||  | |   |   ||| |    ||  |     |  | || | ||   |||                     
CATGTCTATGTCAGGCTGCACAAAGGCCAGACTCTCGATGACCTGAGTGAGGCTTTACTGGAAGATTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgt-----aaatgcctgactgagtatattcc-tctggtttattagttttaattgatttaaaagtcaattttatgtatcattgcaaagctggtaaatagcatgtcacg----------------

upper sequence: GRMZM2G157332_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA04G08530.3 (Glycine max), 5'ss of exon 3
CATGTGTATGTGAGATTGAATAAAGGTCAATCAATGGATGACATGAGTGAGGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaactacaaagagacaatattatatcacaaattttggcttcattttttcttgcaagaatgtggaatacaagctgtagtccggcacatgtgatgatttcttcatttttggtgcag
||||| ||||| || ||| | ||||| ||  | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||     |||   |  |  ||  |||||   |       || |  || |||  ||        ||| |   |||  |     |  | || | ||   |||                     
CATGTCTATGTCAGGTTGCACAAAGGCCAGACCATCGATGACATGAGTGAGGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgt-----aaaagcctgactgattatattcctttggcttattagttttaattgatttaaaagccaattttatatatcattgcaaagctggtaaatagtatgtcacg----------------

upper sequence: GRMZM2G157332_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT5G11500.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
CATGTGTATGTGAGATTGAATAAAGGTCAATCAATGGATGACATGAGTGAGGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgt-------tggacaaactacaaagag----acaatattata-tcacaaattttggctt--cattttttcttgcaagaatgtggaataca-agctgtagtccgg---cacatgtgatgatttcttcatttttggtgcag
||||| ||  ||||  |  ||| ||| |||    | |||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||       |   | | ||     ||     ||| |   |||  ||  | | || |  |  || ||| | ||  |  |    || | | | || | |  || |    |  |     || | |||    || ||   |||
CATGTTTACTTGAGGCTTCATAGAGGCCAAAGTTTTGATGACATTAGTGAAGGTGTGCTGGAGGACTGTGCTCAGCTTGTGAAAGCTAACTCCATTCAAGgtaatctttttttctacctgtcgtgaacttaacatttgcataaccattagtcttagagtaccagtttgttttttagaaggagggcacatataggttttttctgttttcttaccgactggtgtctgggattatgtgccag

upper sequence: GRMZM2G157332_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv04s0008g03810.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
CATGTGTATGTGAGATTGAATAAAGGTCAATCAATGGATGACATGAGTGAGGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaactacaaagagacaatattatatcacaaattttggcttcattttttcttgcaagaatgtgga-atacaagct--gtagtccggcacatgtgatgatttcttcatttttggtgcag
||||| ||||| |||||| | || |||||  |||| ||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||     |||| ||     ||||  | || | | |   |||||   | |||||| | || || | || ||   ||  || ||  || |||  |||  | |  |   |                  
CATGTTTATGTAAGATTGCACAAGGGTCAGACAATTGATGATATAAGTGAAGGTTTACTGGAGGATTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAACTCCATCCAAGg-----caaaatatgctcagac--tctttttttatttatttttattacattttgtttt-cacgtatttgtctatttaatctatgtggtctagcaagtattctacctca----------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211488033|gb|FK946171.1|FK946171
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211496690|gb|FK946214.1|FK946214
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATT
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATT
EST: gi|211499571|gb|FK946224.1|FK946224
EST:     GGATTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211065908|gb|FK946237.1|FK946237
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGT
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGT
EST: gi|211065910|gb|FK946239.1|FK946239
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAMAGTCAATAACATTGATGTAGTTTAT
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTAT
EST: gi|211490914|gb|FK946183.1|FK946183
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211499583|gb|FK946236.1|FK946236
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGT
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGT
EST: gi|211499580|gb|FK946233.1|FK946233
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTA
EST: gi|149109676|gb|EE293462.2|EE293462
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211065916|gb|FK946245.1|FK946245
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAA
EST: gi|211496684|gb|FK946208.1|FK946208
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTT
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTT
EST: gi|211496687|gb|FK946211.1|FK946211
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211493803|gb|FK946201.1|FK946201
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAS-TTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211490912|gb|FK946181.1|FK946181
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211488025|gb|FK946163.1|FK946163
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211488027|gb|FK946165.1|FK946165
EST:     GGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCMV-TTGTTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGT-CAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|60399482|gb|DN232294.1|DN232294
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211065914|gb|FK946243.1|FK946243
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211485141|gb|FK946150.1|FK946150
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211499578|gb|FK946231.1|FK946231
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATTA--TTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAA
EST: gi|211490920|gb|FK946189.1|FK946189
EST:     GGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACA
genomic: GGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATT-CCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACA
EST: gi|211493798|gb|FK946196.1|FK946196
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCMSSTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATTAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTG
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAAT-AACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTG
EST: gi|32824357|gb|CD964079.1|CD964079
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211065918|gb|FK946247.1|FK946247
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCMSTTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTAHAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|32832790|gb|CD972468.1|CD972468
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTCTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGT
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGT
EST: gi|211490922|gb|FK946191.1|FK946191
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211493795|gb|FK946193.1|FK946193
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGA
EST: gi|211488034|gb|FK946172.1|FK946172
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211490916|gb|FK946185.1|FK946185
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCMS-TTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211499576|gb|FK946229.1|FK946229
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211485150|gb|FK946159.1|FK946159
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211490919|gb|FK946188.1|FK946188
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211488031|gb|FK946169.1|FK946169
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTNAWACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|32910716|gb|CF015528.1|CF015528
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211493799|gb|FK946197.1|FK946197
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211499570|gb|FK946223.1|FK946223
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCMSTTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACAT
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACAT
EST: gi|211496691|gb|FK946215.1|FK946215
EST:     GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGAT
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGAT
EST: gi|211488026|gb|FK946164.1|FK946164
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genomic: GGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTG-TCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAA-GTCAATAACA-TTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTT
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EST:     GGATTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
genomic: GGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATTGATGTAGTTTATACTCCATGGTACAATTTGA
EST: gi|211488029|gb|FK946167.1|FK946167
EST:     GGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCV--TTGTTCAAAGCTAATTCCATTCAAG                         GTAATAAAGTCAATAACATT
genomic: GGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGT-CAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaa ... tttggtgcagGTAATAAAGTCAATAACATT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CATGTGTATGTGAGATTGAATAAAGGTCAATCAATGGATGACATGAGTGAGGGTTTGCTGGAAGACTGTGCGCAGCTTGTCAAAGCTAATTCCATTCAAGgttggacaaactacaaagagacaatattatatcacaaattttggcttcattttttcttgcaagaatgtggaatacaagctgtagtccggcacatgtgatgatttcttcatttttggtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT