Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATCTCTTTTGAAGCCAGATACCACCAGCAAAGGCGGTCAGATGGACCCTGGTGGCTATGTTAAGGTGAAATGCTTAGCTTGTGGTCACCCAAGTGAAAGgtaaacaaatctattttccaatttccatgcatcactatttaccttcatatgcctttatgattttacatcaatatgcttgagcatccataaccttaagtta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G153722_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G153722_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os08g34950.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
---CATCTCTTTTGAAGCCAGATACCACCAGCAAAGGCGGTCAGATGGACCCTGGTGGCTATGTTAAGGTGAAATGCTTAGCTTGTGGTCACCCAAGTGAAAGgtaaacaaatctattttccaatttccatgcatcactatttaccttcatatgcctttatgattttacatcaatatgctt--gagcatccataa-cctta-agtta-----------
   ||||| || | || ||||||||||   ||||||| || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||   | |        ||||       |||   ||| |  |  ||||||||||| |||  | |||||  ||| || |||   ||||| |||||           
CTGCATCTATTCTAAAACCAGATACCA---GCAAAGGGGGACGGATGGACCCTGGTGGCTATGTGAAGGTGAAATGCTTGGCTTGTGGTCGTCCAAGTGATAGgtaaacaaatttacccttc--------tgca-----gattatggtcaaa--ctgttatgattttatatctgtctgctttggagtattcattttccttatagttaaaaaaatatga

upper sequence: GRMZM2G153722_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA17G05000.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
---CATCTCTTTTGAAGCCAGATACCACCAGCAAAGGCGGTCAGATGGACCCTGGTGGCTATGTTAAGGTGAAATGCTTAGCTTGTGGTCACCCAAGTGAAAGgtaaacaa-atctattttccaatttccatgcatcactatttaccttcatatgcctttatgattttacatcaatatgcttgagcatccataaccttaa-gtta---
   |  | ||| |||||||||||||    |||| ||| ||    ||||| |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| || | || ||||||||||     | | |    | |      |||| | |    |||  |  | || |    ||| || || ||  | ||  |     ||   ||||  ||| ||||   
CTGCTACACTTCTGAAGCCAGATAC---GAGCAGAGGTGGAGGTATGGATCCTGGTGGCTATGTAAAGGTTAAATGCATAGCTTGTGGACATCGAAATGAAAGgtaattgtcaacaaccaactatcccaaatgcttaagctcttaggtgaagatacaa--atggttatatatgtacatatt---atatttctaacagtaatgttagtg