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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTTTGAAGCTGTGAAGGTACGTGTGCAGACACAACCTGGATTTGCTCGTGGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatttggctctaaaaaatatcgttcaagacttgacttctggccatgtgtcctaatatagctcttgctgcttaatatttttag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G152827_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G152827_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g52860.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CTTTTGAAGCTGTGAAGGTACGTGTGCAGACACAACCTGGATTTGCTCGTGGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaa-----------tttggctctaaaaaatatcgt-tcaagacttgacttctggccatgtgtcctaatatagctcttgctgcttaatatttttag
| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| ||||||| || | ||||||||||| |            |||     || ||  |    | |    |||     ||| |   | ||  |    | |  |||   | ||| ||| |   ||
CATTTGAAGCTGTGAAGGTTCGTGTGCAAACCCAACCTGGATTCGCTCGTGGACTGAGTGATGGGCTCCCCAAGTTCGTCAGATCTGAAGGCGCTCTTGGgtaagtataaataacatgtttttatcttagaatctgatatgtggcaactctttctctagttttatgcgccttgacaaatctcattccttgataatgacag

upper sequence: GRMZM2G152827_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA19G27380.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
CTTTTGAAGCTGTGAAGGTACGTGTGCAGACACAACCTGGATTTGCTCGTGGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatttggctctaaaaaatatcgttcaagacttgacttctggccatgtgtcctaatatagctcttgctgcttaatatttttag-------------------------------------------
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CATTTGAGGCTGTGAAGGTCCGTGTCCAAACTCAGCCTGGTTTTGCAAGGGGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCTGAAGGAACCTTAGGgtatgcttacaaatgctgttaactcttacattgtttttggta---gaggatgtactataatctttct-ttgttgatctatgctgagaattaagattaggatgccatcttatgcagtgtcttatgatttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149083065|gb|EE172322.2|EE172322
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|149071118|gb|EE159518.2|EE159518
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCT
EST: gi|148940034|gb|EC884775.2|EC884775
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|149078083|gb|EE166829.2|EE166829
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTANCA-GGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTA-CAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|32809184|gb|CD961418.1|CD961418
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|32807870|gb|CD960104.1|CD960104
EST:     GGATTGAGTGATAGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|149100650|gb|EE186738.2|EE186738
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|148987197|gb|EE031029.2|EE031029
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|148961139|gb|EE011847.2|EE011847
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCC-TT
EST: gi|32849572|gb|CD989253.1|CD989253
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|148941369|gb|EC886279.2|EC886279
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGGATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|32848897|gb|CD988578.1|CD988578
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTCCAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|32849561|gb|CD989242.1|CD989242
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|9028627|gb|BE238667.1|BE238667
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|148948946|gb|EC894365.2|EC894365
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGT
EST: gi|20301369|gb|BQ164312.1|BQ164312
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|149098907|gb|EE184920.2|EE184920
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|67018623|gb|CO447372.1|CO447372
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|148940816|gb|EC885643.2|EC885643
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|26456075|gb|CA827658.1|CA827658
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|32807573|gb|CD959807.1|CD959807
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|32849444|gb|CD989125.1|CD989125
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|148964179|gb|EE015347.2|EE015347
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGG
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGG
EST: gi|31355004|gb|CD439361.1|CD439361
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|32927274|gb|CF032086.1|CF032086
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|149099246|gb|EE185278.2|EE185278
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|148960994|gb|EE011693.2|EE011693
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|33102415|gb|CF062375.1|CF062375
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTCCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|148934148|gb|EC878167.2|EC878167
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|211458338|gb|FL363660.1|FL363660
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|5928934|gb|AW056226.1|AW056226
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|31355577|gb|CD439934.1|CD439934
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|71433232|gb|DR814282.1|DR814282
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|32806716|gb|CD958950.1|CD958950
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGGTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|149100649|gb|EE186737.2|EE186737
EST:     CCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTTTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: CCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|116817564|gb|EC860439.1|EC860439
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|166613882|gb|EG150537.1|EG150537
EST:     TGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: TGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|32806398|gb|CD958632.1|CD958632
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|32807848|gb|CD960082.1|CD960082
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACATGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|148967944|gb|EE019256.2|EE019256
EST:     GATTGAGTGATGGGCCTCCC-AAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACCAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GATTGAGTGATGGGC-TCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|148939624|gb|EC884260.2|EC884260
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAAATGTTC
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTC
EST: gi|149049813|gb|EE048499.2|EE048499
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|32807994|gb|CD960228.1|CD960228
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|32826337|gb|CD966015.1|CD966015
EST:     GATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|31358410|gb|CD442767.1|CD442767
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|32849863|gb|CD989544.1|CD989544
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|32927695|gb|CF032507.1|CF032507
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EST: gi|149083626|gb|EE172969.2|EE172969
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EST: gi|93015641|gb|EB641161.1|EB641161
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EST: gi|32945563|gb|CF050382.1|CF050382
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genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
EST: gi|148945814|gb|EC891102.2|EC891102
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCG
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCG
EST: gi|32806802|gb|CD959036.1|CD959036
EST:     GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGG                         GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT
genomic: GGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 648

CTTTTGAAGCTGTGAAGGTACGTGTGCAGACACAACCTGGATTTGCTCGTGGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 795

CTTTTGAAGCTGTGAAGGTACGTGTGCAGACACAACCTGGATTTGCTCGTGGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 875

CTTTTGAAGCTGTGAAGGTACGTGTGCAGACACAACCTGGATTTGCTCGTGGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 838

CTTTTGAAGCTGTGAAGGTACGTGTGCAGACACAACCTGGATTTGCTCGTGGATTGAGTGATGGGCTCCCCAAATTTGTCCGATCTGAGGGTGTTCTTGGgtaagcaatt ... atatttttagGCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT