ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

GCTGCCCTCGACTTCGCAGCATGGAGTTTCAATGTCACCACATCGGTTGGACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgtgctctgctcgtccagggatttatttaccatacctccgactttcaccttcggtctctacttcttgcgcttctgactgcttagcgctattat...

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G147446_T01
intron #	2
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G147446_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os12g05780.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2

GCTGCCCTCGACTTCGCAGCATGGAGTTTCAATGTCACCACATCGGTTGGACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgtgctctgctcgtccagggatttatttaccatacctccgactttcaccttcggtctctacttcttgcgcttctgactgcttagcgctattat-----------
   |  || || || || ||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||  |||| |||||||||||||||  |    | ||||   |    ||| ||| |    |         ||| |     ||   || | | ||  |    ||||    | ||  ||||||           
AAGGTGCTAGATTTTGCGGCATGGAGTTTCAACATCACCACATCCGTTGGAATCATCATGGTCAACAAGGCTCTGATGGCTACACATGGATTCAGTTTCGgtatgttt----tttgct-accttaagatatatattttgtgatg-----ttttattccaggctactccgtgttctggga-tgacaaacttgcagtattatgttgttttagt

upper sequence: GRMZM2G147446_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os12g05830.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2

GCTGCCCTCGACTTCGCAGCATGGAGTTTCAATGTCACCACATCGGTTGGACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgtgctctgct-cgtccagggatttatttaccatacctc-cgactttcac-cttcggtctctacttcttgcgc-ttctgactgcttagcgctattat
   |  || || || || ||||||||||||||  ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||||||||||| ||  |||    |||| | | |||  || |   | |  ||  |   ||   | |   ||   |||   |||  | ||  |||||| ||   | |  ||    
AAGGTGCTGGATTTTGCGGCATGGAGTTTCAACATCACCACGTCTGTTGGAATCATCATGGTCAACAAGGCTCTGATGGCTACGCATGGATTCAGTTTCGgtgtgtgtgttacttgctaccttcagatatcttggttctttattttgtgatgatgatgttttattctaggcttactccgtgttctgaatgacaaac--tagc--

upper sequence: GRMZM2G147446_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA06G15280.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2

GCTGCCCTCGACTTCGCAGCATGGAGTTTCAATGTCACCACATCGGTTGGACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgtgctctgctcgtccagggatttatttaccatacctccgactt-tca--ccttcggtctctact-tcttgcgcttctgactgcttagcgctattat
||| || | ||    ||| |||||   ||||||||   ||| || || ||| | ||  | ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||| |       ||    | |     ||  | |     | ||  ||  | |||  |||  | | |  |   | |   ||||||   | ||    | | ||  
GCTTCCATTGATGCAGCATCATGGCTGTTCAATGTGGTCACGTCTGTGGGAATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTGgtatgacctcatcatgacttttcccat-ttcctctcttgaatctttgatctgtcatgcctatgattttaaagatgtcatgcttct--tttctatttgttgttt-

upper sequence: GRMZM2G147446_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv07s0031g01860.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2

GCTGCCCTCGACTTCGCAGCATGGAGTTTCAATGTCACCACATCGGTTGGACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgtgct--ctgctcgtccagg-gatttatttaccatacctccgactttcaccttcggtctctacttcttgcgcttctgactgcttagcgctattat
||  |  | ||    || |||||||  ||||||||   ||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||| |  |  |  ||      |||   | |||| | |   || |  |   | |     ||   |  || ||||        ||  |  |  ||  |     
GCAACTGTTGATGCTGCCGCATGGATGTTCAATGTTGTCACTTCGGTTGGAATCATTATGGTCAACAAAGCCTTAATGGCTACATATGGATTCAGTTTTGgtatgtccctcatgactatcaacccacacgctttaatcaatttatcagcctttatattactcatacgatagttctaaatgcattgtgtcttatgcatttc---

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|149110810|gb|EE190620.2|EE190620

EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCG                         CCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgt ... tttttttcagCCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT

EST: gi|78076134|gb|DV504568.1|DV504568

EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCG                         CCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgt ... tttttttcagCCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT

EST: gi|91051991|gb|EB162409.1|EB162409

EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCG                         CCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgt ... tttttttcagCCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT

EST: gi|71321408|gb|DR797414.1|DR797414

EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCG                         CCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgt ... tttttttcagCCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT

EST: gi|91868221|gb|EB399951.1|EB399951

EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCG                         CCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgt ... tttttttcagCCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT

EST: gi|148986808|gb|EE030604.2|EE030604

EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCG                         CCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgt ... tttttttcagCCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT

EST: gi|149082248|gb|EE171434.2|EE171434

EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCG                         CCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgt ... tttttttcagCCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT

EST: gi|71426314|gb|DR807364.1|DR807364

EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCG                         CCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgt ... tttttttcagCCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT

EST: gi|101384748|gb|EB814420.1|EB814420

EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCG                         CCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgt ... tttttttcagCCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT

EST: gi|93282197|gb|EB674461.1|EB674461

EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCG                         CCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgt ... tttttttcagCCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT

EST: gi|78076922|gb|DV505356.1|DV505356

EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCG                         CCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgt ... tttttttcagCCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT

EST: gi|149000630|gb|EE037833.2|EE037833

EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCG                         CCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgt ... tttttttcagCCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT

EST: gi|148947730|gb|EC893211.2|EC893211

EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCG                         CCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgt ... tttttttcagCCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCT

EST: gi|211301329|gb|FL412804.1|FL412804

EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCG                         CCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTA
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgt ... tttttttcagCCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTA

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 47

GCTGCCCTCGACTTCGCAGCATGGAGTTTCAATGTCACCACATCGGTTGGACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgt ... tttttttcagCCACAACATTAACCGGGCTTCATTTTGTGACTACTACCTTGATGACTATCTTATTTCGTTGGTTAGGCCTGAGTCAGCCATCCCACTTACCCCTAGCAGA

Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 93

Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 125