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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACGGTACTGGCGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtctcacttctcatggcatcatctctccccgcgtttgcagttgcgggcctgtgtcggttgtggtttggtttttgactagaccgatctatgtgctgatctcttggttggctggaactcggggag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G146206_T05
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G146206_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g62420.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
------------------------AACGGTACTGGCGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc--tcacttctcatggcatcatctctccccgcgtttgcagttgcgggcctgtgtcggttgtggtttggtttttgactagaccgatctatgtgctgatctcttggttggctggaactcggggag
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GCGCTGCGCTGTTGCTGCGTGCAGAATGGGACAGGGGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtcgtcccctcccgagggcgttgtttggagttggat---cgatt-----catgaatcgatctggtgctgatctgtgggtttgtttatttattt--taatttttt--ttgggtgcag---------

upper sequence: GRMZM2G146206_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g62420.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
AACGGTACTGGCGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc--tcacttctcatggcatcatctctccccgcgtttgcagttgcgggcctgtgtcggttgtggtttggtttttgactagaccgatctatgtgctgatctcttggttggctggaactcggggag
|| || || || |||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||   | || |  | ||| |  | |      |  |   |  ||     | ||  ||| |   |   || | | ||  |      || ||| |  | || | ||  |||| || |          
AATGGGACAGGGGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtcgtcccctcccgagggcgttgtttggagttggat---cgatt-----catgaatcgatctggtgctgatctgtgggtttgtttatttattt--taatttttt--ttgggtgcag---------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34391231|gb|CF384459.1|CF384459
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACGAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCGTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|149095398|gb|EE181040.2|EE181040
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|37361179|gb|CF602468.1|CF602468
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACGAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCGTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|61118911|gb|DN559872.1|DN559872
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACGAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCGTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|6021382|gb|AW066310.1|AW066310
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACGAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCGTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|211332034|gb|FL380493.1|FL380493
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|76928137|gb|DV171503.1|DV171503
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
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EST: gi|38568995|gb|CF974880.1|CF974880
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACGAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCGTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
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EST: gi|74242319|gb|DT650233.1|DT650233
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|148995363|gb|EE034577.2|EE034577
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|31351356|gb|CD435713.1|CD435713
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
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EST: gi|32915342|gb|CF020154.1|CF020154
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|37361339|gb|CF602628.1|CF602628
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACGAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCGTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|211504304|gb|FL391671.1|FL391671
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
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EST: gi|31354853|gb|CD439210.1|CD439210
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|32851161|gb|CD990842.1|CD990842
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|211405784|gb|FL400096.1|FL400096
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|38229553|gb|CF919866.1|CF919866
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACGAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCGTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|211387019|gb|FL373417.1|FL373417
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|28566674|gb|CB278322.1|CB278322
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACGAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCGTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|28576049|gb|CB281941.1|CB281941
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTC-                         ----GC---GGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|71436570|gb|DR817620.1|DR817620
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|211247588|gb|FL403551.1|FL403551
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|33770896|gb|CF273190.1|CF273190
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACGAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCGTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|211416108|gb|FL411159.1|FL411159
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|30160504|gb|CB924233.1|CB924233
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACGAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCG                         GTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCGTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|149097486|gb|EE183358.2|EE183358
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|71330645|gb|DR802096.1|DR802096
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
EST: gi|149005099|gb|EE039628.2|EE039628
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-                         GT---C-GAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... actcggggagGTGAGCAGAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AACGGTACTGGCGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtctcacttctcatggcatcatctctccccgcgtttgcagttgcgggcctgtgtcggttgtggtttggtttttgactagaccgatctatgtgctgatctcttggttggctggaactcggggag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA