Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTCGAGTTTCTTGAACCCTCAGCTGCCCAGAAGTTGGTAATTGGATTTGACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaagtaaccttagctggcatgatgttgtattatagggttttgttttcatgattgtgacatcacaaaaaactttatgcagcagccattcatttt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G142984_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G142984_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g38620.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
AGTCGAGTTTCTTGAACCCTCAGCTGCCCAGAAGTTGGTAATTGGATTTGACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaagt-aaccttagctggcatgatgttgtattatagggttttgt-tttcatgattgtgacatcacaaaaaactttatgcagcagccattcatttt
||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| || || || |||||| |||||||||||||||| |||||||||||   || | || ||||    |||||| ||    | ||  | | || | |||||| || |||        |||   ||| || | |  ||||    |  
AGTTGAGTTTCTTGAACCCTCTGCTGCCCAGAAACTGGTGATTGGATTTGATTGTGAAGGCGTAGACCTTTGCCGCCATGGTGCTCTCTGTATCATGCAGgtgagttcaaatgaagcttatgaagcatgaagtatgttcatgcgatcttctgtttcataatagtggtcctttcaaactattt-tgtatctaccatctccta-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211021992|gb|FL145360.1|FL145360
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|60358611|gb|DN225584.1|DN225584
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|211321691|gb|FL409781.1|FL409781
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|211288495|gb|FL414818.1|FL414818
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCT
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCT
EST: gi|211452427|gb|FK953962.1|FK953962
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTT-ACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAA
EST: gi|211062502|gb|FL371367.1|FL371367
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA