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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCGCTCCGGTTGGATATCAAGgtaatctcaacccatctccctcggatccgttttggtttctgctcctcgttttgtctcggcggtaaatatttttgggtcgtgtcgcactgtcgctgatggttgttctctgtttgcttggatcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G141587_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|93016008|gb|EB641528.1|EB641528
EST:     CATGCCGCTCCGGTTGGATATCAAG                         AGGAAGCTCGCGCAGAGGTCGGAGAGGGTGAAGTCCGTGGATCCTGCATCC
genomic: CATGCCGCTCCGGTTGGATATCAAGgtaatctcaa ... cttggatcagAGGAAGCTCGCGCAGAGGTCGGAGAGGGTGAAGTCCGTGGATC-TGCATCC
EST: gi|76282808|gb|DV022376.1|DV022376
EST:     CATGCCGCTCCGGTTGGATATCAAG                         AGGAAGCTCGCGCAGAGGTCGGAGAGGGTGAAGTCCGTGGATCTGCATCCG
genomic: CATGCCGCTCCGGTTGGATATCAAGgtaatctcaa ... cttggatcagAGGAAGCTCGCGCAGAGGTCGGAGAGGGTGAAGTCCGTGGATCTGCATCCG
EST: gi|78078423|gb|DV506837.1|DV506837
EST:     CATGCCGCTCCGGTTGGATATCAAG                         AGGAAGCTCGCGCAGAGGTCGGAGAGGGTGAAGTCCGTGGATCTGCATCCG
genomic: CATGCCGCTCCGGTTGGATATCAAGgtaatctcaa ... cttggatcagAGGAAGCTCGCGCAGAGGTCGGAGAGGGTGAAGTCCGTGGATCTGCATCCG