Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGGTATGGGAACAGCGGAATGGAGGGCAGCGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattcttttagtttgctcgcattgttcacaatagctggctggtatgataaattttgtttctctttatggtatgtttgattgtttatggtggtttt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G140150_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G140150_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g50620.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
ATGGTATGGGAACAGCGGAATGGAGGGCAGCGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattcttttagtttgctcgcattgttcacaatagctggctggtatgataaattttgtttctctttatggtatgtttgattgtttatggtggtttt----
|||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||      |     ||| |    ||| |||   ||| || ||||  |||| ||| ||   | |  || |  | |   || ||    || ||| | |     
ATGGGATGGGAACCGCTGAGTGGAGGGCAGCAAAGAGCCCTGCCTACTACAAGCGTGGTGATTATGTGCCTGGATTGAAGgtgatgtgaactcactgttgttacttttgctcatcgtag-tgactggattgatcaatgtttagtattcttgtaatgt---tggttcccaattgtgatatgtgat

upper sequence: GRMZM2G140150_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA02G03080.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
ATGGTATGGGAACAGCGGAATGGAGGGCAGCGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaa--ttattct-tttagtt--tgctcgcattgttcacaatagctgg-ctggta--tgataaattt--tgtttctctttatggtatgtttgattgtttatggtggtttt
|||| ||||| || ||||| ||||| || || |||||||||||||| || |||||||| || || |||||||| |||||||| |  ||| | | ||| |||  || |   |||  |   ||| | |   ||| ||   | |  ||||   || | || |  |||  ||  || || || ||         
ATGGGATGGGGACTGCGGAGTGGAGAGCTGCCAAGAGTCCTGCTTATTATAAGCGTGGGGATTACGTGCCTGGCTTGAAGgtgagtttagtgtgtttggttaatgattcgatttgttgtaatggtttatctgttaatcggtggatttaacgtgtttcgtagtggggtgcatgttt-ttaat---------

upper sequence: GRMZM2G140150_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA08G40380.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
ATGGTATGGGAACAGCGGAATGGAGGGCAGCGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattctt--ttagtttgctcgcattgttcacaatagctggctggtatgataaattttgtttctctttatggtatgtttgattgtttatggtggtttt
|||| ||||| ||||| || ||||| || || |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |      ||   |  | |  | |  || |  | | |   || |   | || | |   |     |    ||  | | | ||||||| |  |  |      
ATGGAATGGGGACAGCTGAGTGGAGAGCTGCTAAGAGTCCTGCTTATTACAAGCGTGGGGATTATGTTCCTGGATTGAAGgttagagagattgactgctgttgttgtgttataaatattcaatg-ccactctgttcacactaaaaacatcatagtgca-gcttgattggtgttcatttaccc

upper sequence: GRMZM2G140150_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA18G17240.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
ATGGTATGGGAACAGCGGAATGGAGGGCAGCGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattcttttagtttgctcgcattgttcacaat-agctggctggtatg-ataaattttgtttctctttatggtatgtttgattgtttatggtggtttt
|||| ||||| ||||| || ||||| || || |||||||||  ||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |      ||   |  || | |  || |  | | | |  |      | |  | | ||  |  | |   ||      ||||   ||        |||| | 
ATGGAATGGGGACAGCTGAGTGGAGAGCTGCTAAGAGTCCTAGTTATTACAAGCGTGGGGATTATGTTCCTGGATTGAAGgttagagagattgatggctg-ttgtgttataaatattcaattccacactgttcacacatcatagtgcagcttgattggtgttgatttaccctgtttggtct-

upper sequence: GRMZM2G140150_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT1G59900.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
ATGGTATGGGAACAGCGGAATGGAGGGCAGCGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattct--tttagtttgctcgcattgttcacaatagctggctggtatgataaattttgtttctctttatggtatgtttgattgtttatggtggtttt-
|||| |||||||| || |||||||| || || ||||||||  |||||||||||||||| || ||||| |||||| | ||||| |   ||    | |  ||||     |   || |     |  |  || || ||| |     |    | || || |   | | ||| | |||  ||  |||  
ATGGAATGGGAACTGCTGAATGGAGAGCCGCTAAGAGTCCATCTTACTACAAGCGTGGTGATTATGTTCCTGGACTCAAGgtcagcttttgaatcttatttgtaacaaggattgatgtgtgaggcttgttaagatgagaaagggaagttttgattg---ggtagatggattagtgtcatttcc

upper sequence: GRMZM2G140150_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv09s0018g01940.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
ATGGTATGGGAACAGCGGAATGGAGGGCAGCGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattcttttagtttgctcgcattgttcacaatagctggctggtatgataaattttgtttctctttatggtatgtttgattg---tttatggtggtttt
|||| ||||| || || || ||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||   |   | |  | | | |  |||  ||    |  ||  ||    | ||||   | | |   || |    ||  |||   | | |    ||| |
ATGGAATGGGTACGGCAGAGTGGAGAGCAGCCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGTGGGGACTATGTGCCTGGGTTGAAGgtaatttttacatgcctctaattggact-ctcaggattatggattgccatag--acttttaactatgtgattgctggagttacttgaactctcttcgagttgt

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18384669|gb|BM417868.1|BM417868
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCATGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|50330691|gb|CO525817.1|CO525817
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|149090058|gb|EE179352.2|EE179352
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|87298771|gb|DY470774.1|DY470774
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCATGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|16746039|gb|BM032469.1|BM032469
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCATGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|148960114|gb|EE153361.2|EE153361
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACTAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCCAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|148962032|gb|EE012834.2|EE012834
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|71328968|gb|DR801171.1|DR801171
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGC
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGC
EST: gi|31350443|gb|CD434800.1|CD434800
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAA                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCATGCAAATTTGCAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAA
EST: gi|13558390|gb|BG549746.1|BG549746
EST:     AAGAGTCTCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTACTGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: AAGAGTC-CTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTA-TGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|18384909|gb|BM418108.1|BM418108
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTT
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTT
EST: gi|20300013|gb|BQ162956.1|BQ162956
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCATGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|18384628|gb|BM417827.1|BM417827
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCATGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|8401229|gb|BE056863.1|BE056863
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAATATTTGCAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAA-ATTTGCAAA
EST: gi|32847853|gb|CD987534.1|CD987534
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCATGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|18384591|gb|BM417790.1|BM417790
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCATGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|149077420|gb|EE166109.2|EE166109
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGT
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGT
EST: gi|21330275|gb|BQ485656.1|BQ485656
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|18384480|gb|BM417679.1|BM417679
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCATGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|74244031|gb|DT651945.1|DT651945
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|67041913|gb|CO468168.1|CO468168
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCA-GCATGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|149008497|gb|EE040667.2|EE040667
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|18384592|gb|BM417791.1|BM417791
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCATGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|149008496|gb|EE040666.2|EE040666
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|91054212|gb|EB164630.1|EB164630
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|22489517|gb|BU049440.1|BU049440
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCATGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|18384004|gb|BM417204.1|BM417204
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACA-GCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCATGCAA-TTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|211429931|gb|FL330539.1|FL330539
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|18384910|gb|BM418109.1|BM418109
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACA-GCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATG
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATG
EST: gi|18383922|gb|BM417122.1|BM417122
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGC
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGC
EST: gi|94478082|gb|EB707040.1|EB707040
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|18384513|gb|BM417712.1|BM417712
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCATGCAAATTTG
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTG
EST: gi|211154459|gb|FL355882.1|FL355882
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
EST: gi|149088432|gb|EE177536.2|EE177536
EST:     CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAG                         GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA
genomic: CGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 228

ATGGTATGGGAACAGCGGAATGGAGGGCAGCGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 409

ATGGTATGGGAACAGCGGAATGGAGGGCAGCGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 483

ATGGTATGGGAACAGCGGAATGGAGGGCAGCGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 481

ATGGTATGGGAACAGCGGAATGGAGGGCAGCGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattc ... attcatgcagGTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATGGTATGGGAACAGCGGAATGGAGGGCAGCGAAGAGTCCTGCTTACTACAAGCGTGGCGACTATGTGCCTGGATTGAAGgtaattattcttttagtttgctcgcattgttcacaatagctggctggtatgataaattttgtttctctttatggtatgtttgattgtttatggtggtttt

- - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG