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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATCCTGGAAAGCCAGTTATGGAGATTGGGAGCTCTGATTTCCCTAATGCTCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttatgcctcttcccctatcgccttttgcatttattttcatttccatttgcgcctttgctcttgtagttctaaattttttttagtcatttgctct...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G131249_T03
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G131249_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os05g06330.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
TATCCTGGAAAGCCAGTTATGGAGATTGGGAGCTCTGATTTCCCTAATGCTCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttatgcctcttcccctatcgccttttgcatttattttcatttccattt--gcgcctttgctcttgtagttctaaattttttttagtcatttgctct
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TATCCTGGAAAGCCGGTTATGGAGGTTGGGAGCTCTGATTTCCCGAATGCTCGGACCGCGATGACATCTCCTTTGGCCAAGGCGCTGTTTGCAATCGACGgtatttctttcctgttccgctagttacctgttggtgttaatcaattcaccatctcagcttccttgaatatctcggt-tatatgtttccttgtaaaatcctc-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32911598|gb|CF016410.1|CF016410
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EST: gi|211494388|gb|FL426452.1|FL426452
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EST: gi|211501968|gb|FL391661.1|FL391661
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
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EST: gi|211313872|gb|FL427618.1|FL427618
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EST: gi|211468783|gb|FL386724.1|FL386724
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EST: gi|211303071|gb|FL387948.1|FL387948
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTT
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTT
EST: gi|67024319|gb|CO453068.1|CO453068
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EST: gi|20301480|gb|BQ164423.1|BQ164423
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EST: gi|211423867|gb|FL405822.1|FL405822
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EST: gi|89755071|gb|DY685633.1|DY685633
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EST: gi|22546310|gb|BU098621.1|BU098621
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EST: gi|211143041|gb|FL393206.1|FL393206
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EST: gi|71436813|gb|DR817863.1|DR817863
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EST: gi|211490894|gb|FL401535.1|FL401535
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EST: gi|211267134|gb|FL426700.1|FL426700
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EST: gi|76012527|gb|DT939697.1|DT939697
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EST: gi|211536540|gb|FL409973.1|FL409973
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EST: gi|211080127|gb|FL417794.1|FL417794
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EST: gi|211062793|gb|FL382542.1|FL382542
EST:     TCGGACTGCGATGATATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGAWTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
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EST: gi|94475082|gb|EB704040.1|EB704040
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
EST: gi|211373877|gb|FL387101.1|FL387101
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATC
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATC
EST: gi|211453971|gb|FL381464.1|FL381464
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTA
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTA
EST: gi|29946797|gb|CB816330.1|CB816330
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGNTACAAAATCAG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
EST: gi|211066217|gb|FL412135.1|FL412135
EST:     TCGGACTGCGATGATATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
EST: gi|211214243|gb|FL370038.1|FL370038
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EST: gi|211225562|gb|FL386130.1|FL386130
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGT
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGT
EST: gi|211214248|gb|FL370043.1|FL370043
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGAYTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
EST: gi|211150110|gb|FL386526.1|FL386526
EST:     TCGGACTGCGATGATATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
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