Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaacccactaaccttttagataaacatatagacactaactgtattccgtttgatggttattgcttctgttttacctcattggccattttccacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G130548_T03
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211067671|gb|FL012971.1|FL012971
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|67010741|gb|CO439490.1|CO439490
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|47961743|gb|CN844452.1|CN844452
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACANGATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|58030053|gb|CX725480.1|CX725480
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|18649488|gb|BM498307.1|BM498307
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067662|gb|FL012962.1|FL012962
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067666|gb|FL012966.1|FL012966
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|18649240|gb|BM498059.1|BM498059
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070402|gb|FL012977.1|FL012977
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070409|gb|FL012984.1|FL012984
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067664|gb|FL012964.1|FL012964
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067667|gb|FL012967.1|FL012967
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070406|gb|FL012981.1|FL012981
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|111990559|gb|EE332006.1|EE332006
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|29945355|gb|CB815597.1|CB815597
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067670|gb|FL012970.1|FL012970
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|5439382|gb|AI820303.1|AI820303
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067668|gb|FL012968.1|FL012968
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070404|gb|FL012979.1|FL012979
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211064938|gb|FL012959.1|FL012959
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070403|gb|FL012978.1|FL012978
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067665|gb|FL012965.1|FL012965
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067676|gb|FL012976.1|FL012976
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|45567900|gb|CK985803.1|CK985803
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211064940|gb|FL012961.1|FL012961
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|9732626|gb|BE511378.1|BE511378
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070408|gb|FL012983.1|FL012983
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|87153170|gb|DY397959.1|DY397959
EST:     GCTTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|50337773|gb|CO532899.1|CO532899
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070407|gb|FL012982.1|FL012982
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|193503515|gb|AM937704.1|AM937704
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211064939|gb|FL012960.1|FL012960
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070405|gb|FL012980.1|FL012980
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211383033|gb|FK976891.1|FK976891
EST:     GCCTTTGGTTTCACTT-CGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|91877109|gb|EB407066.1|EB407066
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070410|gb|FL012985.1|FL012985
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|32909041|gb|CF013853.1|CF013853
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067674|gb|FL012974.1|FL012974
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|5005775|gb|AI711837.1|AI711837
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067672|gb|FL012972.1|FL012972
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067663|gb|FL012963.1|FL012963
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|32863713|gb|CF003395.1|CF003395
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067669|gb|FL012969.1|FL012969
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|18450405|gb|BM428683.1|BM428683
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|109179579|gb|EC380083.1|EC380083
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA