Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaacccactaaccttttagataaacatatagacactaactgtattccgtttgatggttattgcttctgttttacctcattggccattttccacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G130548_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211067671|gb|FL012971.1|FL012971
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067676|gb|FL012976.1|FL012976
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070406|gb|FL012981.1|FL012981
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067666|gb|FL012966.1|FL012966
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211383033|gb|FK976891.1|FK976891
EST:     GCCTTTGGTTTCACTT-CGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070407|gb|FL012982.1|FL012982
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067664|gb|FL012964.1|FL012964
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070409|gb|FL012984.1|FL012984
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070408|gb|FL012983.1|FL012983
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070404|gb|FL012979.1|FL012979
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067670|gb|FL012970.1|FL012970
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070403|gb|FL012978.1|FL012978
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067663|gb|FL012963.1|FL012963
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA