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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGCCGACGACCAGCACGGCGGCGGCAAGCTCAGCATGAAGAGCCTGCTGTGGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctcacgcacctcacgtcctcacctcactcatggcggagccgctccgcgcctccgccttgagttcgttcatgcagatggacagcggagcgccccgactgactgccactgaatttgcgtcttggtcctggtcccgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G127949_T04
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G127949_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g63770.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CGCCGACGACCAGCACGGCGGCGGCAAGCTCAGCATGAAGAGCCTGCTGTGGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctcacgcacctcacgtcctcacctcactcatggcggagccgctccgcgcctccgccttgagttcgttcatgcagatgga-cagcggagcgccccgactgactgccactgaatttgcgtcttggtcctgg--tcccgcag
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CGACGACCACCACGGCGGCGGCGGCAAGTTCAGCATGAAGAACCTGCTCTGGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCCTGGTTCAGCTGCGCCTCTAACCAGgtataactcatcctgctc-cgccatggccgccatcgcggccatgcagctcg----ctcgatgaaggaatcat--atcgagacgaatccgaaaggcagcgtgactgaatttc--tgaattt----cctggtggtgggtttctgcag

upper sequence: GRMZM2G127949_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S90_46V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
CGCCGACGACCAGCACGGCGGCGGCAAGCTCAGC---ATGAAGAGCCTGCTGTGGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctcacgcacctcacgtcctcacctcactcatggcggagccgctccgcgcctccgccttgagttcgttcatgcagatggacagcggagcgccccgactgactgccactgaatttgcgtcttggtcctggtcccgcag
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---GGATGGCCCTTACGACGTGTCCATGAGTGGGCAGATGAAGCGCCTGCTTTGGCATGGTGGCTCCGTCTGGGATGCCTGGTTCAGCGCCGCCTCCAACCAGgtca-ttccattcacc----atgctcagctcg---aatgcattctcactcc-catttccaac--gacacactttgcagtagtatccaacga--------gattgcttgcatccgatttc-----------------------

upper sequence: GRMZM2G127949_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S211_67V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
CGCCGACGACCAGCACGGCGGC--GGCAAGCTCAGC-ATGAAGAGCCTGCTGTGGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctcacgcacctcacgtcctcacctcactcatggcggagccgctccgcgcctccgccttgagttcgttcatgcagatggacagcggagcgccccgactgactgccactgaatttgcgtcttggtcctggtcccgcag
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---AGAGGGCCCTCACGATGTCTCGATGAGTGGAAAGATGAAGCGGCTCCTGTGGCATGGCGGCTCCGTCTGGGATGCCTGGTTCAGCGCCGCGTCCAACCAGgtgatcattcttc--cggccagcagcagatcgaaaaatggattatagctctac-tctcacctttaaaccaatgccttatgatgggcggctgatgggaattctc---------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G127949_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ18760 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
CGCCGACGACCAGCACGGCGGCG-GCAAGCTCAGCATGAAGAGCCTGCTGTGGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctcacgcacctcacgtcctcacctcactcatggcggagccgctccgcgcctccgccttgagttcgttcatgcagatggacagcggagcgccccgactgactgccactgaatttgcgtcttggtcctggtcccgcag
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AGATGGGCTTGTGGATAACTCCATGCGAGCTCT-CGCCAAGAAGCTCCTCTGGCACGGTGGATCCGTCTACGATGCTTGGTTTAGCTGCGCCTCCAACCAGgtgagtagtgag-agctcaaaagaccactcctttcttgctcttcttgcatagcttccccgcctttgcttcgattccttccactcgcagtataaaaaccaaa-----------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G127949_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ36050 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
CGCCGACGACCAGCACGGCGGCG-GCAAGCTCAGCATGAAGAGCCTGCTGTGGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctcacgcacctca----cgtcctcacctcactcatggcggagccgctccgcgcctccgccttgagttcgttca--tgcag-atggacagcggagcgccccgactgactgccactgaatttgcgtcttggtcctggtcccgcag
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AGATGGGCTTGTGGATAACTCCATGCGAGCTCT-CGCCAAGAAGTTCCTCTGGCACGGTGGATCCGTCTACGATGCTTGGTTTAGCTGCGCCTCCAACCAGgtgagtagtgagagctcaaagaacactcctttcttgctcttcttgcatagcttccccgcgtttgcttcgattccttccagtcgcagtataaaaaccaaag-------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88755867|gb|DY540008.1|DY540008
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|89247965|gb|DY619751.1|DY619751
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|71767266|gb|DR965203.1|DR965203
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|74238272|gb|DT646186.1|DT646186
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|148967257|gb|EE018458.2|EE018458
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|37416255|gb|CF645778.1|CF645778
EST:     GGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|71439891|gb|DR820941.1|DR820941
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|50325029|gb|CO520155.1|CO520155
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|50333849|gb|CO528975.1|CO528975
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|149106248|gb|EE291943.2|EE291943
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|93017325|gb|EB642845.1|EB642845
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|149112165|gb|EE295087.2|EE295087
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|71312081|gb|DR792563.1|DR792563
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|76283871|gb|DV023439.1|DV023439
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|148991111|gb|EE032561.2|EE032561
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|76293069|gb|DV032637.1|DV032637
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|148960340|gb|EE153599.2|EE153599
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|88757663|gb|DY541804.1|DY541804
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|93013574|gb|EB639094.1|EB639094
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|71426467|gb|DR807517.1|DR807517
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|71766076|gb|DR964013.1|DR964013
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|93016578|gb|EB642098.1|EB642098
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|91877700|gb|EB407657.1|EB407657
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|50333523|gb|CO528649.1|CO528649
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|50323790|gb|CO518916.1|CO518916
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|71439386|gb|DR820436.1|DR820436
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|149084117|gb|EE173519.2|EE173519
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|149000738|gb|EE037956.2|EE037956
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|149077991|gb|EE166727.2|EE166727
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|76012875|gb|DT940045.1|DT940045
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|71431743|gb|DR812793.1|DR812793
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|149088802|gb|EE177929.2|EE177929
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|19351481|gb|BM896013.1|BM896013
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|148970317|gb|EE021187.2|EE021187
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|148981006|gb|EE027369.2|EE027369
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CGCCGACGACCAGCACGGCGGCGGCAAGCTCAGCATGAAGAGCCTGCTGTGGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctcacgcacctcacgtcctcacctcactcatggcggagccgctccgcgcctccgccttgagttcgttcatgcagatggacagcggagcgccccgactgactgccactgaatttgcgtcttggtcctggtcccgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC