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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGCCGACGACCAGCACGGCGGCGGCAAGCTCAGCATGAAGAGCCTGCTGTGGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctcacgcacctcacgtcctcacctcactcatggcggagccgctccgcgcctccgccttgagttcgttcatgcagatggacagcggagcgccccgactgactgccactgaatttgcgtcttggtcctggtcccgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G127949_T03
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G127949_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g63770.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CGCCGACGACCAGCACGGCGGCGGCAAGCTCAGCATGAAGAGCCTGCTGTGGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctcacgcacctcacgtcctcacctcactcatggcggagccgctccgcgcctccgccttgagttcgttcatgcagatgga-cagcggagcgccccgactgactgccactgaatttgcgtcttggtcctgg--tcccgcag
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CGACGACCACCACGGCGGCGGCGGCAAGTTCAGCATGAAGAACCTGCTCTGGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCCTGGTTCAGCTGCGCCTCTAACCAGgtataactcatcctgctc-cgccatggccgccatcgcggccatgcagctcg----ctcgatgaaggaatcat--atcgagacgaatccgaaaggcagcgtgactgaatttc--tgaattt----cctggtggtgggtttctgcag

upper sequence: GRMZM2G127949_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S90_46V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
CGCCGACGACCAGCACGGCGGCGGCAAGCTCAGC---ATGAAGAGCCTGCTGTGGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctcacgcacctcacgtcctcacctcactcatggcggagccgctccgcgcctccgccttgagttcgttcatgcagatggacagcggagcgccccgactgactgccactgaatttgcgtcttggtcctggtcccgcag
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---GGATGGCCCTTACGACGTGTCCATGAGTGGGCAGATGAAGCGCCTGCTTTGGCATGGTGGCTCCGTCTGGGATGCCTGGTTCAGCGCCGCCTCCAACCAGgtca-ttccattcacc----atgctcagctcg---aatgcattctcactcc-catttccaac--gacacactttgcagtagtatccaacga--------gattgcttgcatccgatttc-----------------------

upper sequence: GRMZM2G127949_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S211_67V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
CGCCGACGACCAGCACGGCGGC--GGCAAGCTCAGC-ATGAAGAGCCTGCTGTGGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctcacgcacctcacgtcctcacctcactcatggcggagccgctccgcgcctccgccttgagttcgttcatgcagatggacagcggagcgccccgactgactgccactgaatttgcgtcttggtcctggtcccgcag
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---AGAGGGCCCTCACGATGTCTCGATGAGTGGAAAGATGAAGCGGCTCCTGTGGCATGGCGGCTCCGTCTGGGATGCCTGGTTCAGCGCCGCGTCCAACCAGgtgatcattcttc--cggccagcagcagatcgaaaaatggattatagctctac-tctcacctttaaaccaatgccttatgatgggcggctgatgggaattctc---------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G127949_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ18760 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
CGCCGACGACCAGCACGGCGGCG-GCAAGCTCAGCATGAAGAGCCTGCTGTGGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctcacgcacctcacgtcctcacctcactcatggcggagccgctccgcgcctccgccttgagttcgttcatgcagatggacagcggagcgccccgactgactgccactgaatttgcgtcttggtcctggtcccgcag
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AGATGGGCTTGTGGATAACTCCATGCGAGCTCT-CGCCAAGAAGCTCCTCTGGCACGGTGGATCCGTCTACGATGCTTGGTTTAGCTGCGCCTCCAACCAGgtgagtagtgag-agctcaaaagaccactcctttcttgctcttcttgcatagcttccccgcctttgcttcgattccttccactcgcagtataaaaaccaaa-----------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G127949_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ36050 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
CGCCGACGACCAGCACGGCGGCG-GCAAGCTCAGCATGAAGAGCCTGCTGTGGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctcacgcacctca----cgtcctcacctcactcatggcggagccgctccgcgcctccgccttgagttcgttca--tgcag-atggacagcggagcgccccgactgactgccactgaatttgcgtcttggtcctggtcccgcag
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AGATGGGCTTGTGGATAACTCCATGCGAGCTCT-CGCCAAGAAGTTCCTCTGGCACGGTGGATCCGTCTACGATGCTTGGTTTAGCTGCGCCTCCAACCAGgtgagtagtgagagctcaaagaacactcctttcttgctcttcttgcatagcttccccgcgtttgcttcgattccttccagtcgcagtataaaaaccaaag-------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148945783|gb|EC891068.2|EC891068
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|148946593|gb|EC891851.2|EC891851
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|149107148|gb|EE189037.2|EE189037
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|71302495|gb|DR787366.1|DR787366
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|71317002|gb|DR795187.1|DR795187
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|149009155|gb|EE041287.2|EE041287
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|101384369|gb|EB814229.1|EB814229
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|149069602|gb|EE157982.2|EE157982
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCT
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCT
EST: gi|78124585|gb|DV542969.1|DV542969
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|148932290|gb|EC875857.2|EC875857
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|94479687|gb|EB708645.1|EB708645
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|71421094|gb|DR805298.1|DR805298
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|78122515|gb|DV540899.1|DV540899
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|148975636|gb|EE025766.2|EE025766
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGGTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|78088639|gb|DV517032.1|DV517032
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|71418392|gb|DR804429.1|DR804429
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|149013017|gb|EE042753.2|EE042753
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|94479703|gb|EB708661.1|EB708661
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|149088681|gb|EE177800.2|EE177800
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|149110967|gb|EE294466.2|EE294466
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|71440184|gb|DR821234.1|DR821234
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|71774364|gb|DR972242.1|DR972242
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTTCTCC-AGCTGGGGAT
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTT-CTCCCAGCTGGGGAT
EST: gi|148959635|gb|EC905571.2|EC905571
EST:     GCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGAT
genomic: GCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCC-AACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGAT
EST: gi|89758611|gb|DY687729.1|DY687729
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCGGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|89764049|gb|DY690998.1|DY690998
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|94472247|gb|EB701205.1|EB701205
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|148958395|gb|EC904626.2|EC904626
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|148937771|gb|EC881982.2|EC881982
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCG
EST: gi|149073619|gb|EE161921.2|EE161921
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|148965805|gb|EE016691.2|EE016691
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|74236377|gb|DT644291.1|DT644291
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCT
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCT
EST: gi|78122081|gb|DV540465.1|DV540465
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|78109934|gb|DV528349.1|DV528349
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|78075880|gb|DV504314.1|DV504314
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
genomic: GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctca ... ggtcccgcagGTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
EST: gi|148933402|gb|EC877075.2|EC877075
EST:     GGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAG                         GTGGCGCAGGTGCTCCTGACGCTGCCGTACTCCTTCTCCCAGCTGGGGATG
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CGCCGACGACCAGCACGGCGGCGGCAAGCTCAGCATGAAGAGCCTGCTGTGGCACGGCGGCTCCGTCTGGGACGCGTGGTTCAGCTGCGCCTCCAACCAGgttggcctcacgcacctcacgtcctcacctcactcatggcggagccgctccgcgcctccgccttgagttcgttcatgcagatggacagcggagcgccccgactgactgccactgaatttgcgtcttggtcctggtcccgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC